Несколько месяцев адмирал провёл в Японии на лечении, затем снова плавал со Средиземноморской эскадрой в дальневосточных водах, но в начале 1896 года был произведён в вице-адмиралы, отозван на Балтику и назначен старшим флагманом Практической эскадры. В это время его увлекла идея освоения Северного морского пути, для чего Макаров при поддержке Д.И. Менделеева и С.Ю. Витте заказал в Англии первый в мире ледокол "Ермак", на котором совершил несколько полярных плаваний и написал книгу "Ермак во льдах". В мире это принесло ему новую славу, но в Отечестве лишь умножило число врагов: он насмерть разругался с Менделеевым, Витте и поссорился с адмиралом Бирилёвым, дававшим отзывы о первом в мире ледоколе.
Алексеев был произведён в вице-адмиралы в 1897 году и переведён на Черное море, где тоже командовал Практической эскадрой. Принял активное участие в 1-й всероссийской переписи населения.
В 1899 году Степана Осиповича назначили главным командиром Кронштадтского порта. Это был очень высокий пост, пятый по значению в русской военно-морской иерархии. Любой другой моряк был бы доволен таким милосердным оборотом карьеры, но только не Макаров. Этот полный сил и здоровья 50-летний морской волк видел себя только на Дальнем Востоке, в строящемся Порт-Артуре. Но вместо него туда отправили Алексеева! Макаров по опыту совместной службы хорошо знал, что за это за характер, и ни минуты не сомневался, что конкурент погубит всё дело. В мирное время Алексеев ещё кое-как годится с грехом пополам, но если завтра- война? Абслютно не его это стихия!
Odium figulinum- профессиональная, гильдийская ненависть, что может быть сильнее?
Продолжающееся уже шестой год соперничество двух флотоводцев перешло в новое качество.Конечно, выбор Макарова в качестве главного начальника главной русской ВМБ оказался неудачен. Обязанностей у него было немного, зато много свободного времени и творческого начала. Когда в 1900 году на Балтийском заводе стали закладывать пятёрку новейших броненосцев типа "Бородино", с Макаровым, натурально, не посоветовались. В Кронштадте был Опытовый бассейн, которым руководил сторонник Макарова А.Н. Крылов. Оба аутсайдера на свой страх и риск провели испытания, которые убедительно доказали малую остойчивость строящихся судов. О результатах испытаний Макаров немедленно написал бумагу и отправил "куда следует". Инициатива Степана Осиповича весьма не понравилась "кому следует", и правота его подтвердилась только в Цусимском бою. Очень много времени начальник Кронштадтского порта уделял строительству Порт-Артура, в котором всё, по его мнению, делалось неправильно. Он высказывал это и как член крепостной комиссии, и в конфиденциальном порядке.
"Как обычно, он и не подумал примиряться с решением, казавшимся ему неправильным. Через несколько дней после заседания комиссии Макаров 22 февраля 1900 года подал в Главный морской штаб конфиденциальную записку со своими предложениями об организации обороны Порт-Артура. Он отмечал, что в крепости намечено построить явно недостаточное количество сухопутных укреплений и эти укрепления оснащены малым числом орудий, что орудия эти слабы и не в силах сопротивляться тяжелой артиллерии противника, что наши морские батареи не приспособлены для стрельбы по наземным целям. Наконец, Макаров предлагал исходить из вероятности того, что Порт-Артур может оказаться осажденным с суши и поэтому крепость должна быть готова к длительной блокаде, то есть иметь достаточное количество продовольствия, боеприпасов и проч.
Макаров решительно оспаривал тех, кто пренебрежительно относился к боевым возможностям японцев и китайцев как наций "нецивилизованных". "Каждый японец и каждый китаец, писал он, получает солидное образование по-своему; в Японии уже пять столетий нет ни одного неграмотного. О таком народе нельзя сказать, что он не просвещен. Из поколения в поколение японцы и китайцы привыкли учиться, вот почему японцы так быстро научились всему европейскому в такой короткий срок".
( историк-маринист С.Н. Семанов)
Макаров с уважением отзывался о военных качествах азиатских народов это было редкостью в то время. Далее в своей записке Макаров предсказывал возможные действия противников:
"Заняв Корею, японцы могут двинуться к Квантунскому полуострову и сосредоточить там более сил, чем у нас. Вся война может быть ими сосредоточена на этом пункте. Это будет война из-за обладания Порт-Артуром, к которому они подступят с потребной для сего силой, и мы должны быть готовы к должному отпору с сухого пути".