Кауфман телеграммой Императору Александру II от 2 мая 1868 года докладывал: «Имею счастье поздравить Ваше Императорское Величество с новым торжеством: древнейший и знаменитейший город Средней Азии, центр мусульманства Самарканд, гордый своею историческою славой, без выстрела пал к стопам Вашего Величества, отворив ворота храбрым и честным войскам Вашим»
Из Самарканда генерал-губернатор посылает эмиру новые условия мира, но ответа не получает. Более того одному из гонцов, доставивших письмо, отрубили голову, другой был брошен в яму. Очевидно, настойчивость Кауфмана в предложении мира, а также его отказ преследовать разбитого противника, в Бухаре восприняли как слабость. Эмиру приходилось воевать на два фронта (против него восстали беки Шахрисябзского оазиса во главе с его старшим сыном Абду-Mаликом), но мира с русскими он заключать не хотел.
Сеид Музаффар Эддин Бахадур Хан, Эмир Бухарский.
Фотоакварель А. А. Семёнова с фотографии, из коллекции
генерала Н. И. Гродеков
Ожидая ответа, Кауфман дал возможность восстановить силы своим солдатам, а сам вместе с молодым художником В. В. Верещагиным осматривал древнюю столицу империи Тимура.
Убедившись, что мирного диалога с эмиром наладить не удастся, Кауфман, оставив в Самарканде гарнизон, выдвинулся на юг, где 18 мая нанес поражение бухарцам при Катта-Кургане, а затем 2 июня в жестоком бою на Зарабулакских высотах армия эмира потерпела окончательное поражение.
В этот же день к Самарканду подошли войска шахризябских беков, которые одинаково непримиримо относились и к русским, и к эмиру, мечтая посадить на бухарский трон его сына Абдул-Малика. В городе вспыхнуло восстание, подстрекаемое духовенством.
Небольшой гарнизон майора Штемпеля, оставленный Кауфманом в Самарканде, укрылся в цитадели. Восемь дней и ночей защитники крепости, среди которых был и художник Верещагин, отражали бесчисленные атаки, пока наконец в город не вернулся Кауфман со своим отрядом и не усмирил восставших.
Разгневанный предательством самаркандцев, генерал-губернатор отдал город на три дня на разграбление. Столь жестокие меры были предприняты не только как наказание за восстание, но и за отсечение голов трупам погибших русских солдат. Об этом пишет в своих воспоминаниях Верещагин: «Командующий, предоставив возможность перед своим вступлением в Самарканд уйти из него женщинам и детям, отдал приказ «примерно наказать город, не щадить никого и ничего». Как сейчас вижу генерала Кауфмана на нашем дворе, творящего, после всего происшедшего, суд и расправу над разным людом: или захваченным в плен с оружием в руках, или уличенным в других неблаговидных делах Добрейший Константин Петрович, окруженный офицерами, сидел на походном стуле и, куря папиросу, совершенно бесстрастно произносил: «Расстрелять, расстрелять, расстрелять!»
В середине июня к русскому командованию прибыл наконец посол эмира Муса-бек и соглашение между Россией и Бухарой было, наконец, заключено.
Договором официально признавалось вхождение Самарканда, Ходжента, Ура-Тюбе и Джизака в состав Российской империи. Кроме того, на Бухару накладывалась контрибуция в 500 тысяч рублей. Из вновь занятых территорий был организован Зеравшанский округ, начальником которого стал произведенный в генерал-майоры Александр Константинович Абрамов.
Мятежный сын эмира Абдул-Малик бежал в Карши, где провозгласил себя ханом. Эмир Музаффар немедленно двинул туда свои войска и выгнал сына из города, но как только эмир вернулся в Бухару, тот опять занял Карши. Тогда правитель Бухары обратился за помощью к Абрамову, который направил в Карши свой отряд. Не дожидаясь битвы, Абдул-Малик вновь бежал, долго скитался в Хиве, Кашгаре, Туркмении, пока не осел в Пешаваре, найдя пристанище у англичан. В Карши вступили русские войска, передавшие его затем представителям эмира.
Успехи России вызвали целую бурю в Англии, там были собственные виды на Среднюю Азию. Кроме того приближение границ России к индийским владениям Британии, по-прежнему являлись главным кошмаром для англичан. Дипломатический нажим британцев на канцлера Горчакова привёл к тому, что Кауфмана вызвали в Петербург для срочного доклада императору. Во время аудиенции царь потребовал от Кауфмана вернуть Самарканд и Катта-Курган бухарцам. На что Константин Петрович ответил: