По желанию Иоанна XXIII, на Соборе не должно было выноситься никаких осуждений, только должны были проводиться попытки найти способы углубления и обновления духовной жизни верующих на данный момент истории. Все темы, затрагиваемые на Соборе, еще на протяжении 30 лет после его окончания активно разрабатывались; реализовывались новые реорганизационные мероприятия. Важнейшим документом Собора стала «Догматическая конституция о Церкви». В 1966 году был опубликован сборник декретов, деклараций, постановлений Собора. Также одним из результатов работы Собора стала новая редакция Канонического права, регламентирующего церковную правовую систему.
Перечислим основные проблемы, обсуждаемые на Соборе:
Церковь в современном мире;
литургия в Церкви;
пастырское служение епископов
экуменизм;
обновление жизни монашествующих применительно к современным условиям;
апостольство мирян в Церкви;
средства массовой коммуникации и Церковь;
религиозная свобода;
нехристианские религии.
Очевидной областью реорганизации была литургия. Богослужения отныне стали проводиться на национальном языке; в Церковь стало приходить больше людей, активно организовывались молитвенные группы и движения мирян, участие в которых делало возможным для человека ощутить себя способным служить Церкви и ближнему, чувствовать себя востребованным, углублять свою духовную жизнь. Кроме того, новое развитие получила миссионерская и благотворительная деятельность Церкви. В центре задач Собора было новое понимание значения Церкви как общины верующих и ответственности всех ее членов. Одной из важнейших целей Собора было преодоление разрыва между верой и повседневной жизнью человека. Собор принес с собой новый порыв энергии и надежды. В католическом мире получило развитие стремление сделать веру истинной и отвечающей нуждам людей.
Отношение епископа Войтылы к открытию Собора было позитивным. В отличии от кардинала Вышинского, примаса Польши, считавшего, что Собор не станет серьезно рассматривать проблемы Восточной Европы, Войтыла искренне надеялся на результативность работы Собора. Он с большой заинтересованностью давал ответы на предварительном опросе епископов по поводу спектра выносимых на рассмотрение Собора проблем. Войтыла активно поддерживал идею проведения литургии на национальном языке в различных странах.
На первой сессии, состоявшейся осенью 1962 года, епископ Войтыла принимает активное участие в дискуссии по вопросу понимания Церковью соотношения Писания и Предания-Библии и трудов Отцов Церкви. Этот вопрос был принципиально важен для максимального сближения с представителями протестантских общин в рамках экуменического диалога. Войтыла предложил рассматривать и Писание и Предание как одну из форм самовыражения Бога, а не продолжать спор о том, насколько полно отражается «откровение» в тех или иных толкованиях Библии, работах теологов.
По вопросу внесения изменений в обрядность богослужения епископ Войтыла выступил с примерами из личного опыта, доказывая, что обряд должен быть доступен и понятен прихожанам, чтобы побудить их к более сознательному участию в литургии и таинствах Церкви. Особым образом Войтыла выделял важнейшее значение перехода проведения литургии на родной язык. Также епископ выступил за документальное закрепление особого служения мирян в Церкви, что позволило бы каждому члену церковной общины чувствовать большую ответственность и значимость, как в церковной жизни прихода, так и в семье, в личной духовной жизни.
Осенью 1963 года Войтыла в ходе второй сессии Собора принимает непосредственное участие в дебатах о сути взгляда на Церковь как «народ Божий».