И. Киселёв, И. П. Поливанов, И. Н. Давыдов, П. М. Евреинов, И. Галанин и др. сумели упако-вать ценности и скрытно вывезти их в Нижний Новгород, а затем во Владимир. Летом 1813 года экспонаты были благополучно возвращены в Москву.
Первая экспозиция музея была открыта лишь в 1814 году, когда его возглавил один из из-вестнейших и влиятельнейших вельмож своего времени, сенатор, член Государственного совета, любитель и собиратель древностей князь Николай Борисович Юсупов.
До августа 1831 года организационная структура и штат музея остаются практически неиз-менными. Главноприсутствующие Д. И. Киселёв, Ф. А. Ушаков, непременные члены палаты, канцеляристы, экзекутор и т. д. осуществляют каждодневную работу по учёту и хранению экспонатов, организуют посещение экспозиции музея публикой.
Положение кремлёвского музея в системе государственных учреждений России коренным образом изменяется Высочайшим указом императора Николая I от 22 августа 1831 года. Изменя-ется даже его название, отныне музей именуется «Московской Оружейной палатой».
Музей передаётся в ведение Московской дворцовой конторы, учреждённой вместо упразд-нённой этим указом Экспедиции Кремлёвского строения. Контора входила в ведение Министерства императорского двора.
Самостоятельность музея значительно ограничивается по сравнению с Положением 1806 го-да. Согласно Уставу Московской дворцовой конторы Оружейная палата «не будет уже составлять отдельного Присутственного места, а присоединяется к Московской Дворцовой конторе, как хра-нилище оружий, драгоценностей и прочих находящихся в ней редкостей».
Вопросы финансирования Оружейной палаты, определения штата, повышения в чинах, её делопроизводство передаются в подразделения (столы) Московской Дворцовой конторы, архив присоединяется к общему архиву конторы, и даже ключи от палаты должны храниться в «присут-ственной комнате конторы».
Существенно изменяется штат музея. Вводятся должности директора и двух его помощни-ков. Директор назначается Высочайшим именным указом, но по представлению Министерства императорского двора, помощники утверждаются министром.
Директор Оружейной палаты, в отличие от главноначальствующего, лишался права непо-средственно обращаться к императору. Устав требовал «по всем делам», относящимся к палате, «вносить в контору особые записки», причём при рассмотрении этих дел в конторе директор имел «равный с прочими советниками голос».
На директора и его помощников возлагалась полная личная ответственность за утрату или порчу экспонатов, в их обязанности входило хранение, систематизация, описание и учёт ценно-стей музея, а также экскурсоведение. Директор и его помощники, по Уставу 1831 года, фактически не являлись администраторами, а выполняли функции хранителей. Обеспечение чистоты в помещениях и надзор за посетителями осуществлял экзекутор и служители музея.
Первым директором Московской Оружейной палаты был назначен тайный советник, гене-рал-майор Фёдор Александрович Ушаков, до реорганизации музея занимавший должность глав-ноприсутствующего. Помощниками директора стали бывшие непременные члены палаты стат-ский советник П. И. Евреинов и коллежский советник князь С. Я. Грузинский.
Вслед за Ф. А. Ушаковым, остававшимся в должности директора Московской Оружейной палаты до 1841 года, её последовательно занимали Михаил Николаевич Загоскин (1842–1852), Александр Фомич Вельтман (1852–1870), Сергей Михайлович Соловьёв (1870–1879), Аркадий Александрович Талызин (1879–1886).
В 1850-х годах отрабатывается музейная система учёта и хранения экспонатов. В 1858 году были утверждены Правила по управлению Московской Оружейной палатой, которые оставались в основе своей неизменными до 1917 года.
Под руководством А. Ф. Вельтмана начинается работа по созданию первой научной описи экспонатов. Эта работа, выполнявшаяся сотрудниками музея несколько десятилетий, до сих пор представляет огромный интерес как этап в научном исследовании коллекций Оружейной палаты.