Из Индии были завезены тантрические тексты и на их основе стали развиваться различные школы тибетского буддизма. Они базировались в крупнейших монастырях и в различиях этих школ находились зачатки позднейшего разделения ламаистов на жёлтошапочников и красношапочников. Среди духовных учителей этого периода следует назвать прибывшего из Индии гуру Атишу, высшего знатока йоги, магии и оккультных наук. Известны также имена тибетских лам Докми и Марпы. Первый был основателем буддистской школы сакьяпа (монастырь Сакья), а второй создал школу кагьюпа, имевшую шесть больших монастырей в центральном Тибете (самым известным учеником её был поэт-святой Миларепа).
Различия в духовных взглядах вели к раздорам между настоятелями монастырей и борьбе их за влияние своей школы на управление страной, В 13 веке это привело к первому вмешательству Китая в дела Тибета. «Срединная империя» тогда сама находилась под властью потомков Чингизхана. Монгольский хан Хубилай (династия Юань), много сделал не только для распространения ламаизма в Монголии, но и для укрепления его в самом Тибете. Он доставил туда святые реликвии (нищенская чашка Будды Шакьямуни и два его коренных зуба) и провозгласил настоятелей монастыря Сакья главными администраторами Тибета.
В 1368 году монголы в Китае пали и к власти там пришла династия Мингов. Сразу ослабело и влияние секты сакьяпа в Тибете. На его духовную арену вышел один из самых прославленных ламаистов, великий учёный Цонкапа. Он, по сути, произвёл реформу буддизма, повернув его от магии к древним истокам, проповедовавшим дисциплину в духовных практиках и послушание в традициях. Вместе с тысячами учеников Цонкапа создал монастырь Ганден оплот его секты гелугпа («добродетельные»). Ученики реформатора, названные за цвет одежд желтошапочниками (в отличие от красношапочных лам школы ниингмапа), основали затем важнейшие монастыри Сера и Дрепунг.
Верховные ламы секты гелугпа долгое время не вмешивались в мирские дела и политику Тибета. Однако, не прекращающаяся борьба между сектами втянула в себя и их. В конце 16 века настоятель Дрепунга Сонам Гьянтзо обратился опять к монголам (Алтан-хан). Дружба их была скреплена взаимными дарами и почётными титулами друг-другу. Алтан-хан был назван Царём веры, а Сонам Гьянтзо получил титул Далай-Ламы (лама-океан). Интересно, что Гьянтзо стал сразу третьим Далай-Ламой. Задним числом, через сто лет после смерти, этот титул получили бывшие настоятели монастыря Дрепунг: первым Далай-Ламой был признан Гьялва Гендун Друб (13911474 гг.), а вторым Гэндун Гьятсо (14751542гг.). Тогда же было объявлено, что души высших лам перерождаются в новые тела, которые должны, затем, занять прежнее общественное и духовное положение, бывшее у умершего. Воплощения эти постоянны и непрерывны: через 9 месяцев после смерти ламы, душа вселяется в тело мальчика и он становиться тюльку, т.е. реинкарнацией умершего. Первый же Далай-Лама был признан высшим воплощением бодхисатвы Авалокитешвары!
Очень скоро все четыре школы тибетского буддизма согласились с этой теорией и с тех пор, до наших дней, секта гелугпа является господствующей в религии Тибета.
Четвёртый Далай-Лама (воплощённый во внука Алтан-хана Йонтена Гьятсо) вдруг признал в своем наставнике Лобсанге Чойджине, воплощение Будды Амитабхи и дал ему титул Панчен-Ламы («драгоценный учитель»). Со временем сложилось так, что последующие Далай-Ламы являлись в основном светскими руководителями Тибета и заседали в Лхасе, тогда как Панчен-Ламы (иначе-Таши-Ламы) были духовными наставниками страны, обитая в монастыре Ташилумпо в Шигадзе.
Дальнейшие столетия стали годами утраты тибетской государственности. Сначала монголы в 18 веке захватили Тибет и установили своего Далай-Ламу, а затем, когда он умер, Манчжурский император Китая ввёл в страну войска и привёз в столичную Лхасу своего мальчика, Далай-Ламу седьмого.
Однако, когда власть манчьжуров зашаталась, к Тибету стали проявлять активное внимание две другие державы: Англия и Россия. Здесь следует рассказать об Агване Дорджиеве, буддистском монахе из Бурятии. Он 15 лет учился в монастыре Дрепунг и позже стал одним из духовных наставников Далай-Ламы тринадцатого. Когда Британия стала давить на тибетские границы, Дорджиев стал доказывать всем, в том числе и Далай-Ламе, что Россия, её Алтай и есть та священная Шамбала, король которой должен был по легенде спасти Тибет от врагов. Бурятский лама организовал в 1898, 1900 и 1901 годах три посольства от Далай-ламы к царю Николаю второму. Британцам скоро стало известно, что России предложили открыть свою дипломатическую миссию в Лхасе, тогда как им отказали в этом. К тому же в прессе появились сообщения, что Россия намеревается утвердить буддизм, в качестве одной из своих официальных религий. Как результат вторжение английских войск из Индии, последовавшее в 1904 году.
Дальнейшие столетия стали годами утраты тибетской государственности. Сначала монголы в 18 веке захватили Тибет и установили своего Далай-Ламу, а затем, когда он умер, Манчжурский император Китая ввёл в страну войска и привёз в столичную Лхасу своего мальчика, Далай-Ламу седьмого.