Вместе с тем, результаты исследования палеоДНК древнейших европейцев, показывают наличие в их геномах ДНК неандертальцев и отсутствие связи с современным населением этой части света. Так, итоги исследования обитателей пещеры Бачо Киро (Болгария), живших 42,546 тыс. лет назад, у которых обнаружены следы гибридизации с неандертальцами за шесть-семь поколений до их рождения, свидетельствуют об отсутствии преемственности между создателями индустрии бачокирьена и современными европейцами. Гаплогруппы С1 (C-F3393) и F (F-M89), определенные у них, в настоящее время очень редки и встречаются с низкой частотой лишь в Юго-Восточной Азии и Японии [184].
Расшифровка генома современного человека, череп которого найден в пещере Златый кунь (Zlatý kůň) (Конепрусские пещеры, Чехия), показала, что это женщина, представительница митохондриальной гаплогруппы N. Жила она ~ 43 тыс. лет назад (~43ka (95% highest posterior density=31.552.6ka)). Неандертальские гены предок этой женщины получил за 7080 поколений до её рождения. Женщина из Zlatý kůň генетической преемственности с насельниками Европы, жившими после 40 тыс. лет назад, не имеет. Исследователи считают, что вероятной причиной этого может быть мегаизвержение Флегрейских полей и делают вывод, что большая часть неандертальских генов современным человеком получена в результате смешения с неандертальцами, родственными будущим европейским неандертальцам, а не обнаруженным на Горном Алтае [230].
Женщина из пещеры Златый кунь (Zlatý kůň) (Конепрусские пещеры, Чехия) [227]
S. Condemi et al. (2021), исследовав геномы неандертальцев, денисовца, папуасов, австралийцев-аборигенов и др., обнаружили, как они полагают, свидетельства гибридизации между левантийскими неандертальцами и Homo sapiens около 65 тыс. лет назад. По их мнению, гибридизация произошла во время раннего расселения Homo sapiens через Аравийский полуостров в направлении Австралии и Океании [159].
В исследовании M.A. Almarri et al. (2021) установлено, что в популяциях Ближнего Востока доля генетического вклада неандертальцев, в целом ниже, чем в популяциях Европы и Восточной Азии. По мнению исследователей, это обусловлено двумя причинами: неандертальские фрагменты размывались в ближневосточных геномах из-за смешения с африканской линией и из-за смешения с линией базальных евразийцев11 (те и другие вовсе не имеют неандертальских генов). По этим двум причинам аравийские популяции имеют меньшую долю неандертальского вклада, чем левантийские [140].
Из результатов исследования M.A. Almarri et al. (2021) можно сделать ещё один вывод гибридизации неандертальцев и современного человека на Ближнем Востоке не было. Косвенно данный вывод подтверждается тем, что в «пещере Кзал-Акир позднемустьерские и древнейшие верхнепалеолитические слои разделены седиментационной или эрозионной лакуной. Позднее мустье таких левантийских памятников, как Кебара или Тор-Фарадж, сильно отличается от древнейших комплексов верхнего палеолита» [82, с. 6].
Если исходить из того, что гибридизация неандертальцев и сапиенсов произошла около 55 тыс. лет назад [154], то с неандертальцами контактировали представители Y-хромосомных гаплогрупп С (сформировалась 65900 лет назад, время жизни последнего общего предка (TMRCA) 48800 лет назад) [267] и F (сформировалась 65900 лет назад, TMRCA 48800 лет назад) [267].
Гибридизация носителей гаплогруппы C с неандертальцами подтверждается тем, что представили её дочерних ветвей С1 и С2, имеют признаки смешения с этим древним человеком. В частности, нандертальская примесь обнаружена у носителей Y-хромосомной гаплогруппы С1 [248], живших в Сунгири (г. Владимир, Россия) 3465433678 лет назад (калиброванная дата) [114], в Костёнках в Воронежской области России (геном человека Костёнки-14 (возраст 33250±500 некал. лет, 3536 кал. тыс. лет [112, с.48]) содержит примерно 2,8% неандертальской примеси) [243] и др.
С гаплогруппой F не все так просто, поскольку существуют так называемые базальные евразийцы, у которых нет генов неандертальцев.
Jones E.R. et al. (2015) предполагают, что к базальным евразийцам (Basal Eurasian) относятся кавказские охотники-собиратели (Caucasus hunter-gatherer (CHG)) [194]. Их представители люди из пещер Сацурблия (возраст 13300 лет; поздний верхний палеолит) и Котиас Клде (возраст 98959529 лет; эпоха мезолита). У мужчины из пещеры Сацурблия определены гаплогруппы Y-хромосомная J1 [267] и митохондриальная К3; у мужчины из пещеры Котиас Клде (Kotias Klde cave) определены гаплогруппы Y-хромосомная J2а и митохондриальная H13c. В настоящее время эти гапогруппы с высокой частотой встречаются в Грузии [194].