Предварительные испытания показали, что сыворотки, полученные от вакцинированных и ранее инфицированных лиц, обладают более низкой нейтрализующей активностью в отношении Омикрона, чем любые другие циркулирующие VОС SARS-CoV-2 и его предкового варианта. (Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19. Выпуск 70, опубликовано 14 декабря 2021 г.)
Хотя нейтрализующая активность специфических антител, по-видимому, снижена по сравнению с Омикроном, предварительные исследования показывают, что ответы Т-клеток CD8+ могут по-прежнему сохранять способность распознавать Омикрон. [815]
Подштамм Omicron XBB.1.5 (называемый в СМИ «Kraken»)
Подштамм Omicron XBB.1.5 представляет собой рекомбинант сублинии BA.2.10.1 и BA.2.75, о котором впервые было сообщено 13 августа 2022 г., с мутацией F486P в шиповом белке, повышающей инфекционность из-за повышенной аффинности связывания с рецептором ACE2. За неделю, закончившуюся 21 января 2023 г., подштамм XBB.1.5 стал причиной 49,1% случаев COVID-19 в США. Быстрое увеличение распространенности этого подштамма может быть объяснено иммунным уходом от предыдущих инфекций или вакцин, спайковыми мутациями в F486P и повышенной аффинностью к рецептору ACE2. Кроме того, современные бустерные вакцины могут не обеспечивать адекватной защиты от заражения этим подштаммом. [795]
С 22 октября 2022 г. по 23 января 2023 г. сообщалось о 8931 последовательности штамма Omicron XBB.1.5 из 54 стран (исключая последовательности с низким охватом). Большинство этих последовательностей происходило из Соединенных Штатов Америки (75,0%); страны с распространенностью> 1% это Великобритания (9,9%), Канада (3,0%), Дания (2,0%), Германия (1,5%), Ирландия (1,3%) и Австрия (1,3%). Основываясь на своих генетических характеристиках и оценках скорости роста, XBB.1.5, вероятно, будет способствовать увеличению заболеваемости во всем мире. Имеются доказательства умеренной силы в отношении повышенного риска передачи инфекции и ускользания от иммунитета. Согласно сообщениям из нескольких стран, не было обнаружено никаких ранних признаков обострения заболевания. Число случаев, связанных с XBB.1.5, все еще невелико, и поэтому степень тяжести еще не может быть достоверно оценена. В заключение, XBB.1.5, по-видимому, не несет каких-либо дополнительных рисков для здоровья населения по сравнению с другими потомками Omicron. (Еженедельный эпидемиологический бюллетень COVID-19. Выпуск 127, опубликованный 25 января 2023 г.)
Соответствующие мутации в подштамме XBB: S:G339H, S:R346T, S:L368I, S:V445P, S:G446S, S:N460K, S:F486S и S:F490S. В конце 2022 г. глобальная распространенность ХВВ составляла 3,8%, и он был обнаружен в 70 странах. Пятью странами с самой высокой распространенностью XBB были Индия (62,5%), Доминиканская Республика (48,2%), Сингапур (47,3%), Малайзия (40,9%) и Индонезия (29,3%).
Подштамм BA.2.75 содержит замены S:D339H, S:G446S, S:N460K и инверсию S:Q493R. Двумя примечательными штаммами BA.2.75 с дополнительными интересующими мутациями в белке Spike являются BA.2.75.2 (BA.2.75 + S:R346T, S:F486S и S:D1199) и CH.1.1 (BA.2.75 + S: R346T), S:K444T, S:L452R и S:F486S). BA.2.75 был впервые обнаружен 31 декабря 2021 года и начал распространяться в некоторых странах региона Юго-Восточной Азии. С момента появления о BA.2.75 сообщили 85 стран. Пятью странами, сообщающими о самой высокой распространенности ВА.2.75, являются Таиланд (53,8%), Австралия (25,1%), Малайзия (22,5%), Китай (18,8%) и Новая Зеландия (16,3%). BA.2.75 быстро стал доминирующим в Индии и Бангладеш; но затем был заменен на XBB без указания на значительное увеличение частоты зарегистрированных случаев. Судя по имеющимся в настоящее время данным, BA.2.75 не показал существенного отличия фенотипа от других штаммов Omicron в странах, где он распространился.
Подштамм BA.5 с одной или несколькими из 5 мутаций S:R346X, S:K444X, S:V445X, S:N450X и/или S:N460X находится под наблюдением, поскольку эти мутации были связаны с важной функциональной ролью вируса (например, устойчивость к нейтрализации, повышенная трансмиссивность). Этот класс штаммов быстро увеличивается и был обнаружен в 119 странах с общей распространенностью 15,0%. Пять стран, сообщающих о самой высокой распространенности ВА.5, это Южная Африка (75,4%), Коста-Рика (70,9%), Перу (53,5%), Мексика (49,8%) и Бразилия (42,4%).
