Они проявились с особой остротой при обсуждении проекта новой конституции, принятой 31 декабря 1858 г. Предусматривая некоторую либерализацию избирательной системы (отмена имущественного и образовательного ценза, замена двухстепенного голосования прямым и тайным), ограничивая срок полномочий президента и вице-президента 4 годами, без права переизбрания, гарантируя свободу совести, конституция вместе с тем существенно расширяла права провинций. Если прежде их губернаторы назначались правительством, то теперь они стали избираться местным населением, что привело к укреплению позиций крупных землевладельцев, составлявших ядро консервативной группировки. Опираясь на нее, X. Кастро поддержал кандидатуру консерватора Мануэля Фелипе де Товара на должность вице-президента, издал декрет о высылке Саморы, Фалькона, Гусмана, Хоакина Эрреры и других лидеров либералов.
Между тем во второй половине 1858 г. вспыхнули народные волнения в западных провинциях Карабобо, Португеса, Баринас, Апуре. В этой ситуации либералы, находившиеся в изгнании на Антильских островах, решили взяться за оружие 15 октября на острове Сан-Томас они учредили Патриотическую хунту Венесуэлы под председательством генерала Хуана К. Фалькона и одобрили программу, главным пунктом которой было требование федерации, т. е. полной административной автономии провинций. Объективно этот лозунг выражал стремление либерально настроенных буржуазно-помещичьих кругов и интеллигенции к общей демократизации страны. Поэтому он нашел отклик среди широких масс, воспринявших его как призыв к борьбе за социальное равенство. Либералы добивались также проведения ограниченных буржуазных реформ в рамках существующего строя.
20 февраля 1859 г. группа революционной молодежи с ведома Саморы подняла восстание в Коро, явившееся началом кровопролитной гражданской войны, которая продолжалась более четырех лет и вошла в историю как «Война федерации». Высадившись в Коро и объявив о преобразовании этой провинции в штат федерации, Самора двинулся на юго-восток, в провинцию Яракуй, а оттуда на юг, в льяносы, где к середине 1859 г. были образованы штаты Баринас, Апуре, Португеса. В июле на северо-западе страны начал военные операции Фалькон.
Хотя война возникла как вооруженная борьба между либералами и консерваторами, вскоре обнаружилось, что она имеет глубокую социальную подоплеку. По своему характеру это было фактически, прежде всего, крестьянское движение, направленное против гнета помещиков, нередко сопровождавшееся разделом земель и носившее отчасти расовый оттенок, что отражало ненависть «цветных» низов к креольской элите.
Если рассматривать исторические события с внешней стороны, то это была политическая борьба либералов с олигархами, и велась она за овладение властью.
Встревоженный успехами федералистов, президент X. Кастро пытался лавировать между враждующими лагерями, вследствие чего был смещен консерваторами. Занявший его место М. Ф. де Товар оказался не в состоянии помешать дальнейшему распространению восстания. После объединения сил Саморы и Фалькона правительственным войскам 10 декабря 1859 г. был нанесен сокрушительный удар в сражении при Санта-Инес. Затем федералисты по настоянию Саморы, представлявшего радикальную тенденцию в движении и склонного в отличие от умеренного и нерешительного Фалькона к наступательной тактике, направились на северо-восток. Вступив в провинцию Кохедес, они в январе 1860 г. овладели г. Сан-Карлос, в боях за который погиб Самора. Хотя в середине февраля «конституционалистам» удалось, пользуясь колебаниями и медлительностью Фалькона, одержать внушительную победу при Копле, они все же не добились решающего перевеса. Несмотря на неудачи федералистской армии, вся страна была охвачена партизанской войной.
В этой обстановке часть консерваторов сторонники бывшего президента Паэса, вернувшегося в марте 1861 г. на родину после многолетнего пребывания в США, выступала за установление сильной власти. Под их давлением Товар в мае сложил свои полномочия, и вслед за кратковременным правлением его преемника Педро Гуаля 10 сентября 1861 г. всей полнотой гражданской и военной власти был облечен Паэс, диктатура которого не продержалась, однако, и двух лет.
Предпринятые престарелым диктатором попытки урегулировать вооруженный конфликт путем переговоров с Фальконом провалились, а возобновившиеся после этого военные операции не принесли успеха и не изменили соотношения сил. К началу 1863 г. большая часть страны контролировалась повстанцами-федералистами, отряды которых доходили до самой столицы. Тем не менее, напуганные размахом народного движения руководители либералов, имевшие возможность продиктовать свои условия мира, согласились на компромисс с консерваторами. В соответствии с договором, подписанным 22 мая 1863 г. в Каракасе, Паэс обязался сложить полномочия перед Национальной ассамблеей, состоящей из равного числа представителей обеих воюющих сторон, которая должна была назначить временное правительство. 17 июня ассамблея избрала Фалькона временным президентом, а его ближайшего сподвижника Антонио Гусмана Бланко (сына выдающегося либерального деятеля А. Л. Гусмана) вице-президентом венесуэльской федерации. 13 августа Паэс покинул Венесуэлу на этот раз навсегда. В декабре открылось Учредительное собрание, принявшее 28 марта 1864 г. конституцию, которая узаконила федеративный принцип организации государства Соединенных Штатов Венесуэлы.