Кто только не бродил по России, грабя и убивая людей без различия возраста, чина и звания, мужчин и женщин, стариков и детей. На востоке бесчинствовали черкассы (запорожцы) и литвины; в непосредственной близости от Москвы появилась маленькая казачья армия атамана Баловня; ещё одна шайка из казаков, беглых русских и литвинов, разбойничала на Севере, и после её набега нашли только замученными 2325 людей; в Вологде вешал людей вверх ногами сибирский царевич Араслан; между Казанью и Нижнем Новгородом захватили дорогу татары; в северной земле появился «знаменитый» наездник Лисовский, которого безуспешно гонял князь Пожарский
Боеспособной армии не было. Пограничные «украиные» города опустели, в них почти не оставалось гарнизонов. Командование же войском вместо обороны страны спорило о должностях, так, однажды, князья Андрей Хованский и Иван Хворостин так заспорили «о местах», что позабыли о неприятеле.
Надежды на беспристрастное правление Михаила Романова первоначально не оправдались. От имени царя распоряжались родственники его матери Борис и Михаил Салтыковы, заботившиеся только о том, чтобы занять должности повиднее и набить собственные сундуки за счёт и без того практически пустой государственной казны.
Внешним образом в центре нового правительства стала государыня-старица Марфа. У современников складывалось впечатление, что пока у юного царя нет своей воли: «Бе же царь млад не бе ему еще толико разума, еже управляти землею, но боголюбивая его мати, инока великая старица Марфа, правя под ним и поддерживая царство со своим родом»21. Но в действительности роль царской матери при Михаиле не идет в сравнение, например, со значением царицы Ирины при Фёдоре Ивановиче. Старица Марфа была сильна дворцовым влиянием и поддерживала высокое положение своих близких, не чуждаясь их интриг и происков, на дела государственные были ей не по плечу. В деле женитьбы сына, столь важном для укрепления династии, Марфа поддержала свою родню, заботившуюся о том, чтобы новое «свойство» их не оттеснило. В 1616 г., когда Филарет ещё находился в польском плену, двадцатилетний государь решил жениться. Царю приглянулась дочь дворянина Ивана Хлопова, Мария. Её с родней поселили во дворце, будущей царице переменили имя, она стала зваться Анастасией. Свадьба была уже практически решённым делом, как вдруг невеста заболела. Салтыковы и мать настояли, чтобы царскую избранницу, как негодную для женитьбы сослали в Тобольск. Царь женился на княжне Марии Владимировне Долгорукой, но она в тот же год умерла «испорченной», по утверждению современников. Ещё раз выступает имя государыни-старицы в тёмном деле архимандрита Дионисия, осуждённого за «еретическое» исправление нелепой добавки слов «и огнём» в молитве водоосвящения: допрос происходил в келье у Марфы, возмутительный по издевательству над видным деятелем церкви и вымогательству с него денег, но великая старица верила своим людям и дела их одобряла. Немудрено, что время до возвращения Филарета осталось в памяти русских людей, как «безгосударное». У нового правительства не было дельной главы. Только «великий государь» и «святейший» патриарх Филарет Никитич, явился организатором его силы.
Первые годы царствования Михаила Фёдоровича во многом были определены Смутой, последствия которой ощущались во всех сферах жизни. По определению современников, русские люди «понаказались Смутой». Возросло значение православных ценностей, поэтому усилились настроения изоляционизма и, конечно, особой ответственности за судьбу православного мира. Важной стала проблема восстановления страны, которое происходило в рамках расшатанного, но сохранившегося (в умах русских людей) крепостничества.
Не имея налаженного административного механизма, правительство царя ищет опору в Земском соборе, ставшем совещательным и исполнительным органом власти. На соборах решались вопросы о сборе чрезвычайных налогов, об отправке войск против Заруцкого, вольных казаков, поляков и шведов, об условиях заключения мирных договоров с соседними державами, о реформах в стране и многое другое.
В полном составе Земский собор состоял их четырёх курий: Освящённого собора (высшего духовенства), Боярской думы, представителей московского дворянства и купечества, выборных от городов и уездов. Робота собора начиналась с общего заседания, на котором думный дьяк от имени царя (в экстренных случаях выступал сам царь) излагал вопросы, на которые следовало ответить собравшимся. Обсуждение проходило по куриям, и ответ подавался в письменном виде дьяку. Окончательным принятие решения было прерогативой царя, но он выносил его в зависимости от мнения членов собора.
Ещё одним совещательным органом была Боярская дума, в которую входило около 3040 человек не только бояр, но и окольничих, думных дворян и дьяков, т.е. более видных и деятельных людей. Дума обладала и управленческими функциями через систему временных боярских комиссий. Они создавались для ведения посольских переговоров, решения местных споров, судных дел, руководства работой некоторых особо важных приказов, управления страной в отсутствии царя. Секретные дела решались Ближней или тайной думой, состоящей, как правило, из четырех бояр.
Во время Смуты некоторые приказы продолжали действовать. Так, даже в ополчениях были Посольский, Разрядный, Поместный и Земский приказы. Поэтому Михаилу предстояло только их расширить и наполнить новыми дьяками и подьячими. Вскоре общее число приказов достигло 40, но не все из них были постоянно действующими. Некоторые создавались только для решения конкретных задач, а потом упразднялись. Постоянными приказами, кроме перечисленных, были: Стрелецкий, Пушкарский, Казачий, позднее Иноземный и Рейтарский, которые занимались военными делами; Разбойный, ведавший борьбой с лихоимством; Челобитный, собирающий жалобы на чиновников и власти; Ямской занимался ямской гоньбой; Холопский регистрировал кабальные записи; Московский и Владимирский судные приказы занимались судопроизводством, Аптекарский ведал вопросами здоровья царской семьи, Большая казна собирал доходы в царскую казну. Денежный двор занимался изготовлением монет, казанский и Сибирский приказы ведали соответствующими территориями.
Приказы возглавлялись судьями из числа бояр или окольничих и думными дьяками. В каждом приказе было судейское присутствие и канцелярия, которые делились на столы своеобразные отделы. Материальное обеспечение служащих осуществлялось за счёт собираемых в данном приказе налогов и податей (от судопроизводства, с приписанных территорий составления документов). Судьи и думные дьяки имели земельные владения и получали денежные оклады. Рядовые дьяки и подьячие только деньги.
Основной территориально-административной единицей России был уезд. Их образование восходит к временам XIII века, когда в единое государство включались отдельные княжества и их уделы. Из них выросли уезды, различавшиеся размерами и численностью населения. Уезды делились на станы и волости. Управлялись княжескими наместниками. В середине XVI в. вместо наместников в уездах появились Земские избы во главе с земскими старостами, избираемыми местными крестьянами и посадскими людьми из своей среды. Старосты управляли посадами и волостями, собирали налоги, вели суд по гражданским делам. Уголовные дела рассматривали губные старосты, сидевшие в губных избах, их избирали местные дворяне. К концу XVI в. в ряде пограничных городов и уездов, где требовалась сильная власть, появились воеводы, как главные военачальники, администраторы, судьи по гражданским и уголовным делам, отвечающие за поступление всех сборов, выполнение казённых служб и всяких повинностей, имел полицейские функции. С начала XVII в. воеводская власть быстро распространяется на всю страну, подчиняя и вытесняя органы самоуправления.