Подштамм BQ.1 является потомком BA.5 с дополнительными заменами S:K444T и S:N460K. Линия потомков BQ.1 с наибольшей распространенностью это BQ.1.1, несущая дополнительную мутацию S:R346T. BQ.1 является одним из самых быстрорастущих штаммов и распространился на 90 стран. Пятью странами с самой высокой распространенностью штамма BQ.1 являются Эквадор (65,5%), Португалия (56,7%), Испания (54,1%), Франция (48,7%) и Колумбия (46,8%).
BA.2.30.2 содержит мутации S:K444R, S:N450D, S:L452M, S:N460K и S:E484R. В конце 2022 года глобальная распространенность BA.2.30.2 составляла 0,3%. Странами с самой высокой распространенностью были Исландия (4%), Словения (2%), Австралия (1,1%), Колумбия (0,9%) и Республика Корея (0,6%). (Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19. Выпуск 122, опубликованный 14 декабря 2022 г.)
Перечень всех штаммов с мутациями доступен по ссылке: covdb.stanford.edu/page/mutation-viewer.
Цифры курсивом рядом с текстом таблиц указывают на источники информации.
Характеристики штаммов SARS-CoV-2. Значимые штаммы VОС и VOI были переименованы буквами греческого алфавита. 1/2
Характеристики штаммов SARS-CoV-2. Значимые штаммы VОС и VOI были переименованы буквами греческого алфавита. 2/2
* covdb.stanford.edu/page/mutation-viewer
** Weekly_Epi_Update_55
*** https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants#
P J Halfmann et al., 2022
Подштаммы Omicron VOC, 16.01.2023 г. (Weekly Epi Update 126).
# включая потомки; * дополнительные мутации вне белка S: N: G30-, S33F, ORF9b: M26-, A29I, V30L; $ дополнительные мутация вне белка S: ORF1a: Q556K, L3829F, ORF1b: Y264H, M1156I, N1191S, N: E136D, ORF9b: P10F; § дополнительные мутации вне белка S: ORF1a: S1221L, P1640S, N4060S, ORF1b: G662S, E: T11A; ** дополнительные мутации вне белка S: ORF1a: K47R, ORF1b: G662S, S959P, E: T11A, ORF8: G8*.
Фенотипические характеристики штаммов, Weekly Epi Update ВОЗ. Издание 78, опубликовано 8.02.2022 г.
Фенотипические характеристики подштаммов Омикрон, COVID-19 Weekly Epi Update ВОЗ. Выпуск 119, опубликованный 23.11.2022 г. 1/3
Фенотипические характеристики подштаммов Омикрон, COVID-19 Weekly Epi Update ВОЗ. Выпуск 119, опубликованный 23.11.2022 г. 2/3
Фенотипические характеристики подштаммов Омикрон, COVID-19 Weekly Epi Update ВОЗ. Выпуск 119, опубликованный 23.11.2022 г. 3/3
ВОЗ, Еженедельное эпидемиологическое обновление COVID-19. Выпуск 128, 1 февраля 2023 г.
Во всем мире с 30 декабря 2022 г. по 30 января 2023 г. через GISAID было передано 90 985 последовательностей SARS-CoV-2. Из них 90 937 последовательностей были штамм Omicron (VOC), что составляет более 99,9% последовательностей, зарегистрированных во всем мире.
Во всем мире BA.5 и его потомки остаются доминирующими. С 9 по 15 января 2023 г. на них приходилось 65,7% (с 16357 последовательностями) всех последовательностей, представленных в GISAID. Распространенность BA.2 и его потомков составила 14,6%, а BA.4 и его потомков 0,3%. В январе 2023 года в тройку самых распространенных штаммов в мире вошли BQ.1.1 (28,2%), BQ.1 (14,1%) и XBB.1.5 (11,5%). BQ.1.1 и BQ.1 являются потомками линии BA.5, тогда как XBB.1.5 является рекомбинантной линией потомка BA.2.
Динамика циркуляции штаммов различается в зависимости от региона ВОЗ и между странами в пределах одного региона из-за множества факторов, включая предыдущие циркулирующие штаммы, охват вакцинацией и принятые медицинские и социальные меры. По состоянию на январь 2023 г. тройка наиболее распространенных штаммов в каждом регионе выглядела следующим образом [175]: