Самые древние части Покровской церкви относятся к XVII веку. Иконостас храма написан в 1984 году. Группу художников-иконописцев возглавил насельник Псково-Печерского монастыря игумен (ныне архимандрит) Зинон. В своей работе мастера следовали традициям древнерусского искусства XV – начала XVI века.
На солее Покровской церкви в киоте помещена главная святыня храма – икона благоверного князя Даниила с частицей его честных мощей.
Церковь Святого Даниила Столпника находится в западной части храма Святых Отцов. Она сооружена в XVIII веке. Её престол – самый древний в монастыре. В честь преподобного Даниил а Столпника – небесного покровителя благоверного князя Даниила, получившего имя его при крещении, – была освящена в XIII веке первая деревянная церковь монастыря, давшая название всей обители.
Иконостас церкви создан по проекту священника отца Вячеслава Савиных в 1988 году. Он состоит из местного, деисусного и пророческого рядов. Большинство икон написаны отцом Вяче-славом и художницей Натальей Шелягиной. Над Царскими вратами размещён ярус аналойных икон XVII–XIX веков.
Храм Святых Отцов семи вселенских соборов размещается на втором этаже. Первоначально собор во имя Святых Отцов находился к северу от существующего храма. Он был сооружён в 1555–1560-х годах и освящён митрополитом Московским Макарием в присутствии царя Ивана Грозного 18 мая 1561 года. В XVIII веке древний храм обветшал и был разобран. В связи с этим над Покровской церковью возвели второй этаж, куда был перенесён престол в честь Святых Отцов семи вселенских соборов.
Из сокровищ древнего храма сохранилась Владимирская икона Божией Матери с Акафи-стом. Она находится в местном ряду иконостаса, слева от Царских врат. Справа от Царских врат размещён храмовый образ Святых Отцов семи вселенских соборов, написанный в 1989 году. Из других икон местного ряда замечательны в историческом и художественном отношении образ святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских, с клеймами жития на раме XVII века и Казан-ская икона Божией Матери XVIII века с клеймами, иллюстрирующими «Сказание о явлении чу-дотворной иконы Пресвятой Богородицы в г. Казани». Верхние ряды иконостаса представляют собой единый ансамбль из 67 икон XVII века, поступивших из Троице-Сергиевой лавры и Мос-ковской духовной академии. К северу от иконостаса находится рака с частицей мощей благовер-ного князя Даниила.
В северной галерее храма расположен придел в честь святого князя Даниила. Память осно-вателя обители празднуется в день его блаженной кончины, 4/17 марта, и в день обретения в 1652 году его мощей, 30 августа/12 сентября.
Церковь преподобного Симеона Столпника расположена над Святыми вратами, под коло-кольней. Она построена в 1730-х годах и сохранилась в своём первоначальном виде. Колокольня же над храмом была снесена в 1930-х годах, а её колокола, подбор которых был одним из лучших в Москве, вывезены в США и размещены на звоннице Гарвардского университета.
В 1984 году колокольня Свято-Данилова монастыря была восстановлена в прежних формах. Её высота – 45 метров. На колокольне 16 колоколов, привезённых в основном из Поволжья. Са-мый большой из них, отлитый в 1886 году в Ярославле, весит 221 пуд.
Церковь преподобного Симеона Столпника освящена после реставрационных работ 27 фев-раля 1988 года.
Её иконостас состоит из местного, праздничного и деисусного чинов. Он оформлен по про-екту московского художника-иконописца С. Н. Добрынина, написавшего для него 12 икон, в том числе и храмовый образ святого Симеона Столпника. Основной комплекс икон для иконостаса надвратной церкви поступил в Данилову обитель как пожертвование из Псково-Печерского монастыря. Он составлен из стилистически близких икон XVII–XX веков. Тябла (поперечные брусья) и вертикальные колонки между иконами расписаны орнаментом по мотивам росписи иконостаса в церкви преподобного Иоанна Лествичника Кирилло-Белозерского монастыря.