В 1550-х годах Троицкий мо-настырь был обнесён белокаменной стеной (длиной 1284 м, с 11 башнями); в 1561 году он полу-чил статус архимандрии. В 1585 году был построен Успенский собор.
В Смутное время монастырь, выдержав 16-месячную осаду польско-литовских интервентов под предводительством Сапеги и Лисовского, стал одним из оплотов Второго ополчения Минина и Пожарского; большой вклад в дело освобождения внесли архимандрит Дионисий и келарь Ав-раамий Палицын, помогавшие Ополчению крупными пожертвованиями и поддерживавшие дух войска.
Монастырю благоволили русские цари; они регулярно совершали паломничества к святым местам Троице-Сергия («Троицкий ход»); в монастыре был крещён Иван IV Грозный. В 1682 году, во время Стрелецкого бунта, монастырь послужил убежищем для царевны Софьи Алексеевны, царевичей Ивана и Петра. В 1689 году в монастыре укрывался спасшийся из Москвы бегством Пётр I; при нём в обители появилась великолепная барочная трапезная с храмом преподобного Сергия Радонежского. Именно в Троице-Сергиевом монастыре произошла расправа над сторонниками Софьи; отсюда уже единовластным правителем Пётр уехал в Москву.
В 1738 году поменялась система управления монастырём: он стал подчиняться Духовному совету; вскоре (в 1744 г.) Троице-Сергиев монастырь был удостоен почётного титула лавры; гла-вой лавры утверждался митрополит Московский.
Троице-Сергиева лавра являлась одним из богатейших монастырей России, входила в число самых крупных землевладельцев (в 1763 г., в преддверии крупной конфискации церковных зе-мель, лавре принадлежало более 100 тысяч душ крестьян). Активная торговля (зерновыми, солью, предметами быта) способствовала преумножению богатств монастыря; его финансовое положение в XVII–XVIII веках отличалось большой прочностью; велики были пожертвования в пользу русской армии (в 1812 г. – около 70 тысяч рублей), ополчения.
К началу XX века во ведении лавры находились типография (в ней печатались произведения философов, священнослужителей – П. А. Флоренского, Климента Охридского и других), две гостиницы (на территории Посада), мастерские (производство игрушек, подсвечников, крестов и т. п., резьба по дереву), лавки, конные дворы. В 1910-е годы в лавре жило более 400 монахов. К Троице-Сергиевой лавре были приписаны некоторые малые монастыри и скиты. Святыни монастыря – нетленные мощи преподобного Сергия Радонежского (в Троицком соборе), мощи Никона, Сергия (Михея) Радонежских, св. Серапиона Новгородского, митрополита Иоасафа, архимандрита Дионисия, преподобного Максима Грека, икона Святой Живоначальной Троицы работы Андрея Рублёва (ныне в Третьяковской галерее, Москва) – привлекали тысячи паломников со всех концов России.
В лавре захоронены представители знатных русских домов – Вельские, Воротынские, Глин-ские, Оболенские, Одоевские и другие, выдающиеся деятели Смуты – князь Дмитрий Трубецкой и Прокопий Ляпунов, князь Андрей Радонежский, представители фамилии Годуновых, многие московские архиереи, патриархи Алексий I и Пимен. Многочисленные сокровища хранятся в ризнице – это уникальные предметы декоративно-прикладного искусства, подношения царей и богатых людей монастырю. Значительным фондом рукописей обладает лаврская библиотека – здесь хранятся и русские летописи, и рукописные книги.
Внутри лавры червонным золотом горят глава и кровля древнейшего Троицкого собора. Он первый в России памятник, поставленный в честь основателя монастыря-крепости Сергия Радо-нежского в год его канонизации (1422 г.) и официального провозглашения «покровителем земли Русской». В одноглавом белокаменном Троицком соборе покоится прах Сергия, а в музее хранит-ся надгробная пелена с изображением игумена. В иконостасе собора – работы Андрея Рублёва и его товарищей. Лучший художник русского средневековья написал здесь всемирно известную «Троицу». Она сейчас в Третьяковской галерее, а в иконостасе – превосходная копия.