Реформы на Дону создают войсковое гражданское правительство по образцу губернских администраций центральной России. В 1771 году к России окончательно присоединено Калмыцкое ханство.
При Екатерине территория империи поделена на губернии, многие из которых в практически неизменном виде сохраняются до Октябрьской революции. Территория Эстляндии и Лифляндии в результате проведения областной реформы в 17821783 годах разделена на две губернии Рижскую и Ревельскую с учреждениями, уже существовавшими в прочих губерниях России. Также ликвидирован особый прибалтийский порядок, предусматривавший более обширные, чем у русских помещиков, права местных дворян на труд и личность крестьянина. Сибирь разделена на три губернии: Тобольскую, Колыванскую и Иркутскую.
Внедренные в оборот в 1769 году бумажные деньги ассигнации в первое десятилетие своего существования составляют лишь несколько процентов от металлической (серебряной и медной) денежной массы, и играют положительную роль, позволяя государству сократить свои расходы на перемещение денег в пределах империи. Однако ввиду нехватки денег в казне, ставшей постоянным явлением, с начала 1780-х годов, происходит все больший выпуск ассигнаций, объём которых к 1796 году достигает 156 млн. руб., а их стоимость обесценивается в 1,5 раза.
В 1768 году создана сеть городских школ, основанных на классно-урочной системе. Активно открываются училища. При Екатерине уделено особое внимание развитию женского образования, в 1764 году открыты Смольный институт благородных девиц, Воспитательное общество благородных девиц. Академия наук становится одной из ведущих в Европе научных баз. Основаны обсерватория, физический кабинет, анатомический театр, ботанический сад, инструментальные мастерские, типография, библиотека, архив. 11 октября 1783 года основана Российская академия.
За время царствования Екатерины в состав страны входят Северное Причерноморье, Приазовье, Крым, Правобережная Украина, земли между Днестром и Бугом, Белоруссия, Курляндия и Литва. Общее число новых подданных, приобретенных таким образом Россией, достигает 7 миллионов.
Дворянство и горожане. 21 апреля 1785 года изданы две грамоты: «Грамота на права, вольности и преимущества благородного дворянства» и «Жалованная грамота городам». Императрица называет их венцом своей деятельности, а историки считают венцом «продворянской политики» царей XVIII века.
Обе грамоты окончательно закрепляют за верхними сословиями те права, обязанности и привилегии, которые уже предоставлены предшественниками Екатерины в течение XVIII века, и предоставляют ряд новых. Так, дворянство как сословие сформировано указами Петра I и тогда же получает ряд привилегий, в том числе освобождение от подушной подати и право неограниченно распоряжаться поместьями; а указом Петра III оно окончательно освобождено от обязательной службы государству.
Жалованная грамота дворянству:
Грамота на права и выгоды городам Российской империи:
Духовенство лишается автономного существования вследствие секуляризации церковных земель (1764 год), дававших возможность существования без помощи государства и независимо от него. После реформы духовенство зависит от финансировавшего его государства.
В целом в России при Екатерине II декларируется политика религиозной терпимости. Так, в 1773 году издаётся закон о терпимости всех вероисповеданий, запрещающий православному духовенству вмешиваться в дела других конфессий; светская власть оставляет за собой право решать вопрос об учреждении храмов любой веры.
Вступив на престол, Екатерина отменяет указ Петра III о секуляризации земель у церкви. Но уже в феврале 1764 года вновь издаёт указ о лишении Церкви земельной собственности. Монастырские крестьяне числом ок 2 млн. чел. обоего пола изъяты из ведения духовенства и переданы в управление Коллегии экономии. В ведении государства входят вотчины церквей, монастырей и архиереев.
На Украине секуляризация монастырских владений проведена в 1786 году.
Тем самым духовенство попадает в зависимость от светской власти, так как не может осуществлять самостоятельную экономическую деятельность.
Екатерина добивается от правительства Речи Посполитой уравнения в правах религиозных меньшинств православных и протестантов.
В первые годы царствования Екатерины II прекращается преследованиестарообрядцев.
Свободное переселение немцев в Россию приводит к существенному увеличению числа протестантов (в основном лютеран) в России. Им также дозволяется строить кирхи, школы, свободно совершать богослужения. В конце XVIII века только в одном Петербурге насчитывается более 20 тыс. лютеран.
За иудейской религией сохраняется право на публичное отправление веры. Религиозные дела и споры оставлены в ведении еврейских судов. Евреи, в зависимости от имеющегося у них капитала, причисляются к соответствующему сословию и могут избираться в органы местного самоуправления, становиться судьями и прочими госслужащими.
По указу Екатерины II в 1787 году в типографии Академии наук в Петербурге впервые в России напечатан полный арабский текст исламской священной книги Корана для бесплатной раздачи «киргизам».