И он приобретает практические навыки в Нарбонне, в Каркассоне, в Тулузе, в Бордо. Молодого бакалавра можно было встретить на дорогах к этим городам, ведущим под уздцы мула, нагруженного книгами и медицинскими инструментами. После четырех лет изнуряющей борьбы с «черной смертью» Мишель де Нотрдам возвращается в Монпелье и продолжает занятия медициной, где получает диплом доктора. Сдав докторские экзамены и получив диплом, он, при его способностях и энергии, конечно, вероятно, без больших трудов, мог бы остаться при университете и сделаться профессором. Но консервативность коллег, непререкаемый авторитет церкви в науке, заставили его покинуть Монпелье для новых скитаний. Бордо, Ля Рошель, Тулуза таковы были тогда этапы новых странствий доктора медицинских наук. В Тулузе Нострадамус получает письмо от Жюля Скалигера, крупного деятеля гуманизма, врача, поэта и ученого. Письмо содержало приглашение в Ажан, где жил и работал Скалигер. В Ажане «странствующий лекарь» Нострадамус оседает на несколько лет. Молодой врач нравился женщинам. Густые волнистые волосы и пронзительный взгляд черных глаз заставляли учащенно биться не одно женское сердце. Но только к тридцати годам, осев в Ажане, он обзавелся женой и двумя ребятишками. Как врача его ценили, и в духовном общении со знаменитым Скалигером он совершенствовался и рос. Его брак был настолько счастливым, что семья стала смыслом и целью существования будущего пророка.
Но счастье было недолгим. Неожиданно все круто изменилось, пошло прахом. В Ажан пришла чума. Нострадамус вступил в бой со страшной болезнью и спас тысячи жизней, но не смог уберечь три самых дорогих для него существа, погибли его жена и дети. И этот удар был не последним для талантливого врачевателя.
Многочисленные завистники и конкуренты обвинили его в ереси, и Нострадамусу было предписано явится перед судом святой инквизиции в Тулузе. Под покровом ночи он бежал в Италию. У историков нет однозначного мнения, что было потом, считается, что именно в это время «семилетней Одиссеи», в изгнании, у него и открылся пророческий дар, сделавший его бессмертным.
В 1545 году Михаил Нострадамус объявляется в Марселе как помощник врача Луи Серра, возглавившего борьбу с грозной эпидемией. В борьбе с эпидемией Нострадамус проявил мужество, находчивость и самообладание. В столице Прованса, на момент его прибытия в живых не было уже ни одного врача. В течение последующих трехсот дней он, не покладая рук, боролся со смертельной заразой. Им было составлено лекарство от мора, основанное на убеждении, что цветы и травы в руках опытного врача могут сделаться сильно действующим средством. Но дело не в одной лекарственной формуле. Нострадамус предвосхитил санитарные и профилактические мероприятия более поздних времен. По его приказу с улиц городов убрали все трупы, жителям было предписано соблюдать строгие правила гигиены, а свои знаменитые пилюли он бесплатно раздавал на улицах. Врач победил болезнь чума отступила. Мишель Нострадамус превратился в национального героя. За победу на эпидемией муниципалитет Экса наградил его пожизненной пенсией. Но врач не спешил почивать на лаврах и в течение еще трех лет переезжал из города в город вслед за чумой.
С 1547 года до своей смерти Нострадамус обосновывается в Салоне небольшом городке между Авиньоном и Марселем. Там он женится на вдове Анне Понсар-Джемелье (ее называют еще Пуссар); у него появляется новая семья сыновья (Цезарь, Андре и Карл), дочери (Мадлен, Диана, Анна). Днем он врачевал и помогал нуждающимся, а ночью, склонившись над бумагами, непрерывно писал. Писал свои послания в будущее, к людям, которые еще не родились. Многие знатные и богатые люди обращались к нему за советом.