Правда, начиная с середины 1990-х годов во многих духовных управлениях были созданы вертикальные структуры управления мусульманским сообществом и его институтами. Но эта вполне оптимальная с точки решения организационных вопросов система управления стала ли полноценным субъектом политики, в том числе и конфессиональной? Хватило ли им внутренних ресурсов и серьезных намерений, чтобы активно включиться в процесс создания принципиально новых отношений? Пока нет. Духовные управления, конечно, пытаются определить основные принципы выстраивания своих отношений с основным субъектом конфессиональной политики государством. Ими стали: принцип лояльности и принцип отделения религии от государства. Но чтобы занять активную политическую позицию и четко сформулировать свои политические цели и намерения, этих принципов недостаточно для формирования конфессиональной политики, но они вполне удобны и приемлемы для оперативного управления религиозными отношениями.
Принцип лояльности при необходимости дает возможность духовным управлениям и его структурам обратиться к органам власти, заявляя, что верующие являются полноценными гражданами общества и также нуждаются в поддержке государства, апеллируя к тому, что проблема, не решенная на уровне религиозного общества, рано или поздно распространится по всему обществу, проникнет в самые разные области жизни.
Принцип лояльности при необходимости дает возможность духовным управлениям и его структурам обратиться к органам власти, заявляя, что верующие являются полноценными гражданами общества и также нуждаются в поддержке государства, апеллируя к тому, что проблема, не решенная на уровне религиозного общества, рано или поздно распространится по всему обществу, проникнет в самые разные области жизни.
Принцип отделения религии от государства обычно используется для ограждения религиозных организаций от вмешательства в их дела органов власти. Правда, ДУМ России на проблему эффективности существующих структур и взаимоотношения с государством смотрит по-разному. Это вполне естественно, поскольку все они имеют разные ресурсы, неравное количество мусульманских общин и учебных заведений в своем подчинении.
В российском варианте этот принцип больше подчеркивает зависимость мусульманских организаций от государства, чем определение их как равноправных партнеров. Поэтому в последние годы духовные управления региона намного больше, чем прежде, внимания уделяют соблюдению статей Конституции о светском характере государства. Сегодня стало ясно, что духовные управления вплотную подошли к пониманию необходимости более четкого определения своего места в сфере политических отношений. Есть и понимание того, что для этого у них нет достаточных ресурсов, в первую очередь экономических. Как известно, отсутствие четко выстроенных внутренних механизмов функционирования практически сводит на нет стремление к выстраиванию самостоятельной политики. После того как из России были вытеснены практически все зарубежные мусульманские благотворительные фонды у духовных управлений, кроме выстраивания отношений с государством, вариантов выбора практически не осталось. Государство, в свою очередь, осознав важность укрепления своей позиции и влияния в сфере религиозных отношений, в последние годы предпринимает энергичные шаги по упорядочиванию своей поддержки в конфессиональной сфере. Если иметь в виду, что российские органы власти уже демонстративно подчеркивают приоритеты Русской православной церкви, то духовным управлениям России действительно необходимо более четко обозначить основной спектр своей деятельности.
Многие руководители духовных управлений прекрасно понимают, что решение каких-либо кардинальных проблем необходимо начинать с осмысления своей деятельности. Эта проблема имеет несколько аспектов: каким образом можно преодолеть раскол в мусульманской умме России, насколько целесообразным является существование такого количества духовных управлений, насколько они эффективны как институты управления мусульманскими общинами?
Основные лидеры мусульман России Талгат Таджуддин, Равиль Гайнутдин и Исмаил Бердыев в конце 2009 г. заговорили о необходимости создания единого духовного управления. Правда, многие аналитики и сами религиозные деятели обращают внимание на сложность и неоднозначность этой проблемы. Еще в середине 1990-х годов Валиулла Якупов обратил внимание, что «для девяностых годов были характерны не только тенденции возрождения, но этот период омрачился и произошедшим расколом. И виновато в этом расколе конкретное поколение нашего постсоветского духовенства. Этот раскол не имеет никаких объективных причин, он основан исключительно на амбициях очень узкого круга людей». Необходимость объединения В. Якупов объясняет тем, что в исламе «отсутствует институт Церкви. Де-факто в исламе роль церкви всегда исполняло государство Пока в мусульманском сообществе РФ наблюдается очевидный структурный беспредел. Он и не завершится, пока не будет преодолен стереотип выстраивания отношений государства с исламом, так же как и с православием. Необходим учет специфики ислама, отсутствия в нем института Церкви и духовенства в христианском понимании этого слова. Дистанцированность Российского государства от мусульманских проблем внутри России приводит только к тому, что мусульманские структуры прибираются к рукам другими государствами. Если же Российское государство внятно определит свою политику в исламском сообществе России даже хотя бы через уполномоченную ею структуру, то ситуация, как и в XVIII в., с учреждением ОМДС быстро нормализовалась бы».