13 января 1989 года. Станция «Ждановская» переименована в «Выхино». Ждановско-Краснопресненская линия переименована в Таганско-Краснопресненскую.
31 декабря 1989 года. Открыта станция «Крылатское» Филёвской линии. Длина нового участка – 1,9 км.
17 января 1990 года. Введён в эксплуатацию участок Калужско-Рижской линии от станции «Тёплый Стан» до станции «Битцевский парк» протяжённостью 3,6 км.
3 августа 1990 года. Вступил в строй участок Сокольнической линии от станции «Преобра-женская площадь» до станции «Улица Подбельского» длиной 3,8 км.
5 ноября 1990 года. Переименованы следующие станции и линии:
«Кировская» – «Чистые пруды».
«Дзержинская» – «Лубянка».
«Площадь Ногина» – «Китай-город» (обе станции).
«Проспект Маркса» – «Охотный ряд».
«Площадь Свердлова» – «Театральная».
«Горьковская» – «Тверская».
«Калининская» – «Александровский сад».
«Колхозная» – «Сухаревская».
«Щербаковская» – «Алексеевская».
«Ленино» – «Царицыно».
Кировско-Фрунзенская линия – Сокольническая линия;
Горьковско-Замоскворецкая линия – Замоскворецкая линия.
1 марта 1991 года. Введён в эксплуатацию участок Серпуховско-Тимирязевской линии от станции «Савёловская» до станции «Отрадное» длиной 8,5 км.
31 декабря 1992 года. Вступил в строй участок Серпуховско-Тимирязевской линии от стан-ции «Отрадное» до станции «Бибирево» протяжённостью 2,6 км.
15 июля 1994 года. Введён в строй участок Серпуховско-Тимирязевской линии от станции «Бибирево» до станции «Алтуфьево» протяжённостью 2 км.
20 ноября 1995 года. Принят в эксплуатацию оборотный тупик станции «Каширская». С этого момента прекращено вилочное движение поездов по Замоскворецкой линии. Поезда следу-ют от станции «Речной вокзал» до станции «Красногвардейская», а участок линии протяжённо-стью 3,3 км от станции «Каширская» до станции «Каховская» выделен в самостоятельную Кахов-скую линию.
29 декабря 1995 года. Введён в строй первый участок Люблинской линии от станции «Чка-ловская» до станции «Волжская» протяжённостью 12,1 км.
25 декабря 1996 года. Люблинская линия продлена на 5,4 км от станции «Волжская» до «Марьино».
25 августа 1997 года. Открыты вторые выходы на станциях «Белорусская» (кольцевая) и «ВДНХ».
11 декабря 1999 года. Открыта станция «Дубровка» Люблинской линии. 31 августа 2000 года вступила в строй первая часть Бутовского участка Серпуховско-Тимирязевской линии от станции «Пражская» до станции «Улица Академика Янгеля» длиной 2 км.
12 декабря 2001 года. Бутовский участок Серпуховско-Тимирязевской линии продлён ещё на один перегон длиной 1,4 км до станции «Аннино».
14 декабря 2002 года. Вновь открыта станция «Воробьёвы горы» Сокольнической линии.
26 декабря 2002 года. С пуском станции «Бульвар Дмитрия Донского» завершено сооруже-ние Бутовского участка Серпуховско-Тимирязевской линии. Длина прилегающего перегона – 2 км.
6 мая 2003 года открыта станция «Парк Победы». Длина перегона «Киевская»-«Парк Побе-ды» – 3,2 км.
27 декабря 2003 года вступила в строй первая очередь Бутовской линии лёгкого метро из 5 станций («Улица Старокачаловская», «Улица Скобелевская», «Бульвар Адмирала Ушакова», «Улица Горчакова», «Бунинская аллея»).