Положение острова и его способность служить базой вооруженных сил зависели от того, удастся ли сосредоточенным в Гибралтаре и Александрии британским группировкам обеспечить снабжение Мальты и перебросить туда достаточное число истребителей для того, чтобы обеспечить господство в воздухе над островом и окружающими его морскими пространствами. Для удовлетворительной противовоздушной обороны были, кроме того, необходимы многочисленные зенитные орудия и бомбоубежища однако их в начале войны не хватало.
В июне 1940 года британский Средиземноморский флот, базировавшийся в Александрии, состоял из 4 линкоров, авианосца, 7 крейсеров, 22 эсминцев и 12 подводных лодок. В конце того же месяца в Гибралтаре было сформировано «Соединение Н», получившее вскоре известность благодаря бомбардировке французских кораблей в Мерс-эль-Кебире. Оно состояло из линейного крейсера, двух линейных кораблей, авианосца, двух крейсеров и 11 эсминцев. В дальнейшем число линкоров в обоих соединениях менялось в зависимости от того, насколько велика была потребность в их присутствии в Атлантике и на Дальнем Востоке. Однако факт, что британцы направили половину своих тяжелых кораблей и 33 эсминца, столь необходимых для борьбы с подлодками на конвойных маршрутах, в Средиземное море, показывает, насколько большое значение они придавали этому театру военных действий.
Итальянский флот состоял из 6 линейных кораблей, 29 крейсеров, 59 эсминцев, 69 миноносцев, 115 подводных лодок, многочисленных торпедных катеров и тральщиков. В численном отношении он значительно превосходил британские силы, включая «Соединение Н». Вместе с итальянской авиацией, насчитывавшей 3000 самолетов и также превосходившей вражескую, он мог бы господствовать как минимум в Центральном Средиземноморье. Однако в том, что касается боевой ценности, перевес был на стороне британцев. Быстрые темпы создания итальянского флота не оставили достаточного времени для тактической и особенно артиллерийской подготовки. Как и сухопутные войска и авиация, флот был не готов к войне.
В 1941 году англичанам удалось довести до Мальты 30 из 31 судна, отправленного из Гибралтара. Потери составили лишь один корабль. Полной противоположностью выглядело положение на морском пути из Италии в Северную Африку. От действий британских сил с Мальты в августе 1941 года было потеряно 33 %, в сентябре 92 тысячи тонн, в октябре 63 % и в ноябре более 70 % тоннажа. Счет погибших членов экипажей, солдат сухопутных сил и Люфтваффе шел на тысячи. Именно поэтому в ноябре 1941 года находившиеся у Тобрука и прохода Хальфайя германо-итальянские войска испытывали большие проблемы со всем необходимым и не были способны к активным действиям. Попытка командования итальянского флота отправить хорошо защищенный конвой с важнейшими грузами до начала ожидавшегося большого британского наступления провалилась. Ясной лунной ночью 9 ноября прибывшее на Мальту несколько дней назад «Соединение К» в составе 2 легких крейсеров и 4 эсминцев атаковало конвой, прикрывавшийся двумя итальянскими тяжелыми крейсерами и 10 эсминцами. В течение нескольких минут были уничтожены 7 транспортов и эсминец. Британцы удалились еще до того, как итальянские крейсера успели вмешаться в происходящее.
Во время эвакуации из Греции британский Средиземноморский флот был использован для спасения своего экспедиционного корпуса. Немецкая авиация полностью господствовала в воздухе и наносила непрерывные удары по британским кораблям, прежде всего силами пикирующих бомбардировщиков. Несколько крейсеров было повреждено, крейсера «Фиджи» и «Глочестер» потоплены, уничтожен один эсминец. Два линкора получили попадания. При отступлении с Крита британцы потеряли крейсер ПВО «Калькутта» и 6 эсминцев. Все три линкора и авианосец «Формидейбл» получили повреждения. Средиземноморский флот понес потери, которые невозможно было быстро восполнить. Однако англичанам удалось спасти около 50 тысяч человек в Греции и около 17 тысяч человек на Крите, переправив их в Египет и использовав в ноябрьском наступлении генерала Окинлека.
В 1941 году мы приобрели стратегические позиции в Восточном Средиземноморье, захватив Крит. Однако остров не мог быть использован нашей авиацией в полной мере, поскольку основная масса соединений 10-го авиакорпуса к июню 1941 года была выведена с театра военных действий для участия в войне против Советского Союза. Военно-морских сил у нас в то время не было, а итальянские корабли находились в итальянских гаванях.
Между тем Крит давал возможность успешно бороться с любыми судами, идущими на Мальту из Александрии. В конце сентября 1941 года по решению Гитлера первые 6 немецких подводных лодок прошли через Гибралтар в Средиземное море, за ними последовали еще 6 лодок в начале и 6 в конце ноября. В ходе этой операции одна подлодка погибла и две были повреждены, но смогли вернуться в свои гавани.
Это решение было принято Гитлером после больших потерь на маршруте Италия Африка, понесенных 26 августа 1941 года. Командование флота неоднократно начиная с ноября 1940 года подчеркивало значение этого театра военных действий в борьбе против Англии, и адмирал Редер пытался удержать Гитлера от вторжения в Россию и начала войны на два фронта. К сожалению, его усилия не увенчались успехом.