По существовавшим обычаям фрейлины не могли выходить замуж без разрешения королевы, а ее величество Елизавета Тюдор не спешила его давать, особенно если речь шла об одном из ее бывших любовников. В конце концов разрешение было получено, и Ралей женился. Он был верным мужем, и жена любила его до конца жизни.
Вскоре после этого корабли его эскадры захватили большое португальское торговое судно «Матерь Божья», и Ралей руководил распределением трофеев. Он потратил много собственных денег на эту экспедицию, но королева оставила ему сумму, которой едва хватило на покрытие расходов.
Ралей вышел в отставку и поселился в Шерборне, в Дорсетшире. Это поместье он силой забрал у епископа Салисбюри в то время, когда пользовался неограниченным королевским расположением. Там в 1593 году у него родился сын, названный Уолтером. Но спокойная жизнь в отставке была не по душе Ралею, и в 1595 году он отправился в экспедицию к берегам Южной Америки. Без сомнения, он стремился найти золотые месторождения. Ралей был наслышан об Эльдорадо. Его отчет об экспедиции «Открытие Гвианы», опубликованный после его возвращения, написан блестящим стилем и отличается возвышенным романтизмом, но его встретили с недоверием. Теперь Уолтер Ралей стал одним из самых непопулярных людей в Англии. Его обвиняли в алчности, высокомерии и недостатке веры. А до этого, в 1590 году, его, вместе с Марло и другими писателями и драматургами[7] , вообще именовали атеистом.
Ралей много сделал для Англии. В частности, участвовал в захвате Кадиса, был ранен, и это вернуло ему расположение двора: очевидно, он помирился с графом Эссексским, с которым вместе отправился в плавание на Азорские острова в 1597 году. Но это совместное плавание привело к возобновлению ссоры, и Ралей оказался в еще большей немилости, чем раньше. В 1600 году он добился поста губернатора острова Джерси, и в следующем, 1601 году принял участие в подавлении восстания Эссекса. На казни графа Эссексского Ралей присутствовал в качестве капитана гвардии. В 1600 году сэр Уолтер присутствовал на последнем заседании парламента Елизаветы. Он всегда проповедовал терпимое отношение к религии и критиковал судебное и аграрное законодательство того времени.
После смерти королевы Елизаветы для сэра Уолтера Ралея настали трудные времена. Новый король Яков I Стюарт был расположен к Эссексу, своему стороннику, и, соответственно, заранее предубежден против Ралея. Кроме того, сэр Уолтер стоял за войну с Испанией, а это не входило в планы мирной политики Якова. В 1602 году Ралей продал свои ирландские поместья Ричарду Бойлю. У него отобрали особняк Дархем-хаус, который был возвращен епископу, сместили с должности капитана гвардии, лишили всех монополий и губернаторства в Джерси. Считалось, что он оказался причастным к тайному заговору в первые месяцы правления Якова, и 19 июля 1603 года его заточили в Тауэр. Там он пытался заколоться, но нанес себе лишь небольшую рану. Процесс над ним состоялся в ноябре 1603 года в Винчестере и отличался очевидной предвзятостью. Сэр Уолтер отлично держался, что, в сравнении с грубостью генерального прокурора сэра Эдварда Кока, заставило публику перейти на его сторону. Однако Ралей, скорее всего, знал о готовящемся заговоре, хотя суду не удалось собрать достаточно улик, чтобы доказать его вину. Всем заправлял Тайный совет[8] , и суд опирался на то, что Совет считал его виновным.
Сэру Уолтеру Ралею вынесли смертный приговор, который не был приведен в исполнение, а оказался заменен заточением в Тауэре, где Ралей и оставался до 19 марта 1616 года. Король забрал себе владения в Шерборне, переданные ранее Ралеем сыну, а сумма в восемь тысяч фунтов, которая должна была быть выплачена королевским казначейством в качестве компенсации за поместье, была уплачена лишь частично.