Во время хранения субстрат слёживается. Перед использованием его необходимо разрыхлить. В потоке горячего воздуха происходит подсушка, обеззараживание и отделение тяжёлых частиц (рисунок справа)
Для видов субстрата, содержащих повышенную концентрацию влаги, которая может стать причиной ухудшения его свойств (под воздействием собственных ферментов и ферментов микроорганизмов), важно снизить её до приемлемого уровня. Для незначительного снижения влажности (до 20 %) используют воздушную термическую просушку. В результате её проведения можно достичь нескольких целей: обеззараживание субстрата, провеивание, разрыхление и собственно снижение влажности. Для более влажных видов, таких как меласса, воздушная термическая сушка становится невыгодной из за высокого расхода энергии. Для них целесообразно провести предварительный сток избытка влаги и отжим (наиболее распространённые способы прессование и центрифугирование). После прессования или центрифугирования субстрат представляет собой плотную, с повышенным содержанием сухого вещества массу, что удобно для эффективного использования площади хранения и средств транспортировки. Для обеспечения неопределённо долгого хранения субстрата его влажность не должна превышать 15 % (процент зависит от вида субстрата).