Но всегда судьба хранила его. Первый раз серьезная опасность жизни будущего Папы угрожала в 1944 году. 29 февраля, когда он возвращался с работы на фабрике, Войтыла был сбит немецким грузовиком и оказался в больнице. Офицер, сбивший Кароля, не стал убивать его, а отправил пострадавшего на другой машине в больницу. У Войтылы оказалось очень сильное сотрясение мозга, и пострадала рука, но он выжил. Это событие будущий Понтифик расценил как доказательство того, что жизненный путь был выбран правильно и Богу будет угодна его жизнь.
Полностью Войтыла ушел в подполье после того, когда начались облавы на возможных участников Варшавского восстания 1 августа 1944 года. В августе были арестованы и расстреляны многие друзья и знакомые Кароля, в том числе однокурсник Ежи Захута. Облава была устроена и на дом, в котором жил Кароль, когда он находился там. Кароль спрятался в полуподвальном помещении, и по неизвестной причине немцы не стали спускаться туда. После этого инцидента Войтыла перестал приходить домой и переселился на квартиру Адама Сапеги, а его имя было исключено из списков рабочих фабрики. Для властей, фашистов и большинства знакомых Войтыла бесследно исчез.
Свою учебу в семинарии Кароль Войтыла завершил в 1946 году. Теперь основной задачей будущего священника стала подготовка к принятию духовного сана. Прежде чем получить сан священника, кандидату предстояло быть посвященному в нижние духовные должности. Два низших духовных чина Войтыла получил еще в 1944 году, а в 1945 получает также два других младших чина. 20 октября 1946 года кандидат Кароль Войтыла был возведен в сан дьякона самим Адамом Сапегой, к этому времени уже ставшим кардиналом. Следующей ступенью иерархии было священство.
Согласно церковной традиции, перед рукоположением в священники кандидат должен провести в уединении и молитве 6 дней. День рукоположения Войтылы был выбран 1 ноября, когда Церковь празднует торжество Всех святых.
Войтыла был единственным кандидатом на посвящение в сан в это день. Рукоположение совершал архиепископ кардинал Сапега в своей личной часовне.
Посвящение в сан в Католической Церкви происходит на торжественной литургии, когда кандидат, облаченный еще только в альбу (белую длинную одежду с поясом), ораль и епитрахиль, опускается на колени перед епископом, который совершает обряд. На левой руке кандидата переброшена риза, а в правой горит свеча. Затем руководители семинарии должны подтвердить, что данный кандидат достоин посвящения в сан, а епископ (архиепископ, кардинал, человек в любой церковной должности, имеющий сан епископа) говорит, что посвящаемый теперь обязуется быть совершенным в вере и своих действиях. Кандидат перед епископом и алтарем падает ниц, распростерши руки ввиде креста, а в это время произносятся молитвы в храме, которыми Церковь просит святых и Бога, чтобы кандидат был посвящен в сан Божьей силой. Затем, на голову стоящего на коленях кандидата епископ возлагает руки, призывая силу Святого Духа снизойти на посвящаемого. После совершения перечисленных обрядов епископ (лицо в любой церковной должности, обладающее епископским саном) облачает кандидата в священническую ризу. Звучит гимн Святому Духу. Связав руки кандидата лентой из белой ткани, епископ вкладывает в них чашу и дискос для причащения и говорит о том, что кандидат отныне получает право служить литургию. Кандидат, после того как ему освободят руки, передает зажженную свечу епископу и продолжает участие в литургии в качестве священника.
После причащения епископ снова возлагает руки на кандидата и говорит: «Получи Святой Дух; те грехи, что ты простишь, простятся; и те грехи, что ты оставишь, останутся».