Один из основных членов организации капитан 2 ранга Г. Е. Чаплин выехал на Север в числе первых подпольщиков для создания «приемного пункта» в Архангельске. Там он поступил на службу в британский флот и далее приступил к формированию белогвардейских войск. Действовал он под псевдонимом «Томсон». В начале сентября 1918 г. Чаплин организовал переворот и отстранил от власти в Северной области так называемое «Верховное управление», возглавляемое представителями партии «Народные социалисты» и правых эсеров. По мнению организаторов переворота и стоявших за их спинами англичан, «Верховное управление» не было достаточно радикальным в деле борьбы с большевиками. Костяк переворотчиков составили именно бывшие офицеры, присланные из Петрограда и других российских городов. Отсюда понятно, что кроме как расстрела членам подпольной организации ожидать было нечего. В середине декабря 1918 г. все арестованные по делу были приговорены к высшей мере наказания. Приговор незамедлительно привели в исполнение. Заметим, что это уже было время «красного террора».
С образованием фронтов гражданской войны и первыми успехами белогвардейских войск в Петрограде и Москве активизировались, связанные так или иначе со штабами генералов Деникина Миллера, также адмирала Колчака подпольные организации.
Наиболее мощным в военном плане и готовым действовать самым решительным образом был, конечно же, «Союз защиты родины и свободы» (СЗРС), возглавляемый Б. В. Савинковым. Он имел поддержку (в том числе и финансовую) представителей посольств стран Антанты и военных миссий этих государств. Костяком организации являлись бывшие офицеры латышских частей старой армии, а всего в ее составе насчитывалось несколько тысяч человек, включая и тех, кто находился на службе в Красной армии. Учитывая, что ВЧК не вела в тот период времени масштабной агентурной работы и, естественно, не могла своими силами выявить факт существования «СЗРС», то существует несколько версий «выхода» чекистов на след подпольной организации: инициативный сигнал от правых групп, ориентированных на Германию, преследовавших цель устранить «конкурентов»; информация, полученная чекистами от одного из арестованных по другим делам лиц: доведенные до ВЧК данные резидентуры германской разведки, действовавшей на базе немецкого посольства в Москве. Последняя версия представляется наиболее убедительной, поскольку весной 1918 г. шла ожесточенная борьба между спецслужбами Антанты и Германии за влияние на действия советского правительства в вопросе ратификации и реализации Брестского мирного договора. Но как бы там ни было, чекистам удалось арестовать группу офицеров из числа близких к руководителям «Союза защиты родины и свободы». Планы заговорщиков, а также их покровителей из британской и французской дипломатических и военных миссий были частично раскрыты. В мае-июне 1918 г. восстания не произошло.
Проведенные аресты заставили Савинкова и штаб подпольной организации усилить конспирацию в работе и готовиться к военному перевороту, приуроченному, как ожидалось, к высадке крупных сил интервентов на Севере. Пока нет достоверных сведений, что действия СЗРС были синхронизированы с выступлением левых эсеров. Такое согласование, конечно же, могло иметь место со стороны антантовских «контактеров», под их влиянием. Но факт, что вооруженное выступление левых эсеров и СЗРС произошло в один и тот же день 6 июля 1918 г. Предпринятые советскими властями экстренные меры не позволили заговорщикам осуществить свои планы.
Несмотря на полный разгром повстанцев и сил левых эсеров, совершение государственного переворота, арест председателя Совнаркома Ленина и его близких соратников готовила английская разведка. Историки британских спецслужб категорически отрицают «госзаказ» на свержение власти большевиков силами резидентуры MI.c-MI6 (политической разведки), действовавшей в Москве и Петрограде. Однако они не могут не признавать, что один из основных ее агентов С. Рейли («ST-1») именно подготовкой переворота и занимался весь период нахождения в Советской России.
Чекистская технология раскрытия подготовки заговора до сегодняшнего времени дискутируется в отечественной и зарубежной исторической литературе, но конечный результат работы ВЧК очевиден. Крупнейшей на тот период преступной политической акции не произошло. В ноябредекабре 1918 г. состоялся первый открытый судебный процесс, в ходе которого, и это совершенно правильно, упор был сделан на вмешательство иностранных дипломатических представителей во внутренние дела нашей страны. К сожалению, чекистам не удалось захватить агента «ST-1» Рейли и его ближайших сотрудников. Наказание понесли несколько агентов иностранных разведок, а скрывшихся организаторов попытки переворота приговорили к высшей мере наказания заочно. Привести приговор в исполнение удалось только в 1925 г., когда в ходе оперативной игры ОГПУ С. Рейли был выведен на территорию СССР.
Следующий 1919 г. отмечен в истории ВЧК вскрытием и пресечением деятельности крупных подпольных организаций. Этот год считается пиковым, тяжелейшим для страны советов за весь период гражданской войны. В первые месяцы года белые армии рассчитывали объединенными силами начать наступление на Москву. Главный удар наносили с Востока армии адмирала Колчака, а вспомогательные с Юга войска генерала Деникина и с Северо-Запада генерала Юденича. В случае приближения белых к советской столице, внутри страны должны были проявить свою активность подпольные организации, прежде всего наиболее разветвленная и многочисленная «Национальный центр» (НЦ). С ней в контакте находилась и офицерская организация, названная «Добровольческой армией московского района» (ДАМР). Если первая являлась неким «мозговым» ядром, то вторая, располагая несколькими тысячами членов, реально могла захватить власть в Москве. Ее возглавляли и входили в состав штаба бывшие царские генералы и полковники, мобилизованные в Красную армию и занимавшие достаточно высокие посты в различных военных учреждениях. Практически в полном распоряжении штаба «ДАМР» находились три военных школы по подготовке советских командных кадров, полк железнодорожных войск, некоторые артиллерийские и стрелковые части, дислоцированные в Москве и ближайших пригородах столицы. Штаб организации сформировал ударные группы для захвата Кремля, вокзалов, телеграфа, телефонной и радиостанций. Планировалось подготовить взрыв нескольких мостов, чтобы не допустить переброски к городу войск, верных советской власти.