Штамм Дельта (ранее B.1.617.2) был впервые обнаружен в Индии в октябре 2020 года. По некоторым данным, R0 штамма Дельта =5.08. [176]
Недавнее исследование из Китая, опубликованное в качестве препринта, обнаружило более высокую вирусную нагрузку и более высокий риск пресимптоматической передачи у пациентов, инфицированных штаммом Delta, по сравнению с пациентами, инфицированными не-VОС SARS-CoV-2. [226] В ходе исследования было выявлено 167 пациентов, инфицированных штаммом Delta во время вспышки в провинции Гуандун. Средние оценки латентного периода и инкубационного периода составили 4,0 и 5,8 дня соответственно. Относительно более высокая вирусная нагрузка наблюдалась в случаях Delta. Исследование также показало, что SAR среди лиц, близко контактировавших с больными Дельта-штаммом, составил 1,4%, и 73,9% случаев передачи произошли до появления симптомов. Не вакцинированные (OR=2,84) или вакцинированные одной дозой вакцины (OR=6,02) с большей вероятностью передали инфекцию своим контактам, чем те, кто получил две дозы вакцины. [226] Хотя это исследование дает представление о различиях в инкубационном периоде и вторичной передаче штамма Дельта, это предварительные результаты, характерные для одной вспышки, и дальнейшие исследования помогут понять, как эти результаты могут быть обобщены на другие контексты.
Крупное национальное когортное исследование, проведенное в Соединенном Королевстве, выявило более высокий риск госпитализации или оказания неотложной помощи для пациентов с COVID-19, инфицированных штаммом Delta, по сравнению с пациентами, инфицированными штаммом Alpha. [227] В этом исследовании 2,3% пациентов, инфицированных штаммом Delta, против 2,2% пациентов, инфицированных штаммом Alpha, были госпитализированы в течение 14 дней после первого положительного взятого образца. Кроме того, HR для госпитализации и обращения за неотложной помощью был выше у пациентов, инфицированных штаммом Delta в течение 14 дней (5,7%), чем у пациентов, инфицированных штаммом Alpha (4,2%). Почти три четверти (74%) всех лиц в обеих группах, включенных в исследование, были непривитые. [227] В целом, эти результаты позволяют предположить, что вспышки штамма Дельта могут привести к большей нагрузке на службы здравоохранения, чем штамм Альфа, и эта нагрузка может быть даже большей в группах не вакцинированного населения.
«Датский» штамм (кластер 5). Обнаруженный в Дании штамм, названный «кластер 5» (или ΔFVI-spike из Statens Serum Institut), вызвал строгий карантин и кампанию по эвтаназии на датских норковых фермах. [246] Обнаруженный в Северной Ютландии, Дания; считается, что он передался от норок людям на фермах.
«Испанский» штамм (20A.EU1). В октябре 2020 года ученые описали в препринте, что вариант 20A.EU1 впервые наблюдался в Испании в начале лета и стал наиболее частым штаммом в нескольких европейских странах. По данным Medical Express, новый штамм, возникший летом в Испании, связан со сверхраспространением среди сельскохозяйственных рабочих на северо-востоке страны. [249]
На основании последних оценок VOI Epsilon (ранее B.1.427 / B.1.429), Zeta (ранее P.2) и Theta (ранее P.3) были реклассифицированы ВОЗ как «Alerts for further monitoring». Хотя все три штамма несут мутации с предполагаемым и / или установленным фенотипическим воздействием, зарегистрированное обнаружение этих штаммов со временем уменьшилось, что свидетельствует о снижении их соответствующей распространенности во всем мире и снижении рисков для здоровья населения по сравнению с другими VОС и VOI. ВОЗ, COVID-19 Weekly Epidemiological Update. Edition 47, 6 July 2021
Штамм Эпсилон (ранее B.1.427 / B.1.429) был связан с повышенной трансмиссивностью, умеренным снижением чувствительности к некоторым видам лечения антителами и снижением нейтрализации сыворотками выздоравливающих и привитых. [173] По состоянию на 6 июля 2021 в GISAID было загружено чуть менее 50 000 последовательностей из 45 стран. [174]
Распространенность во всем мире среди секвенированных образцов снизилась с 5% на пике в начале февраля 2021 до менее 0,5% образцов в июне-июле 2021. [175] Подавляющее большинство всемирных последовательностей (98%) было зарегистрировано в Соединенных Штатах Америки, где штамм Epsilon был постепенно вытеснен появлением штаммов альфа, гамма, дельта и др. Более того, имеющиеся данные свидетельствуют о том, что вакцины и методы лечения остаются эффективными в случае с этим штаммом.
