Царь ожидал от Земского собора восстановления государственных средств и порядка, что бы принять государство в своё управление. Руководители собора делали, что могли, но всем собором «били» государю челом, чтобы он сам «шёл к Москве вскоре», в нём видели тот необходимый центр, вокруг которого сложится правильная государственная работа. Не прошло двух месяцев со дня избрания и соборное правительство уступило место царской думе, а Земский собор стал распадаться; отдельные элементы его потянулись к царю и, прежде всего, московские служилые люди стольники, стряпчие, дворяне большие, а за ними весь «из городов выбор» дворянский уже в апреле собрались при государе; иные и по деревням разъехались. И постепенно, ряд дел, назначение воевод, раздача поместий и др. начинает вершить государь, ещё находясь в походе.
1 мая Михаил Фёдорович с матерью прибыли в село Тайнинское, а на следующий день последовало их торжественное вступление в столицу. «Царь же государь и великий князь Михайло Федорович всеа Русии приде под Москву. Люди же Московского государства встретоша ево с хлебами, а власти и бояре встретоша за городом со крестами. И прииде государь к Москве на свой царский престол в лето 7121 [1613] году после Велика дни в другое воскресение Святых жен Мироносиц. На Москве же пали бысть радость велия, и пеша молебны»15. Михаил и мать его присутствовали на молебне в Успенском соборе, приняли благословение от митрополита и архиепископов. После этого царь отправился в свои покои золотую палату и две маленькие комнаты Ивана Грозного. Марфа Ивановна поселилась в Вознесенском монастыре. Это всё, что смогли отремонтировать бояре. (Ранее Михаил желал поселиться в палатах царицы Ирины Фёдоровны, а для матери приказывал приготовить хоромы царя В. И. Шуйского).
По примеру Фёдора Ивановича Михаил Фёдорович решил венчаться в канун своего дня рождения, 11 июля 1615 г. (12 июля ему исполнилось 17 лет), причём, чтобы не было никаких обид и пререканий, он указал «для своего царскаго венца, во всех чинах быть без мест»16. 10 июля по всем церквам были отслужены всенощные.
Образцом для церемонии стал чин венчания того же Фёдора Ивановича. Отличие было лишь в том, что Михаила, из-за отсутствия патриарха, венчал старейший из русских архиереев, Казанский митрополит Ефрем, а в церемонии принимали участие многие светские лица. «А венчал ево государя царским венцом рассказывает летописец, Казанский митрополит Ефрем и все власти Московского государства. А в чинах были бояре: с каруной и осыпал [золотыми деньгами] боярин князь Федор Иванович Мстиславской, с скифетром боярин князь Дмитрей Тимофеевич Трубецкой, с шапкою Иван Никитич Романов, с яблоком Василий Петрович Морозов. По царское платье ходил на Казенный двор князь Дмитрей Михайлович Пожарский да казначей Никифор Васильевич Траханиотов. И как платье принесли в палату в золотую и в Соборную церковь платья послаша з боярином Васильем Петровичем Морозовым да с казначеем с Никифором Траханиотовым, а с яблоком был боярин князь Дмитрей Михайлович Пожарский»17.
После венчания все были приглашены на торжественный стол, так же как и в последующие два дня. Сразу после венчания Д. И. Пожарский получил боярский чин, а 12 июля, в день своего ангела, государь пожаловал Кузьму Минина в думные дворяне, что давало ему право, наряду с боярами, окольничими и именитыми людьми Строгановыми писаться с «ичем», после чего он стал прозываться Козьмою Миничем Сухоруким.
