Після війни та революції господарство повністю занепало – залишилася одна корова й кури. Працювати було нікому: бабуся постарішала, мати – зайнята роботою акушерки, тому на господарство часу бракувало, наймати працівників не було за що. Михайло Амосов почав було піднімати знищене господарство, він багато чого навчився від німецьких фермерів, навіть організував споживчий кооператив і маслобійню, яка проіснувала до 1936 року. Але незабаром поїхав із села – його запросили до Череповця на відповідальну і солідну посаду голови губернської спілки кооператорів. Він сподівався, що завдяки новій роботі підніме знищене господарство, котре було в повному занепаді, – купив нового плуга, дещо з техніки, коня, навіть знесли стару «зимову хатинку» і розпочали будівництво нового, хорошого будинку (його так і не добудували)… На жаль, жоден з планів не був реалізований.
Спочатку Михайло приїжджав до Ольхового щотижня, займався господарством, але невдовзі почав пити, причому добряче, напруга в сім’ї зростала. Незабаром стало відомо, що в батька з’явилася інша жінка. Родина розпалася.
Михайла Амосова відправили працювати в районний центр Шексна, оскільки його пиятика заважала роботі в Череповці. Він запросив у Шексну дружину та сина, але одночасно туди приїхала його коханка. Усе стало очевидним, приховувати нові стосунки вже не мало змісту. Дорослі остаточно прийняли рішення розлучитися. Після цього батько довго не приїжджав до Єлизавети й сина. Бабуся, тітки й дядьки – сестри і брати Михайла – стали на бік покинутої жінки, підтримували її як могли.
Микола важко переживав розлучення батьків, адже остаточний розрив відбувся на його очах. Безумовно, він став на бік матері, жалів її. Пізніше Амосов так писав про ці події: «Мама плакала, вдень ми сіли в поїзд і поїхали до Череповця. Це була моя перша мандрівка потягом. Цілу дорогу я простояв біля відчиненого вікна і про батьків думав мало. Маму було шкода, але, може, це й добре, що він пішов? Мені не пощастило з батьком. Пробачити його ніколи не зміг, хоча особисто мені він і не був потрібен: забрався, то й добре. Мама ж залишилася!» Пішовши з сім’ї, Михайло Амосов усе ж брав певну участь у тому, щоб поставити дітей від першого шлюбу на ноги, він виділив невеликі кошти на утримання Миколи, коли той пішов навчатися. Марія, яку Михайло удочерив з моменту шлюбу з Єлизаветою, жила з ним на початку двадцятих років у Череповці, закінчувала середню школу, і було їй там нелегко. Характер вона мала складний, а до батька приходила коханка, з якою він пиячив. Марія згадувала ті часи з жахом і відразою. Як тільки в 1924 році дівчина вступила до інституту, одразу ж пішла жити самостійно.
У новій сім’ї в Михайла Амосова народилися двоє синів. Однак його доля склалася сумно – алкоголь підірвав здоров’я, у 1930 році він захворів та осліп. З діагнозом «атрофія зорового нерву на ґрунті алкоголізму» його лікували в Ленінграді. Спочатку відбулося певне просвітлення і він знов почав працювати, однак у 1931 році Михайло помер, ймовірно від хвороби серця. Згодом Микола Амосов написав, що мама все пробачила батькові й дуже його жаліла.
Можливо, обтяжливе розлучення батьків або підсвідомий страх матері втратити молодшу, хворобливу дитину призвели до того, що дитинство маленького Миколи було незвичним для села: тримався він осторонь, спілкувався тільки зі своїми двоюрідними сестрами, та й то рідко. Гуляти також не любив: його ледь не силоміць виганяли «дихати повітрям», особливо взимку. Амосов згодом писав, що це, скоріш за все, відіграло позитивну роль: «Самотність формувала розум. Тепер багато говорять про «розвиткові ігри», включно з комп’ютерними. У мене не було навіть іграшок, хіба що глиняний свищик від приїжджих торговців горщиками, які продавали з підвод».