Штамм Zeta (ранее P.2) несет в себе пик аминокислотного изменения E484K, который участвует в устойчивости к нейтрализующим антителам; однако, отсутствует совокупность мутаций, синонимичных другим VОС и VOI. Он возник в октябре 2020 года одновременно с увеличением заболеваемости в некоторых частях Южной Америки, что указывало на потенциальное увеличение риска. Глобальная распространенность образцов, секвенированных с наличием Zeta, оставалась относительно низкой и постепенно снижалась до очень низкого уровня (<0,5%) с марта 2021 года. По состоянию на 6 июля 2021 в GISAID было загружено 4439 последовательностей из 42 стран. Половина глобальных последовательностей (52%, n=2319) происходила из Бразилии, где пик распространенности достиг около 55% в начале января 2021 года. После появления и доминирования VОС-гамма в Бразилии распространенность Zeta упала до <2% секвенированных образцов в течение апреля 2021 г. и продолжала снижаться. [177]
Штамм Тета (ранее P.3) содержит несколько аминокислотных изменений, указывающих на повышенную устойчивость к нейтрализующим антителам, и потенциально более трансмиссивен; однако общее количество обнаружений этого штамма на сегодняшний день остается относительно низким. По состоянию на 6 июля 2021 в GISAID было загружено 269 последовательностей из 14 стран. Большинство этих последовательностей (71%, n=191) были зарегистрированы на Филиппинах; преимущественно в Центрально-Висайском регионе, где группа случаев была выявлена ранее в 2021 году. [174] В глобальном масштабе были зарегистрированы только спорадические случаи выявления или небольшие группы случаев.
Штамм Омикрон (B.1.1.529). 26 ноября 2021 г. Техническая консультативная группа по эволюции вируса SARS-CoV-2 (TAG-VE) сообщила ВОЗ, что штамм B.1.1.529 должен быть обозначен как VOC. Ему дали имя Омикрон. Решение обозначить его как VОС было основано на доказательствах, представленных на TAG-VE, о том, что Омикрон имеет несколько мутаций (в том числе 2632 в шиповидном белке), которые могут повысить его трансмиссивность и/или обеспечить некоторую степень ускользания от иммунитета. Штамм B.1.1.529 впервые был зарегистрирован в ВОЗ 24 ноября 2021 г. из Южной Африки, а первый известный лабораторно подтвержденный случай был выявлен в образце, взятом 9 ноября 2021 г. (Еженедельный эпидемиологический бюллетень COVID-19 (выпуск 68), опубликовано 30 ноября 2021 г.)
Когортный анализ, проведенный Агентством по безопасности здравоохранения Великобритании [814], оценил вероятность внутренней передачи для индексных случаев штамма Омикрон по сравнению с индексными случаями штамма Дельта. Анализ включал 72 761 показательный случай Delta и 121 случай Omicron в жилых домохозяйствах с датой сбора образцов в период с 15 по 28 ноября 2021 года. Бытовая передача была определена как один (первый) показательный случай, за которым следует один или несколько лабораторно подтвержденных случаев SARS-CoV-2 в одном и том же частном домохозяйстве в течение 14 дней (минимум 7 дней наблюдения). Модель многомерной логистической регрессии показала, что скорректированное отношение шансов для передачи в домохозяйстве от случая с индексной инфекцией Омикрон составило 3,2 по сравнению со случаями с индексной инфекцией Дельта.