Навесні 1876 року Михайлик вступає до другого класу Шаргородського духовного училища – єдиного навчального закладу поблизу Бара. Серед інших бурсаків – сільських поповичів – він вирізнявся вдумливістю, серйозністю.
Звичайно, у Шаргородському, як і в інших тогочасних навчальних закладах, у першу чергу – духовних, панували рутина, схоластика, формалізм. Серед «виховних» традицій там міцно вкоренилася система фізичних покарань, таких, як «волосодраніє», «вуходраніє» і «гречана каша» (вистоювання у кутку класу голими коліньми на гречаній крупі).
Саме у цей період виявився письменницький талант Михайла. На надзвичайні літературні здібності юнака звернув увагу викладач російської мови. Так, далекий родич сім’ї Коцюбинських, помічник наглядача училища Всеволод Ковердинський у своїх спогадах зазначав про літературний талант підлітка: «З’явившись якось в учительську з солідним жмутком учнівських творів, він [учитель. – Авт.] витяг звідти працю учня 4-го класу Михайла Коцюбинського на тему: “Як відбуваються Різдвяні свята в моїй сім’ї” і став читати її перед учителями. Закінчивши читання, схвильовано вигукнув: “Панове! Будемо мати свого літератора!” А хтось із присутніх колег зауважив: “Написано доволі плавним, легким складом і приємною мовою, та й смисл є, але не віриться, щоб автор, хоч і учень четвертого класу, міг самотужки виповнити цю роботу; мабуть, він запозичив зміст і форму на задану тему”. Але вчитель російської мови наполягав на своєму: “Ні, панове, це майбутній письменник, майбутній поет – щоправда, він ще не має поняття про правильність стилю і про красиву мову, але тут діло в його слухові й природному чутті, яким він керувався в доборі форми для висловлювання своїх думок. Що ж стосується змісту, так він зовсім звичайний і навряд чи запозичений”».
Ось як писав про нього один із молодших шкільних товаришів: «Це був стрункий, із великим чубом юнак, із блідим, надто серйозним, як на свої літа, обличчям. Пам’ятаю також, що серед нас, учнів школи, він був відомий як юнак вельми розвинений».
Навчання в духовній семінарії давало непогані знання в гуманітарній сфері, випускники такого закладу не обов’язково мали ставати церковнослужителями. Як згадують сучасники, в юнацькі роки захопленнями М. Коцюбинського було не тільки читання художніх творів, але й малювання. Малював тушшю портрети В. Бєлінського, Г. Чернишевського, М. Добролюбова.
Під час навчання Михайла у Шаргороді матеріальне становище родини Коцюбинських погіршується. Батько змушений змінювати місця роботи, а тому протягом 1878—1881 р. доводиться переїздити: м. Шаргород, с. Пікове, м. Станіславчик, м. Вінниця.
Відомо, що по закінченні Шаргородського духовного училища (1880) Михайло продовжував займатися самоосвітою, читанням філософської та художньої літератури, яку діставав у приватних бібліотеках, подорожуючи разом із батьком селами Вінниччини. Допитливий Михайло користувався будь-якою нагодою, щоб добути якусь пізнавальну книгу. В одному селі, під час таких подорожей, він познайомився зі священиком, який дозволив йому брати книги зі своєї багатої бібліотеки, як художні, так і соціально-економічні, філософські, зокрема твори Фейєрбаха, Фур’є. «Серед тих авторів, яких я ковтав десятками, найбільше враження зробили на мене журнали «Основи», твори Марка Вовчок, а потому «Кобзар» Шевченка. Читання, – писав Коцюбинський, – настільки перевернуло мій світогляд, що з незвичайно релігійного хлопця, яким я був до 12 років, я став на 13 році життя атеїстом, а на 14 – соціалістом».
