Поскольку M. Kuhlwilm et al. (2016) утверждают, что алтайские неандертальцы имеют гены современного человека и скрещивание произошло в районе Ближнего (Среднего) Востока 125120 тыс. лет назад, обратим внимание на Алтай (заметим, что выше мы установили, что на Среднем Востоке (в Передней Азии) гибридизации неандертальцев и современного человека не было).
На Алтае стоянки неандертальцев найдены в трех пещерах: имени Окладникова, Страшной и Чагырской. Следы неандертальцев есть также в Денисовой пещере, где в эту же эпоху обитали денисовцы.
Палеогенетики из Института эволюционной антропологии Общества Макса Планка в Лейпциге (MPI-EVA) выделили ядерную ДНК неандертальцев не из костей, а из пещерного седимента (грунтовых отложений) в Денисовой и Чагырской пещерах на Алтае, а также в Галерии-де-лас-Эстатуас (Galería de las Estatuas (Галерея статуй)) в северной Испании. В этих пещерах, из слоёв возрастом 20050 тыс. лет, были отобраны 150 образцов пещерного грунта. Для подтверждения верности определения использовали данные ядерной ДНК из костей и зубов и митохондриальной ДНК неандертальцев из тех же отложений (секвенированный геном женщины из Чагырской пещеры, полученный из фаланги пальца, и несколько образцов генома из Денисовой пещеры). В отложениях пещер Галерии-де-лас-Эстатуас и Чагырской обнаружена ДНК только неандертальцев, в Денисовой пещере денисовцев и неандертальцев, без их смешения.
Геном неандертальцев из Чагырской пещеры существенно отличается от неандертальского генома из Денисовой пещеры. В испанской Галерии-де-лас-Эстатуас присутствуют следы неандертальцев, как из Чагырской, так и Денисовской пещер. По мнению исследователей, это связано с тем, что первая группа неандертальцев мигрировала из Европы в Азию 135 тыс. лет назад, а вторая 105 тыс. лет назад [259].
Kolobova et al. (2020) установили, что ДНК неандертальцев, обитавших в Чагырской пещере 5949 тыс. лет назад, свидетельствует об их более тесной связи с восточноевропейскими неандертальцами (Северная Хорватия и Северный Кавказ), чем с неандертальцами из пещеры Денисова, жившими 110 тыс. лет назад. Каменная индустрия из Чагырской пещеры тождественна инструментам микокской культуры эпохи среднего палеолита, распространенной в Восточной и Центральной Европе. Орудия из пещеры Окладникова (Сибирячихинской), расположенной восточнее Чагырской пещеры, имеющие радиоуглеродный возраст от 37,8 до 24,2 тыс. лет, также относятся к микокской культуре. В пещере Денисова, расположенной недалеко от Чагырской, артефактов микокской культуры нет.
Исследователи делают вывод, что неандертальцы приходили на Алтай дважды. Неандертальцы из Чагырской пещеры связаны со второй волной, которая пришла из Европы около 60 тыс. лет назад и принесла технокомплекс микок [195].
В другой работе этой же группы исследователей (Mafessoni F. et al. (2020)) утверждается, что неандертальцы из Чагырской пещеры пришли на Алтай из Европы около 80 тыс. лет назад и принесли специфическую микокскую традицию изготовления каменных орудий. Наиболее близкородственные чагырским неандертальцы обитали в Мезмайской пещере на Кавказе, в которой также нашли микокские каменные орудия. Установлено, что чагырская популяция имела менее 60 представителей и была изолированной [207].
Чагырские неандертальцы (микок) застали на Алтае денисовцев, которые ещё раньше контактировали с более древней волной неандертальцев, которые исчезли за 30 тыс. лет до прихода носителей микокской индустрии на Алтай.
Анализ ДНК девочки, считавшейся денисовкой, показал, что её отец денисовец12, а мать неандерталка. Секвенирование генома чагырского неандертальца показало, что материнская линия у девочки представлена «чагырской» волной миграции, а в отцовской линии есть следы древних неандертальцев первой волны миграции.
Исследователи также утверждают, что все современные люди, кроме коренных африканцев, имеют в геноме около 2,4% генов, полученных в результате гибридизации с неандертальцами второй волны, к которой принадлежат хорватские (пещера Виндия) и чагырские неандертальцы. При этом, хорватские неандертальцы внесли больший вклад [207].
Исходя из вышеприведенной информации, можно сделать вывод, что неандертальские гены современные люди получили от неандертальцев с Балкан, создателей микокской индустрии. Однако, поскольку потомки древних людей (или их ближайших родственников) у которых обнаружена неандертальская ДНК, живут в настоящее время на востоке, в Азии, можно предположить, что гибридизация также происходила на территории промежуточной между Балканами и Алтаем. Миграцией с Балкан на восток древних европейцев, также можно объяснить больший процент неандертальской примеси у современных азиатских народов.