«Это и было торжеством справедливости и великою почестью для пожалованных Говорит И. Е. Забелин, по мысли которого царь ничего сделать больше не мог. Наперекор желаниям даже самого государя, и Трубецкой, и очень многие другие бояре везде должны были первенствовать перед Пожарским. Однако и то было великим делом, что на коронации он держал по чину третью регалию [принадлежность торжественного царского облачения], весьма знаменательную, державу, яблоко владомое, великодержавное. Первую регалию корону [шапку Мономаха] держал дядя царя, Ив. Никит. Романов, с которым было заспорил о месте Трубецкой, но был остановлен царем, который ему сказал, что действительно Романов меньше тебя Трубецкого, но он мне по родству дядя, и потому быть вам без мест Трубецкой держал вторую регалию скипетр. Спор Трубецкого о месте очень ясно свидетельствует, что здесь люди занимали между собой свои почётные места, не по личным заслугам и достоинствам, а по заслугам и достоинству своего рода. Если бы Пожарский был великороднее Трубецкого, он занял бы место почётнее. И не один Трубецкой первенствовал в это время перед Пожарским. Выше его стоял и подручный его воевода по ополчению, боярин Василий Петр. Морозов»18 В этом высказывании историк оправдывает Михаила утверждением, что он ничего не мог поделать в данной ситуации и поэтому Пожарский, заслугой которого произошло освобождение страны, должен был оставаться на третьих ролях. Однако историка не смутила ловкая выборочность «без мест», которое, конечно, легко могло относиться ко всем трем лицам.
С восстановлением старого порядка, как говорит И. Е. Забелин, «старые жернова стали молотить по старому, как было прежде, как было при прежних государях. А потому весьма понятно, когда прежние порядки устанавливались на своих прежних местах, то и люди, возстановлявшие эти порядки, должны были остаться тоже на своих прежних местах, с прежним своим значением и положением в обществе, а особенно в службе»19. Поэтому, при формировании правительства царь оставил на прежних местах должностных лиц, которые были на них раньше. Так, в Боярскую думу вошли служившие полякам «седьмочисленные бояре» Ф. И. Мстиславский, Ф. И. Шереметев, Б. И. Лыков, И. Н. Романов, И. М. Воротынский, казацкий воровской атаман Д. Т. Трубецкой. Недавний их враг, полководец-освободитель Д. М. Пожарский и Кузьма Минин, зачинатель освободительного движения. Царские родственники, только что получившие боярство И. Б. Черкасский (двоюродный брат по линии отца) и Б. М. Салтыков (двоюродный брат по линии матери).
В год своего избрания Михаилу Фёдоровичу исполнилось 16 лет и заявить себя он ничем не мог. Но и позднее облик Михаила остаётся бледным, затмевается крутой энергией родителей. Во многом это объясняется его слабым здоровьем: он был болезненным настолько, что ходьба и езда утомляли его, а от «много сиденья» ослабевал весь организм, по его собственным словам, он так «скорбел ножками», что в возрасте тридцати одного года его «до воска и из воска в креслах носят»20. Не было у Михаила и способных и энергичных советников, таких, какими были Сильвестр и Адашев при молодом Иване IV.
Ситуация в стране была крайне тяжёлой. Полувековые потрясения опричнины, несчастная Ливонская война и Смута вконец разорили страну, особенно западные и северо-западные, когда-то густонаселённые районы. Население бежало от постоянных войн, пашни были заброшены и уже заросли лесом. Навыки смуты сказывались теперь в поведении сборщиков, которые грабили и притесняли население, собирая государственные подати. Экономический кризис всё больше нарастал в разорённой стране. Казна была пуста, а хлебных и денежных запасов собирать было не с кого.
Продолжались войны с Польшей и Швецией. Новгород был в шведских, Смоленск и Северщина в польских руках. Королевич Владислав продолжает титуловаться Московским царём, и польское правительство не желает признавать Михаила Романова. Заруцкий с казаками, Мариной Мнишек и её сыном от второго самозванца, Иваном, ушёл к Югу. Из Москвы против него послали воеводу, кн. Одоевского, но Заруцкий грабя по пути, перебрался в Астрахань и засел там, собирая к себе «прелестными грамотами» вольных казаков.