28 ноября 1930 г. Б. Г. Ананьев досрочно окончил аспирантуру и вскоре был зачислен в штат Института мозга, в сектор психологии, называвшийся в тот период сектором форм поведения. Его научные интересы в первой половине 1930-х годов касались многих вопросов, среди которых преобладала методология психологии (Ананьев, 1930а, б, 1931 и др.). Вместе с тем он постоянно проводил эмпирические исследования, в том числе по профессиональной ориентации школьников (Ананьев, 1934). В 1932 г. Б. Г. Ананьев приступил к организации коллективной работы, направленной на изучение развития характера школьников. В этой связи в 1934 г. в Институте мозга была создана лаборатория психологии воспитания, в которую он был назначен заведующим. Планы лаборатории были весьма обширными: изучение характерогенеза, общей одаренности детей, связи характера и таланта, психологии педагогической оценки. Среди прочих была поставлена задача монографического изучения школьных классов и отдельных учащихся.
В процессе выполнения своей первой научно-исследовательской программы в лаборатории воспитания Б. Г. Ананьев собрал богатый эмпирический материал для своей первой монографии, изданной в 1935 г. и посвященной психологии педагогической оценки (Ананьев, 2007б). Исследование Б. Г. Ананьева проведено на стыке педагогической, социальной психологии и психологии личности (характерологии) и наметило, как оказалось, ряд перспективных линий развития этих отраслей психологии. В процессе этой работы сложился исследовательский стиль Б. Г. Ананьева и его коллектива. Во-первых, это большая эмпирическая обоснованность теоретических положений и выводов (его сотрудники, он сам и аспиранты провели 126 частных исследований в русле общей программы по изучению характера). Во-вторых, это постоянное стремление связать научную работу с практикой. Характерологические исследования сочетались с практической помощью школе, педагогам. Практическая работа психологов Института мозга была едва ли не первым в СССР опытом психолого-педагогической службы в школе. Судя по архивным материалам, для налаживания совместной с педагогами работы в школе и внедрения в жизнь результатов научных исследований Борис Герасимович много общался с учителями, прочел для педагогов десятки лекций и докладов, вовлек их в выполнение научных планов.
«Психология педагогической оценки» Б. Г. Ананьева и 80 лет спустя воспринимается как актуальное исследование, полное точных наблюдений и мыслей. Оно также имеет большой практический смысл. С его помощью современный учитель сумеет повысить воспитательную эффективность урока, на деле осуществить индивидуальный подход к учащимся
Бориса Герасимовича особенно интересовало развитие характера в связи с биографией личности. В характерологических исследованиях 1930-1940-х годов он обозначил элементы будущей психологии жизненного пути (или биографической психологии), в которой история личности рассматривается на фоне и в связи с историей современности, личность выступает как субъект своей жизни, а потому и субъект собственного развития. В результате характерологических исследований Б. Г. Ананьев выдвинул ряд новых персонологических идей. Более того, у него сложилась концепция личности как структуры психосоциальных свойств. Ананьев выделил наряду с традиционными волевыми, эмоциональными еще интеллектуальные (характер ума), а также, что особенно ново, коммуникативные (характер общения и отношений к другим людям) и рефлексивные черты (характер отношения личности к самой себе). К несчастью, материалы характерологических исследований Института мозга погибли в годы Великой Отечественной войны, и лишь незначительная их часть была опубликована[6].
В начале 1930-х годов Б. Г. Ананьев начинает преподавательскую деятельность в вузах Ленинграда, в том числе в педагогическом институте им. А.И. Герцена, где кафедрой психологии заведовал С.Л. Рубинштейн. Тогда состоялось знакомство и сотрудничество этих ученых. Борис Герасимович с пиететом относился к Сергею Леонидовичу. История отношений и сотрудничества двух выдающихся ученых специально не изучалась, но, судя по всему, они были во многом единомышленниками, учеными одного идейного направления, антропологического умонастроения, если можно так сказать (Логинова, 2009, 2011).
Б. Г. Ананьев участвовал в обсуждениях книги С. Л. Рубинштейна «Основы общей психологии» на Всесоюзной конференции по педагогическим наукам (1928 апреля 1941 г.) и в Институте философии АН СССР в 1947 г. (Архив: Ананьев. Выступление на обсуждении книги С.Л. Рубинштейна 29 марта 1947 г.). Он поддержал кандидатуру С.Л. Рубинштейна на соискание Сталинской премии 1942 г. Считал книгу «Основы общей психологии» лучшим произведением в современной психологической литературе (1946б, с. 34). Вместе с тем Борис Герасимович отметил неразработанность проблем характерологии и жизненного пути, пограничных с этикой. Годы спустя Б. Г. Ананьев с большим одобрением откликался на издание новых трудов С. Л. Рубинштейна «Бытие и сознание», «Человек и мир» (фрагменты этой книги опубликованы при жизни Ананьева в 1966 и 1969 гг.). Он написал яркую статью о С. Л. Рубинштейне к его юбилею, в которой выразил свое понимание не только личности и творческого вклада С.Л. Рубинштейна, но и судьбы человека науки вообще: «Биография ученого приобретает тем большее значение, чем полнее воплощает в себе биографию науки, ее прогрессивное движение на путях познания и активного участия в общественном развитии» (Ананьев, 1969 г, с. 126)[7]. Эти слова с полным правом можно отнести и к самому Борису Герасимовичу.