Затем епископ поднимает и подворачивает заднюю полу ризы кандидата, вновь опуская ее, говорит: «Бог одевает тебя в одежды невинности»; берет обещание с посвящаемого повиноваться своему епископу и его преемникам, уважать их и себя. Епископ, облаченный в митру и держащий в руках посох, трижды благословляет посвященного и обращается к нему со словами напутствия, предписанными церковной традицией. После завершения литургии, на которой кандидат был рукоположен, он становиться священником, и может самостоятельно совершать литургию другие таинства Церкви. Только миропомазание и таинство посвящения в сан священников непременно должен проводить епископ.
После рукоположения в сан священника Кароль Войтыла отправился на обучение в Рим. Вместе с одним из своих товарищей, Кароль кроме учебы, в свободное время – на каникулах – посетил Францию, Голландию, Бельгию, узнал чем живет Церковь в этих странах. Эта поездка многое дала молодым людям; Кароля как священника сильно интересовали все проблемы прихожан в этих станах, радовали хорошие народные традиции. Войтыле пришлось много поработать в Бельгии, где около месяца Кароль находился в качестве священника и окармлял (проводил литургию и совершал таинства) шахтеров-поляков. После каникул Войтыла и его товарищ Старовейский вернулись в Рим и продолжили учебу.
В 1948 году Войтыла сдал экзамены на степень доктора и получил высшие оценки. Диссертация будущего Понтифика была удостоена одной из самых высших оценок в 18 баллов из возможных 20-ти. Работа была посвящена анализу трудов Иоанна Креста и написана была на латыни. Название научного труда Кароля Войтылы было таким: «Доктрина веры согласно святому Иоанну Креста». В тексте диссертации Кароль особо подчеркивал, что общение человека с Богом носит очень личный характер. Это взаимодействие доступно не только мистикам, но должно являться центральным вопросом жизни каждого христианина.
Летом 1948 года Войтыла был уже в Польше. С июля 1948 года Кароль Войтыла ожидал назначения в приход. Уже в первые годы своего священства будущий Понтифик начинает проводить свободное время с молодежью. Кароль получает «подпольное» имя для маскировки во время поездок и походов с молодежью – «дядя». Это было связано с тем, что принятое обращение к священникам «отец» употреблять в конце 40-х годов в Польше было довольно опасно: духовные лица находились под особым наблюдением спецслужб. В этом случае походы священника с молодежью за город могли рассматриваться как встречи группы заговорщиков.
В это время Примасом Польши стал Стефан Вышинский – выдающийся социальным и политическим реформатором. Он желал возродить былое благочестие мирян; также всегда был готов выступить против угнетения людей за веру, критиковал антирелигиозную политику правительства, в связи с чем пользовался большим авторитетом среди верующих. На долгие годы Примас Вышинский станет одной из самых авторитетных персон в Польше.
Первым назначением Войтылы в 1948 году стало место викария в приходе деревни Неговичи. В скором времени новый викарий легко освоился на месте службы, подружился с большинством прихожан и с удовольствием ходил с народом в Рождественскую ночь по домам, распевая колядки и гимны.
В области духовной жизни верующих в Польше основной проблемой стало нежелание ходить на исповедь. Люди за годы войны перестали придавать серьезное значение своим поступкам и мыслям, испытывать свою совесть. После окончания войны и усиления внимания спецслужб к общественной жизни народа люди стали бояться говорить о чем-либо вслух, зная, что исповедальни, если последует таковое распоряжение, легко могут прослушивать соответствующие органы.