В Благовещенском соборе 6 июля духовенству и боярам было торжественно объявлено, что Кученей готовится к крещению. Обряд православного крещения княжна Кученей 20 июля 1561 года, а крестил её сам митрополит Московский и всея Руси Макарий. Юнице-невесте дали при крещении имя Мария, в честь «святой грешницы» Марии Магдалины, день празднования которой по старославянскому церковному календарю должен был отмечаться на следующий день. Русская история не оставила имён крёстных Марии: кто стал её крёстным отцом и матерью, неизвестно до сих пор. Хотя сочетание имён «святой грешницы» с именами крёстных многое могло бы рассказать сегодняшним ясновидцам и мистикам о судьбе невесты, брака, да и судьбе самого жениха-царя тоже
В тот же день 20 июня царь Иван назвал Марию своей невестой и по древнерусскому обычаю преподнёс своей суженой Марии кольцо и драгоценный платок, унизанный жемчугом. По завершению знакового обряда крещения Иван Васильевич ритуально вручил невесте золотой крест-складень, а малолетние царевичи Иван и Фёдор преподнесли ей кресты, украшенные бриллиантами и жемчугами, среди которых был знаменитый чёрный бриллиант «Ясманд» с мистической исторической судьбой.
Царское венчание-бракосочетание состоялось в Успенском соборе Кремля. В этот знаменательный день 21 августа 1561 года в Москве с утра раздался мощный перезвон пяти тысяч колоколов московских церквей и монастырей, такой редкостно-оглушительный, что люди на расстоянии вытянутой руки в разговоре не могли слышать друг друга. Венчал молодых митрополит Макаий. Свадебным подарком новой московской царице Марии Темрюковне было уникальное золотое блюдо весом в 3 килограмма и диаметром 42,3 сантиметра декорированное чернью. На этом драгоценном блюде среди художественного орнамента было расположено шесть клейм с надписью: «Божиею милостию благочестивого царя и великого князя Ивана Васильевича государя всея Руси зделано благоверной царице великои кнагини Мареи в лето 7000 шестьдесят девятого».
В хрониках того времени, перекачивавших в воспоминания современников и более поздних историков говорилось, что когда юница-царица вышла из Успенского собора, то она и тоном своим, и высокомерными манерами дала всем понять, что теперь она настоящая московская царица, «и никто, кроме её мужа, не смеет становиться на одну ступеньку с нею».
А в другой исторической реплике, основанной на данных московских хронистов-современников можно почитать: ««Царскую свадьбу сыграли с невероятным размахом с диковинной пышностью. Денно и нощно царь канителил молодую, горячую жену. А едва восставши с ложа, сыпал новыми и новыми указами, направленными против старинных княжеских и боярских родов. К примеру, ограничены были права князей на родовые вотчины: если какой-то князь помирал, не оставив детей мужского пола, вотчины его отходили к государю. Желаешь завещать брату или племяннику, спроси позволения государя, а даст ли он сие позволение? Не надо быть семи пядей во лбу, чтобы сразу угадать: нипочём не даст! И не давал».
По случаю вступления во второй официальный брак царь составил новое завещание, где кроме порядка престолонаследия определялись имущественное положение царицы и возможных детей царя Ивана и царицы Марии. В состав опекунского совета кроме главных старших членов Данилы Романовича Захарьина, Василия Михайловича Захарьина, Ивана Петровича Захарьина и Фёдора Ивановича Колычева вошли новые младшие члены князь Телятевский и кравчий князь Горенский-Оболенский занимавшие в совете подчинённое положение.
Все регенты целовали крест на верность царевичам Ивану и Фёдору и царице Марии. Они клялись на кресте не искать себе нового государя «мимо престолонаследника» и управлять Московским государством по царскому завещанию Ивана Грозного, следуя тому, «что есми государь наш царь написал в своей духовной». А в каноническом тексте присяги говорилось: «А правити нам сыну твоему государю своему царевичу Ивану по твоей духовной грамоте.
Но многие бояре противились переменам в Москве в связи с новым вторым браком царя. И причиной были тут не душевные качества и прихоти царицы, о которых московские вельможи не знали и даже не догадывались. Многие пугались восточного деспотического начала, которое шло новым ордынским игом бывших мусульман Марии, ее братьев, племянников и дальних родственников. Самые отчаянные и развязные бояре кричал: «Опять Орда на Москву, на нас грядёт» и театрально хватались за сабли и кинжалы, чтобы прилюдно на глазах сочувствующих убить себя, перерезать горло, чтобы избежать «великого московского позора».