Так Микола й пішов до школи: самотній, без друзів, адже навіть сусідських дітей він бачив лише здаля. «Ну просто панич! Читати-писати не вмів. Пам’ятаю тільки, що багато малював, фантазував». Але школа стала для хлопчика подією. Учителів було мало, тому одна вчителька вчила два класи: перший і третій. Амосова посадили зі старшими, позаяк перший клас був переповнений і місця там не було. Микола швидко вивчив літери і почав читати не гірше за третьокласників, що сиділи поряд. Через три місяці він подужав «Робінзона Крузо».
Проте спочатку школа йому не сподобалася: багато галасу, діти всі незнайомі, пустують, контакту в Миколки ні з ким не було, навіть на перервах він намагався не виходити з-за парти. Однак до зими освоївся. А першого ж шкільного літа «панство» вивітрилося з нього остаточно: усі дні проводив з новими товаришами, бігали босоніж, ловили рибу – словом, він відчув усі радощі сільських хлопчаків незалежно від епохи. Як потім згадував Амосов, нічого визначного в його сільському дитинстві не було – річка, ліс, луки, ігри; лідером стосовно забав Микола не був, але його поважали, бо він гарно вчився. Влітку, як завжди, багато роботи: косовиця, жнива, молотьба – від моменту, коли батько залишив їх, Микола став головним працівником у родині.
Не дивлячись на дитячу активність, Амосов усе ж залишався незграбним, як потім сам це визнавав: «Своєчасно не були опрацьовані «рухові програми». Не навчився плавати, не бився, погано грав у «городки», «в лапту», не вмів їздити на велосипеді, танцювати. Завжди відчував свою меншовартість. Дивуюся, як я взагалі став хірургом: це ж така делікатна робота!»
Коли Амосов пішов у другий клас, відкрили нову школу – на відстані кілометра від села. Добиратися туди було складніше, але хлопчаки сприймали все це як нову гру з пригодами: взимку – хуртовини, кучугури, весною, в час повені – переправа човном. Амосов досить пристойно опанував веслування, навіть навчився веслувати на байдарці, як сам визнавав, цілком професійно!
Як уже згадувалося, Амосов навчався добре, але при загальній бідності школи давалося це нелегко – бракувало підручників, паперу, а в молоденьких учительок – уміння викладати. Зрештою, першу вчительку – Серафиму Петрівну, він згадував охоче. У четвертий клас Амосов і товариші пішли вчитися до «міністерської» школи на протилежному кінці села. Там спочатку також не обійшлося без труднощів: село було велике, і хлопці з «того краю» билися з «цим краєм». Проте Микола вже став «частиною колективу свого краю» села, і підліткові «розбірки» не надто заважали шкільному життю.
Незабаром все змінилося, неорганізована вольниця скінчилася й у виховання дітей втрутилася партія: в 1924 році було створено перший загін піонерів. Настало дуже цікаве життя, в Амосова з’явилася перша посада – заступник вожатого загону. Як він іронізував у «Голосах часів»: «Таким хорошим був партійний початок – та все ж не отримав продовження!» Партійна кар’єра «на піонерах» і закінчилася – ні в комсомолі, ні в партії Амосов не був, хоча його активно агітували вступати, однак він залишався непохитним – був єдиним безпартійним директором інституту в радянські часи.
Громадська робота в школі кипіла – збори загону, «нагінки» недбалих, походи, стінгазета. Амосов навіть брав участь у дорослому драмгуртку, а на мітингу до сьомої річниці Жовтневої революції читав вірші на площі! Під час навчання в школі Амосов організував шкільний кооператив з продажу книг. Ідею подав знайомий батька, сам кооператор – комуніст зі стажем і колишній емігрант. Амосов згадував, як це було: «Саме цього року була повінь в Ленінграді, постраждало багато товарів, зокрема й книжкові склади. Він прислав нам для кооперативу ящик підмочених й уцінених книг на 100 з лишком рублів. На них ми і розжилися, розпродали з прибутком, сплатили борг і набули новий основний капітал. Щоправда, потім торгівля йшла слабко, та все ж зошити й олівці отримували через кооперативні канали».