Есть ли нужные приложения?
В общем да. Это сильно зависит от конкретной ОС. Если рассматривать такие ОС как Fedora, FreeBSD, Debian, Ubuntu, Mint, OpenSUSE то у вас много приложений и вы можете выполнять почти любые работы. Для NetBSD их не очень много, но многим хватит и этого.
Отсутствие приложений не следует путать с их доступностью или простотой приведения в компилированный вид. Доступность приложений определяется вашим выходом в интернет, содержимым носителей и настройкой ОС, а компиляция программ не вопрос наличия программ. Если у вас есть программа как текст, то есть исходный код, то программа у вас есть. Вопрос в том как её компилировать, и удастся ли это.
Заметьте что 64-битные версии программ не работают на 32-битных ОС. И наоборот изначально, но в этом случае можно заставить ОС всё же запускать 32-битные программы.
Есть несколько способов сделать портабельные программы мало связанные с ОС, переносимые. Но вот скачать готовую портабельную программу из интернета зачастую вы не сможете их там мало.
Программы поставляются в виде пакетов (мы говорим о бесплатных ОС). Есть программа alien для конвертирования пакетов из одного типа в другой то есть вы можете взять пакет для одной ОС, и использовать его в другой. Однако это крайняя мера, и лучше для такой программы сделать песочницу в виде chroot-окружения или с помощью xstow.