В апреле 1920 г. Духовное собрание начало подготовку созыва мусульманского съезда. После долгих согласований с Наркомнацем, Наркомюстом и Уфимским губисполкомом 16 сентября 1920 г. в Уфе открылся первый в условиях большевистской России Всероссийский съезд мусульман. Его участники, делегированные от 7 тыс. мусульманских приходов, рассмотрели вопросы, касающиеся организации и экономической жизни приходов, подготовки кадров духовенства. Съезд проходил под контролем губернских властей и, конечно, не смог обеспечить хотя бы минимально восстановления самостоятельности мусульманских приходов. Последующая эпоха атеизма и террора 2030-х годов исключала таковую возможность. Духовная жизнь сельских мусульман перешла под контроль сельских советов, партийных организаций, колхозной администрации. Мусульманское самоуправление на уровне приходов было забыто. Актуальным стал вопрос о сохранении хотя бы духовных управлений как институтов взаимодействия мусульманского сообщества с советской властью.
В апреле 1920 г. Духовное собрание начало подготовку созыва мусульманского съезда. После долгих согласований с Наркомнацем, Наркомюстом и Уфимским губисполкомом 16 сентября 1920 г. в Уфе открылся первый в условиях большевистской России Всероссийский съезд мусульман. Его участники, делегированные от 7 тыс. мусульманских приходов, рассмотрели вопросы, касающиеся организации и экономической жизни приходов, подготовки кадров духовенства. Съезд проходил под контролем губернских властей и, конечно, не смог обеспечить хотя бы минимально восстановления самостоятельности мусульманских приходов. Последующая эпоха атеизма и террора 2030-х годов исключала таковую возможность. Духовная жизнь сельских мусульман перешла под контроль сельских советов, партийных организаций, колхозной администрации. Мусульманское самоуправление на уровне приходов было забыто. Актуальным стал вопрос о сохранении хотя бы духовных управлений как институтов взаимодействия мусульманского сообщества с советской властью.
С Великой Отечественной войны началась либерализация религиозной политики, коснувшаяся жизни мусульманской общины СССР. Кроме Уфимского духовного управления мусульман появилось еще три:
20 октября 1943 г. в Ташкенте на Учредительном съезде мусульман Средней Азии было создано Духовное управление мусульман Средней Азии и Казахстана (САДУМ) с центром в Ташкенте под председательством Ишана Бабахана ибн Абдулмажидхана;
2528 мая 1944 г. в Баку на I Съезде мусульман Закавказья учреждается Духовное управление мусульман Закавказья с центром в столице Азербайджана под председательством Ахунда Ага Ализаде;
2023 июня 1944 г. на проходившем в дагестанском городе Буйнакске съезде мусульман Северного Кавказа учреждается Духовное управление мусульман Северного Кавказа (ДУМСК) с центром в Буйнакске. Первым муфтием ДУМСК стал кумык Хизри Гебеков.
В октябре 1948 г. в Уфе состоялся IV Всероссийский съезд мусульман, переименовавший ЦДУМ в Духовное управление мусульман Европейской части СССР и Сибири (ДУМЕС). Устав ДУМЕС был зарегистрирован 25 октября 1948 г.
Историческое Духовное управление в Уфе имело более широкие в географическом, территориальном плане полномочия. В его ведении оставались мусульмане не только Российской Федерации, но также Украины, Белоруссии, прибалтийских союзных республик. В то же время в соответствии с новым Уставом ДУМЕС лишалось многих своих прав: выдачи разрешений на открытие новых приходов и образование новых мухтасибатов, составление метрических книг, открытие религиозных школ и даже краткосрочных курсов. ДУМЕС имело право разъяснять верующим основы ислама, рекомендовать прошедших проверку лиц в качестве имамов, вести учет приходов и мечетей.
Модернизация ислама в 80-е годы была связана с именем Талгата Таджуддина, ставшего символом возрождения, лицом российского ислама в глазах всего мусульманского мира. Вместе с тем перестроечные настроения привели к расколу ДУМЕС. В январе 1991 г. на заседании президиума ДУМЕС в Уфе было принято решение образовать 25 мухтасибатов, из которых 16 объединяли мусульман в пределах областей: Астраханской, Куйбышевской, Нижегородской, Омской, Ленинградской, Пермской, Пензенской, Крымской, Свердловской, Тюменской, Московской, Саратовской, Ростовской, Прибалтийской, Ульяновской и Оренбургской. Пять мухтасибатов Бугульминский, Зеленодольский, Казанский, Набережночелнинский и Чистопольский были созданы в Татарстане и четыре мухтасибата Октябрьский, Сибайский, Стерлитамакский, Уфимский в Башкортостане. Фактически началось дробление ДУМЕС, а мусульмане Татарстана и Башкортостана оказались разделенными на «таджуддиновских» и «мухтасибатских». 21 августа 1992 г. заместитель муфтия Нурмухаммед Нигматуллин, ответственный секретарь ДУМЕС Нафигулла Аширов и главы Стерлитамакского, Октябрьского и Сибайского мухтасибатов созвали в Уфе съезд, который фактически учредил независимое ДУМ Республики Башкортостан.
Означала ли подобная децентрализация ДУМЕС тенденцию возврата к принципам мусульманского самоуправления?
Как показывают последующие события, наряду с дроблением общероссийского духовного управления и созданием на местах территориальных и национальных муфтиатов, становилась все более заметной тенденция к росту зависимости вновь открываемых приходов от государства. Так называемое возрождение ислама в России действительно привело к росту числа приходов, строительству новых мечетей, к развитию сети мусульманских учебных заведений, созданию российских исламских университетов и т.д.