На пути в Калязин перед царской семьей перевезли тело умершей от чумы женщины. Было приказано наложить на этом участке дороги и вокруг нее дров, поджечь, а уголь с землей собрать и увезти подальше, после чего навезти другой земли издалека.
Эпидемия в столице достигла пика в конце августа начале сентября. В это время царская семья переехала в Калязинский монастырь. В Москве, оставшейся без начальства и стражи, начались грабежи, прекратилась торговля, из тюрем бежали преступники, всюду лежали трупы, которые не успевали хоронить. Все ворота Кремля наглухо закрыли, оставив лишь одну калитку. Из-за смертей Пронского и И. В. Хилкова управление столицей без государева указа вынуждены были взять на себя И. А. Хилков и А. Иванов.
В донесении Троице-Сергиева монастыря сообщалось, что в монастыре и округе 417 человек умерло «с язвами», проболев 14 дня; «без язв», проболев 47 дней, 848. Какая именно это была формы чумы неясно, но точно не легочная, раз никто не упоминает в списке симптомов кровохарканье.
А чума вместе с беженцами уже пробралась в другие города.
1 августа первые случаи чумы замечены в Туле, 4 августа в Торжке, 10 августа в Калуге, 15 августа в Звенигороде, 16 августа в Ржеве и Суздале, 18 августа в Соли Галичской, 23 августа в Коломне, 31 августа в Нижнем Новгороде, 1 сентября в Шуе, Вологде, Костроме, Белеве и Мценске, 5 сентября в Дедилове и Малоярославце, 6 сентября в Кашине, в сентябре эпидемия началась в Городце, Ярославском, Тверском и Старицком уездах.
Данные по Нижнему Новгороду: «скорой смертью» умерло 1793 человека (947 с язвами и 846 без язв), «протяжной болезнью» 58 человек (56 без язв и двое с язвами). Под продолжительной болезнью понимался срок от 4 дней. Современные исследователи предполагают, что под «протяжной болезнью без язв» параллельно чуме проходила какая-то другая болезнь, достаточно смертельная, чтобы ее тоже приняли за чуму (малярия, сыпной тиф или что-нибудь еще).
Таким образом, эпидемия охватила почти всю центральную часть России: на северо-западе не затронула Новгород Великий, но дошла до Старой Руссы, на западе достигла Ржева, на юге Рыльского уезда и Шацка, на востоке Нижнего Новгорода, на севере Вологды, на северо-востоке Соли Галичской. На юге она свирепствовала в Астрахани, Казани, на западе от Руси в Великом княжестве Литовском и в Киеве, которые входили в состав Речи Посполитой. Там она дополнилась голодом, который, по свидетельству Яна Цедровского, был вызван увеличившимся количеством портивших хлеб полевых мышей. Цедровский писал, что моровое поветрие в княжестве Литовском объявилось в октябре 1653 года и продолжалось до 1658 года.
Патриарх Антиохийский Макарий III из-за чумы застрял в Коломне, где стал свидетелем страшных картин морового поветрия:
«Бывало, когда она [чума] проникала в какой-либо дом, то очищала его совершенно, так что никого в нем не оставалось. Собаки и свиньи бродили по домам, так как некому было их выгнать и запереть двери. Город, прежде кишевший народом, теперь обезлюдел. Деревни тоже, несомненно, опустели, равно вымерли и монахи в монастырях. Животные, домашний скот, свиньи, куры и пр., лишившись хозяев, бродили, брошенные без призора, и большею частью погибли от голода и жажды, за неимением, кто бы смотрел за ними. То было положение, достойное слез и рыданий. Мор, как в столице, так и здесь и во всех окружных областях, на расстоянии семисот верст, не прекращался, начиная с этого месяца, почти до праздника Рождества, пока не опустошил города, истребив людей.
«Бывало, когда она [чума] проникала в какой-либо дом, то очищала его совершенно, так что никого в нем не оставалось. Собаки и свиньи бродили по домам, так как некому было их выгнать и запереть двери. Город, прежде кишевший народом, теперь обезлюдел. Деревни тоже, несомненно, опустели, равно вымерли и монахи в монастырях. Животные, домашний скот, свиньи, куры и пр., лишившись хозяев, бродили, брошенные без призора, и большею частью погибли от голода и жажды, за неимением, кто бы смотрел за ними. То было положение, достойное слез и рыданий. Мор, как в столице, так и здесь и во всех окружных областях, на расстоянии семисот верст, не прекращался, начиная с этого месяца, почти до праздника Рождества, пока не опустошил города, истребив людей.
В одну яму клали по нескольку человек друг на друга, а привозили их в повозках мальчики, сидя верхом на лошади, одни, без своих семейных и родственников, и сваливали их в могилу в одежде. Часть священников умерла, а потому больных стали привозить в повозках к церквам, чтобы священники их исповедовали и приобщили св. Таин. Священник не мог выйти из церкви и оставался там целый день в ризе и епитрахили, ожидая больных. Он не успевал, и потому некоторые из них оставались под открытым небом, на холоде, по два и по три дня, за неимением, кто бы о них позаботился, по отсутствию родственников и семейных. При виде этого и здоровые умирали со страха».
Павел Алеппский, сын Макария III, который тоже был с отцом в путешествии в Московию, в своих записках писал о внезапных смертях, что стоит, бывало, человек и вдруг моментально падает мертвым; или: едет верхом или в повозке и валится навзничь бездыханным, тотчас вздувается как пузырь, чернеет и принимает неприятный вид.