Со временем ризница уже не вмещала всех накоплений, тогда под Никольской церковью была построена новая, с отдельной библиотекой. Помещение второго этажа (1797 г.) было расширено за счёт объединения с библиотекой, и драгоценности, древние книги, документы хранились в одном месте. Затем (1831 г.) к ризнице под церковью пристроили новую палату (445 кв. м). По стенам залы установили застеклённые деревянные шкафы с бесценными коллекциями. Часть их была разграблена в 1918–1919 годах белогвардейцами и англичанами. А в помещении ризницы (23 ноября 1923 г.) «открылся серый занавес с нашитой на нём белой соловецкой чайкой, символом весны и свободы». Её отдали под «слоновский» театр: соорудили подмостки и скамьи на 400 человек и играли постановки.
Библиотека – крупнейшее древнерусское книжное собрание на Севере, художественная и научная ценность которого исключительно высока. Она была основана во второй половине XV века иноком Досифеем, впоследствии игуменом, просвещённым книголюбом. Он заказывал пере-писывать книги, «не мало лет» находясь в Новгороде, а сохранившиеся списки (1493–1494) пока-зывают, что те книги были не богослужебные, а «для чтения и образования». Досифей известен как первый на Руси автор книжного знака, экслибриса, и как первый соловецкий писатель, автор Жития Зосимы и Савватия. В описях XVI века упоминаются книгохранительные палатки под присмотром специального книгохранителя. К концу XVI века в библиотеке находилось: 481 ру-копись и 38 печатных книг. В её фонде и исторические сочинения – летописи, где сообщалось о внутренней жизни монастыря, о событиях на Севере, в России. Например, о поездке Ивана IV в Новгород и Псков, о землетрясении в Керети, Ковде и Кандалакше (1542). Соловецкие летописцы сопровождали игуменов и старцев в Москву и Новгород. В XVI – начале XVII века библиотека пополнилась сборниками двух групп текстов: традиционного содержания и современной истори-ческой публицистики. Позднее солидное собрание заимело «книгописную палату» с отделом ква-лифицированных переписчиков – скрипторием и при нём переплётной мастерской. Лучшие эк-земпляры шли «на раздачу», продажу, в другие монастыри.
Рукописные книги были произведениями не только литературного, но и прикладного искусства. Деревянный переплёт обтягивали кожей, которую вручную теснили затейливым орнаментом. Самые дорогие – оковывали серебряными или медными окладами и украшали жемчугом, драгоценными камнями. Для лучшей сохранности их снабжали металлическими застёжками, а чтобы внутрь не попадала пыль, в Соловках придумали хранить их корешком вверх. Для защиты переплёта на рёбрах досок со стороны, противоположной корешку, делались маленькие выступы-ножки (иногда и по углам переплёта), чтобы тиснёная кожа не истёрлась и не поцарапалась при чтении. Переписка книг в монастыре велась, видимо, до семидесятых годов XVII века. Дороговизна рукописной книги делала её пожертвование существенным и ценным вкладом. Книжные вклады составляли половину всех поступлений библиотеки. Так, были подарены книги Иваном IV (12 штук), священником Сильвестром, Фёдором Колычёвым, его преемником Иоасафом, патриархом Никоном, келарями Троице-Сергиева монастыря Авраамием Палицыным и Александром Булатниковым («Житие Зосимы и Савватия» 1623 г. и др.), Дмитрием Пожарским (рукописное евангелие XVI века в 1613 году – редкий памятник отечественной письменности: в серебряном с позолотой окладе, с чернью, драгоценными камнями, хрусталём, жемчугом, бесследно исчезнувшим, местонахождение его неизвестно).
В числе раритетов значились: Псалтырь, принадлежавший Зосиме; «Апостол» 1586 года; Временник Георгия Амартола, греческого писателя IX века; «Слово о законе и благодати» – XI века; старопечатные евангелия начала XVII века в драгоценных окладах (вес одного 40 кг). Книги больше «приходили» в библиотеку, а если и расходились, то в филиалы и колонии (скиты, соляные варницы), после закрытия которых вновь возвращались.