Ясная Поляна была пере-дана в ведение Академии наук СССР; музей стал превращаться в научно-исследовательский центр изучения наследия Л. Н. Толстого.
В 1941 году над Ясной Поляной нависла угроза оккупации. Было решено эвакуировать вещи из дома Толстого. Эвакуацию организовала внучка Л. Н. Толстого Софья Андреевна Тол-стая-Есенина, которая в 1941 году стала директором объединённых толстовских музеев. Подго-товкой вещей к эвакуации занимался хранитель музея Сергей Иванович Щёголев. 13 октября 110 ящиков с экспонатами дома Толстого были отправлены в Москву, а затем в Томск.
Ясная Поляна была оккупирована в течение 45 дней. В ноябре 1941 года все три больших дома усадьбы надо было топить. Немцы долго использовали для этой цели толстовскую мебель. В комнате под сводами, где Лев Николаевич обычно писал, «новые хозяева» расклеили «изобрази-тельную» продукцию вульгарно-фривольного свойства. В доме-музее они взломали все замки в шкафах и столах, растащили личные вещи Толстого, его родных и близких, уничтожили ценней-шие реликвии: коллекцию крестьянской одежды, бельё и посуду, книги. Немцы безжалостно вы-рубили парк и яблоневый сад, разрушили практически все хозяйственные постройки, скамейки, изгороди. В одной из комнат дома Толстого была устроена сапожная мастерская, в комнате Софьи Андреевны, жены Толстого, они соорудили казино, дом Волконских превратили в госпиталь.
Надругательство было совершено и над могилой Толстого: нацисты похоронили рядом с могилой великого писателя своих солдат и офицеров. В последний день своего пребывания в Яс-ной Поляне немцы сожгли Яснополянскую школу, амбулаторию, здание лесничества. Такая же участь была уготована и дому семьи Толстых. Вечером нацисты развели в нём костёр, затем быстро сели в машины и покинули Ясную Поляну.
От уничтожения мировую святыню спасли сотрудники музея-заповедника и яснополянские крестьяне. Пожар удалось потушить, и в усадьбе немедленно начались восстановительные работы. Первая реставрация была завершена к маю 1942 года. В мае 1945 года экспонаты дома Толстого вернулись на свои прежние места. Но восстановление Ясной Поляны продолжалось ещё долгое время.
В 1951 г. была проведена серьёзная реставрация дома Толстого; был восстановлен яблоне-вый сад, вымерзший во время войны, но воспоминаниям жителей деревни и фотографиям рекон-струированы хозяйственные постройки (кучерская изба, житня). В 1953 году на реставрационные работы в музее было выделено 6 млн. рублей.
В те годы особое значение приобрела фондовая работа. На каждый из 37 мемориальных объектов усадьбы сотрудники музея разрабатывали паспорта, содержащие точное описание объ-екта, его размеры, место расположения, назначение, фотографии. С 1950-х годов регулярно выхо-дят в свет Яснополянские сборники научных статей; переиздаются путеводители по дому Толсто-го и заповеднику.
Начиная с 1950-х годов расширяется экспозиционная деятельность музея, постоянно сменя-ют друг друга выставки во Флигеле Кузминских и выставочных залах Дома Волконского; музей организует передвижные выставки; расширяются его фонды; растёт число посетителей.
В 1971 году (год 50-летия образования музея) Ясная Поляна приняла трёхмиллионного по-сетителя. 150-летие Л. Н. Толстого (1978 г.) ознаменовалось награждением музея орденом Ленина. К юбилею было полностью завершено издание библиографического описания книг на русском языке в библиотеке Толстого (в 2-х томах).
Постепенно Ясная Поляна превратилась в крупнейший мемориальный и природный музей-заповедник мирового значения.
Новый этап в истории музея начался в 1990-е годы, когда его директором стал праправнук Л. Н. Толстого – Владимир Ильич Толстой. Сегодня, по-прежнему уделяя внимание традицион-ным направлениям деятельности музея, Ясная Поляна развивается в новых направлениях, напри-мер: разработка альтернативных туристических программ, развитие культурного туризма на базе Ясной Поляны, но с выходом за её пределы; реализация мощного потенциала в области просве-щения; возрождение народных традиций; расширение рекламной и издательской деятельности; внедрение новых технологий; сотрудничество с зарубежными странами.