История музея в Кремле, в самом сердце страны всегда была неразрывно связана с историей Российского государства. Музей-сокровищница, музей, хранящий государственные реликвии и огромные материальные ценности, всегда привлекал пристальное внимание власти. Это обстоя-тельство иногда благотворно, иногда трагически, но всегда активно влияло на жизнь музея.
Несмотря на интерес к истории музея, особенно проявившийся в последнее десятилетие, ос-таётся множество белых пятен, невыявленных фактов, необнаруженных документов. Прежде все-го, это касается вопросов ведомственного подчинения музея, развития его структуры и штата, что в значительной степени определяло все сферы музейной работы и вместе с тем отражало осозна-ние обществом значимости кремлёвской сокровищницы.
Осмысление опыта и традиций, пути, пройденного музеем, могут быть чрезвычайно важны для определения его истинного места в культуре России.
Статус музея Мастерская и Оружейная палата получает в соответствии с указом императора Александра I «О правилах управления и сохранения в порядке и целости в Мастерской и Оружейной палате ценностей» от 10 марта 1806 года. Разработкой концепции, формированием штата и проведением основных мероприятий по созданию музея руководил действительный тайный советник Пётр Степанович Валуев. Указ завершил процесс реформирования системы управления кремлёвской сокровищницей и стал поворотным пунктом в истории создания музея в Московском Кремле. Он устанавливал правила и нормы, которые позволяют говорить о том, что с этого времени Мастерская и Оружейная палата начинает развиваться как музейное учреждение со всеми присущими ему функциями.
Согласно Правилам запрещалось продавать или выдавать из музея какие-либо ценности без особого на то предписания императора. Ответственность за сохранение экспонатов, их перемеще-ния внутри музея, розыск «достопамятностей», ранее выданных из палаты, а также ответствен-ность за штат служащих возлагалась на главноначальствующего над Мастерской и Оружейной палатой П. С. Валуева. Музей входил в ведение Экспедиции Кремлёвского строения, которую также возглавлял Валуев. Однако в силу специфики своей деятельности музей имел своё особое Присутствие – штат чиновников, делопроизводство, финансирование.
Штат палаты состоял из главноприсутствующего (на эту должность был назначен Д. И. Киселёв), трёх непременных членов, правителя канцелярии и его помощника, секретаря и экзекутора, возглавлявшего 14 присяжных, выполнявших техническую работу и наблюдавших за сохранностью «палатских достопамятностей… во время публичных обозрений». Мастеровые, ра-нее составлявшие значительную часть штата палаты, были полностью выведены из него.
Специальными рескриптами императора назначались почётные члены Мастерской и Ору-жейной палаты. Как правило, это были известные историки, деятели культуры и коллекционеры, вносившие непосредственный вклад в изучение и комплектование коллекций музея. Среди них можно назвать Н. И. Карамзина, А. И. Мусина-Пушкина, А. Н. Оленина, П. П. Свиньина и др.
В 1807 году выходит в свет издание, предпринятое по инициативе П. С. Валуева, в котором впервые были опубликованы важнейшие коллекции музея – «Историческое описание древнего Российского музея, под названием Мастерской и Оружейной палаты в Москве обретающейся». Составил его первый почётный член музея А. Ф. Малиновский.
В 1806 году по проекту архитектора И. В. Еготова было начато строительство здания для музея. Его сооружение и внутренняя отделка продолжались до 1812 года. Работа по созданию первой экспозиции музея была прервана начавшейся войной.
Славной страницей в истории музея стало спасение государственной сокровищницы во вре-мя оккупации Москвы войсками Наполеона. Сотрудники Мастерской и Оружейной палаты Д. И. Киселёв, И. П. Поливанов, И. Н. Давыдов, П. М. Евреинов, И. Галанин и др. сумели упако-вать ценности и скрытно вывезти их в Нижний Новгород, а затем во Владимир.