В методологических дискуссиях рефлексологов 19281929 гг. сначала проявлялся нигилизм по отношению к психологической науке и сознанию как ее предмету. Ананьев тогда характеризовал отношение рефлексологии к эмпирической психологии как отношение химии к алхимии[5], однако утверждал, что «проблема сознания принципиально важна сама по себе. отрицать психику и сознание и сводить их к простейшим формам соотносительной деятельности недопустимый методологический просчет.» (Ананьев, 1929 г, с. 33). В докладах и статьях 1929 г. он высказал принципиальные положения будущей теории психического развития человека: о необходимости изучать конкретного целостного человека, о том, что биологическое в человеке существует в виде опосредованного социогенезом органического субстрата жизнедеятельности; а общество не только среда, но и специфическая форма существования человека. «Общество есть та орбита для индивидуального человека, которая постоянно переформирует его анатомо-физиолого-биохимический материал в социально-необходимые формы и тем самым составляет основание его развития» (Ананьев, 1929в, с. 19). Еще оставаясь рефлексологом, Ананьев подчеркивал, что порочна не сама психологическая проблематика, а идеалистическое ее понимание, при этом он утверждал, что сознание это высшая форма поведения.
Сформулированные в дискуссиях позиции бехтеревцев были представлены на Всесоюзном съезде по изучению поведения человека. Б. Г. Ананьев был избран ответственным секретарем ленинградского оргкомитета съезда, а затем вошел в секретариат съезда в качестве представителя от Ленинграда. На общей секции съезда именно он прочитал представленный от Института мозга доклад.
В период конца 1920 начала 1930-х годов Ананьев не раз писал о методологии психологии, что обусловлено коренными переменами во всем строе российской науки в связи с ее реконструкцией согласно политике правящей Коммунистической партии. До сих пор острый отклик вызывает ранняя статья Б. Г. Ананьева «О некоторых вопросах марксистско-ленинской реконструкции психологии» (Ананьев, 1931). В ней молодой ученый высказал самокритику и критику в адрес советских психологов. В частности, он писал о себе: «Я пленился внешней видимостью объективизма рефлексологических понятий. Я наивно предполагал в то время (в 19281929 гг.), что преодоление биологизма в рефлексологии означает ее решительную марксистскую реконструкцию, а признание проблемы сознания и психики предметом рефлексологии (отождествленной мною тогда с материалистической наукой вообще) делает излишним существование психологии.» (там же, с. 329). Но главное в статье не критика, а очерк программы развития психологической науки в советской стране. Ананьев указал на необходимость разработки теории и при этом на отсутствие историко-психологических исследований и исследователей в этой области, на необходимость определить предмет и методы психологии в новых условиях. Он отметил также необходимость соотнесения психологии с логикой и идеологией, чтобы понять специфику ее предмета. Б. Г. Ананьев выступил за утверждение принципа историзма, понимание причинной связи развития психологической науки с изменениями в общественном развитии. Автор статьи обратил внимание на идеи К. Маркса об историзме природы человека, о том, что история промышленности, производительных сил общества является детерминантой истории человеческой психологии. В духе времени он выступал за классовый подход в исследовании личности и необходимость изучать современников людей нового общества.
В этой статье и других ранних методологических работах Ананьева можно найти зародыши многих его будущих идей и концепций. В 1930-е годы он высказывался о недостаточности философской теории для обоснования собственно психологических исследований. Нужен не перенос положений из исторического материализма в психологию, но интерпретация этих положений с точки зрения психологической науки, с учетом закономерности специфики психологической реальности и отражающих ее психологических понятий и в связи с новой социальной действительностью, практической деятельностью современников (Борис Герасимович, 2006, с. 237).
28 ноября 1930 г. Б. Г. Ананьев досрочно окончил аспирантуру и вскоре был зачислен в штат Института мозга, в сектор психологии, называвшийся в тот период сектором форм поведения. Его научные интересы в первой половине 1930-х годов касались многих вопросов, среди которых преобладала методология психологии (Ананьев, 1930а, б, 1931 и др.). Вместе с тем он постоянно проводил эмпирические исследования, в том числе по профессиональной ориентации школьников (Ананьев, 1934). В 1932 г. Б. Г. Ананьев приступил к организации коллективной работы, направленной на изучение развития характера школьников. В этой связи в 1934 г. в Институте мозга была создана лаборатория психологии воспитания, в которую он был назначен заведующим. Планы лаборатории были весьма обширными: изучение характерогенеза, общей одаренности детей, связи характера и таланта, психологии педагогической оценки. Среди прочих была поставлена задача монографического изучения школьных классов и отдельных учащихся.