Мусульманское самоуправление в России, где мусульмане это граждане страны (или подданные империи), следует рассматривать как внутриобщинную систему и как систему отношений между мусульманами в целом и государством. Самоуправление мусульманское есть, таким образом, внутреннее развитие и социальная практика мусульманских общин, с одной стороны, а с другой взаимодействие общины с неисламской частью общества.
В Российской империи внутреннее устройство общины регламентировалось нормами мусульманской и адаптированной к исламу этнической традиции. Приходское самоуправление было выражено следующими принципиально важными моментами: выборность духовных лиц, применение норм шариата, решение бытовых и хозяйственных вопросов в пределах территориальных общин. Духовные лица, получавшие указ императора о назначении имамом (мугалимом, мударисом, азанчеем), должны были сначала получить «приговор» жителей своей деревни, т.е. пройти предварительную процедуру избрания внутри общины. Духовенство с применением норм шариата решало вопросы заключения браков и разводов, наследования, имущественных споров, следования нормам ислама и наказания за несоблюдение религиозных правил. Вопросы социального устройства, хозяйственной жизни в рамках территориальных сельских или городских приходов также рассматривались и решались прихожанами самостоятельно. Устройство и содержание кладбищ, сбор средств на строительство или ремонт мечети, воспитание сирот или их усыновление, содержание духовных лиц все эти вопросы решались самими прихожанами.
Управление российской умой в целом осуществлялось через институт духовных собраний (в 1788 г. учреждено Оренбургское магометанское духовное собрание, в 1831 г. Таврическое, в 1872 г. Закавказское магометанское духовное правление шиитского учения и Закавказское магометанское духовное правление суннитского учения). В ведении духовных собраний были вопросы открытия приходов, назначения к ним духовных лиц, прошедших испытания на знание основ религии, издание фетв, решение споров между духовными лицами с применением норм шариата, соблюдение за исполнением религиозных правил. Важнейшей функцией духовных собраний было представление интересов уммы в государственных органах власти и управления. На муфтия и казыев, членов Совета улемов возлагалась ответственность за приходы на вверенной им канонической территории. Институт мусульманского самоуправления на территории Южного Урала функционировал в рамках системы «приход Оренбургское магометанское духовное собрание», на которых принимались решения. Решение сложных споров, а также гражданских дел, выходящих за пределы компетенции имама, рассматривались в уездных и губернских судах. Все уголовные преступления, без учета каких-либо особенностей нарушителей этнического или религиозного характера, решались в общем порядке в соответствии с Уложением о наказаниях.
К началу XX в. ислам как образ жизни башкир, татар и небольшой части исламизированных марийцев и удмуртов по-прежнему составлял основу социальной организации сельских приходов, в меньшей степени городских. В целом мусульманское внутриприходское самоуправление не претерпело особых изменений, так как оно продолжало опираться на принципы коллективности и выборности. В то же время заметно ослабели связи приходов с ОМДС. С одной стороны, это явилось результатом активной интеграции мусульман в российскую социально-экономическую и политико-правовую систему, выхода социальной активности мусульман за пределы сельских приходов. С другой стороны, в прежние связи между приходом и духовным собранием вклинились институты местных органов управления волостные, уездные, губернские. Духовное собрание мусульман все с большим усилием выполняет функции регулятора жизни мусульманской уммы России. Кроме того, наличие нескольких муфтиатов Оренбургского, Крымского и Закавказского затрудняет выработку общей политики в отношениях с центральной властью, столь необходимой в условиях модернизирующейся империи. Все очевиднее становится необходимость модернизации российского ислама.
Идея централизации управления, создания института единого муфтия красной нитью проходит сквозь все мусульманские дореволюционные форумы. Добиться избрания всем мусульманским населением всероссийского муфтия с правом доклада императору такая задача была озвучена на Совете улемов в июне 1905 г. в Уфе, а также на I Всероссийском съезде мусульман в Нижнем Новгороде. Хади Атласов, ссылаясь на Шагибутдина Марджани, подчеркивал: «В исламе не должно быть двух раисов. Если раисов будет больше, настанет раскол». Галимджан Баруди также заявлял, что в исламе не должно быть двух падишахов, но могут быть наместники.
Революционные годы XX столетия были отмечены активизацией национальных движений. В ходе башкирского национального движения было учреждено национальное управлением мусульман. С декабря 1917 г. мусульмане Башкортостана были объединены Духовным управлением мусульман Башкурдистана под эгидой Башкирского правительства, и это было единственное национальное духовное управление в рамках России. Постановление номер XII декабрьского курултая конституирует Закон о религии, в котором также подчеркивается идея мусульманского самоуправления.