Михайло дуже любив твори Г. Успенського та В. Короленка, але особливо велике значення для нього мала творчість Панаса Мирного. Про вплив творів цих митців Коцюбинський згодом так писав у листі до свого кумира – Панаса Мирного: «…опріч величезного літературного хисту, який зразу зачарував мене, я бачив в них широкий та вільний розмах думки – власне те, чого не стає мало не всім нашим белетристам».
На час закінчення духовної школи (1880) Михайло отримав досить пристойну для інтелігента з родини середніх статків освіту.
Прагнучи продовжувати освіту, він 1881 р. вступає до Кам’янець-Подільської семінарії. Проте продовжити навчання через матеріальні нестатки у родині не зміг: «З причин більше незалежних од мене, я не міг скінчити середньої школи, хоч, маючи замір дістатись на університет, систематично доповнив свою освіту».
До того ж саме на період перебування у Кам’янець-Подільському припадає Михайлове захоплення революційним народництвом та знайомство з представниками революційно налаштованої молоді, учасниками «Подільської дружини», подільської групи партії «Народна воля», «Немирівської ліги», та ін. «…ніякі книги не могли б дати того, що дали ці нечисленні дні щирого захоплення думки, справжнього шукання правди і підвалин у житті», – писав згодом Михайло Михайлович, згадуючи «хороший юний час».
Одного разу, повертаючись увечері додому, юнак помітив підозрілого незнайомця, що заглядав у вікна його хати. Не довго думаючи, він підбіг і вдарив своїм сукуватим ціпком незнайомця. Ним виявився жандарм – вартовий, що разом із іншими прийшов на квартиру Коцюбинського робити трус. Зухвалого молодика було заарештовано, звинувачено в нападі на поліцію та запроторено на три доби до буцегарні. Врешті-решт за ним встановлюють таємний поліційний нагляд: «На сімнадцятому році я вже мав політичний процес, і з того часу до останніх днів жандарми не позбавляють мене своєї ласкової опіки», – писав у автобіографічному листі митець.
Материна сліпота, чергове звільнення батька з роботи 1883 року змушують Коцюбинського повернутися до свого помешкання у Вінниці. Батько, тяжко переживаючи безробіття, покидає родину та їде до Тростянця, де остаточно спивається та помирає 1886 року.
Отже, у дев’ятнадцятирічному віці Михайло змушений розпочати самостійне і доросле життя, він стає годувальником і главою родини.
Відтоді він – моральна опора для сліпої матері – узяв на себе піклування про долю братів і сестер.
Михайло Коцюбинський на педагогічній ниві
Після закінчення Шаргородського духовного училища, не маючи змоги продовжувати навчання у Кам’янець-Подільській семінарії через родинні негаразди, Михайло заробляє на прожиття, даючи приватні уроки в заможних родинах. Педагогічною працею він починає займатись із 1883 р. потай, бо, по-перше, не мав учительського диплому, а по-друге, дістав статус «політично неблагонадійного». «Лекціями я мусив кілька літ заробляти шматок хліба!» – писав згодом Михайло Михайлович. А чиновник губернського жандармського управління доповідав начальству, «що педагогічна діяльність таких осіб не може бути визнана бажаною».
Хоч як дивно, але першою його ученицею була дочка секретаря Вінницького поліційного управління Жені Мозгалевська.
Постійне недоїдання, а часом брак теплого одягу стали причиною проблем зі здоров’ям молодого педагога (до 1886 р. він тричі хворів на запалення легенів).
Про цей період життя Михайла згадують сестри Недоборовські, які товаришували з родиною Коцюбинських у період їхнього проживання у Вінниці з 1883 по 1893 р. За їхніми словами, сім’я Коцюбинських перебувала в досить скрутному матеріальному становищі. Заробляв тільки Михайло, вчителюючи у Вінниці, а іноді виїжджаючи для цього й на села. Ось як описував згодом своє тодішнє життя-буття митець: «Як виходжу в ½ 9 години, то вертаюсь з лекцій о ½ 8 вечора… Спервоначалу було мені страх тяжко, а тепер нічого, обтерпівся».