Els efectes del concili a Espanya van ser immediats. Hi va haver un enfrontament entre el catolicisme conservador i el progressista, lanomenat progressisme catòlic. La jerarquia eclesiàstica en general no va ser massa procliu a la renovació propugnada pel Vaticà II. La Conferència Episcopal Espanyola (CEE) es va mantenir cauta davant del règim, malgrat que nombrosos catòlics començaven a allunyar-se de la dictadura. Lobstacle era el nacionalcatolicisme, aqueixa rància unió entre nacionalisme espanyol i catolicisme tradicionalista que té com a conseqüència que lEsglésia sinvolucre en els valors sociopolítics de la dreta política, fet que es tradueix en una cadena de favors que converteix lestament eclesial en protegit i alhora protector del poder polític. De fet, els més alts prelats espanyols que participaren en el concili Casimiro Morcillo (arquebisbe de Madrid) i Enrique Pla y Deniel (cardenal de Toledo), eren ferms defensors de la «cruzada» de la Guerra Civil, que Joan XXIII detestava. Eren homes extremadament conservadors i difícilment farien complir el Vaticà II. La intervenció dels bisbes espanyols al concili fou minoritària i pintoresca, a penes tingueren influència en els acords conciliars. Només Josep Maria Jubany, Josep Pont i Gol, Antonio Añoveros, Rafael González Moralejo i el valencià Vicente Enrique Tarancón formaren part dun petit grup oberturista (Bort Castelló, 2012a).
En les diòcesis valencianes el tancament eclesial fou la nota dominant. Larquebisbat no va desenvolupar la majoria de les constitucions del concili, més aviat va obviar, obstaculitzar o boicotejar les iniciatives dels catòlics renovadors. Almenys aquesta és la interpretació del catolicisme progressista. Durant la dictadura, larquebisbat va estar governat per Prudencio Melo (1940-1946), Marcelino Olaechea (1946-1966), Rafael González Moralejo (1966-1969) i José María García Lahiguera (1969-1978). La característica comuna dels dos primers fou limmobilisme, la por als canvis que demanava una societat cada vegada més secularitzada, la incomprensió als preceptes del Vaticà II i lacceptació del franquisme. En canvi, Moralejo representa un tímid oberturisme que és tallat en sec per García Lahiguera, el qual torna als temps de laïllament eclesiàstic. Antoni Duato, vicari episcopal i membre de lequip de govern de González Moralejo, anys després impulsor de Saó, afirma que el concili no canvià a València la mentalitat clerical anquilosada (Comes Ballester, 2013). El ressorgiment del valencianisme i lactivitat de moviments renovadors com la JOC i la JARC inspirats pel concili coincidiren amb el mandat dOlaechea, el qual no va estar a laltura de les circumstàncies, ni per a reconduir la lluita de classes que es donava al si de lEsglésia ni per a assumir les reivindicacions conciliars dels cristians valencianistes.
Immediatament després del concili es va produir lanomenada «crisi postconciliar» a tot Europa, que no és altra cosa que lenfrontament entre lempenta renovadora i laferrament al passat; o dit duna altra manera, entre els grups progressistes i els conservadors. La divisió interna fou més acusada a Espanya per la influència de la dictadura. Aquestes situacions van tenir historials propis en totes les diòcesis i comunitats catòliques. La immersió de lEsglésia en el món que propugnava la Gaudium et spes i el paper de lapostolat seglar dApostolicam actuositatem van ser entesos de manera diferent per la jerarquia conservadora i franquista i els catòlics progressistes, els quals assumiren la seua vivència cristiana en clau social i reivindicativa, identificant lautenticitat evangèlica amb la denúncia sistemàtica de les injustícies socials i la lluita contra la repressió franquista. A més del Vaticà II, el progressisme catòlic va rebre la influència de nous corrents de pensament que discorrien llavors per Europa, com el marxisme, lexistencialisme, lestructuralisme i lEscola de Frankfurt, el Maig del 68, leurocomunisme o els moviments demancipació de la dona i de descolonització del Tercer Món. Aquestes ideologies van influenciar molts membres de lEsglésia en els camps teològic, pastoral i social. Nombrosos creients i clergues van fer conjugar sense problemes la consciència renovadora del Vaticà II amb el marxisme i altres ideologies de transformació social. Com veurem més avant, aquests sectors es van aglutinar sobretot en grups dAcció Catòlica, comunitats cristianes de base i revistes catòliques renovadores. Aquesta barreja ideològica va provocar també lentrada de catòlics progressistes en formacions polítiques i sindicats desquerra, fet que va mantenir al llarg de la dictadura una presència prolongada de moviments sincrètics entre socialisme i cristianisme.
Lindicador més expressiu de la crisi interna de lEsglésia va ser, sens dubte, lenorme sagnia de secularitzacions en el clergat. Pau VI, en una decisió costosa i audaç, va permetre el cessament en el ministeri sacerdotal actiu, inclosa la dispensa del celibat, de nombrosos sacerdots. Ni el papa ni ningú podia calcular lexplosió de crisis personals i de reducció a lestat secular de milers de religiosos (Montero, 2005). A Europa, segons Vicente Conejero, les secularitzacions en letapa postconciliar van fer perdre a lEsglésia 25.000 sacerdots i religiosos (Signes, 2008: 21). A Espanya, Martín Velasco constata que la disminució del clergat per defuncions i abandó fou constant, es passa de 26.000 sacerdots el 1966 (any en què comencen a produir-se les primeres secularitzacions) a menys de 21.000 el 1987. I a Catalunya, Francesc Núñez afirma que el 18 per cent dels sacerdots diocesans van demanar la secularització entre 1978 i 2008 (Núñez Mosteo, 2008: 75). Al País Valencià manquen estudis sobre aquesta qüestió i desconeguem el nombre total de secularitzats. Únicament lobra ¿Por qué nos salimos? Los secularizados, que recull catorze testimonis de sacerdots secularitzats valencians, entre els quals hi ha sis col·laboradors de Saó, ofereix informació al voltant del tema. Saó explicarà el fenomen com un desengany de cert clergat progressista pel tancament conservador i la no aplicació del Vaticà II per la jerarquia. De fet, alguns dels col·laboradors més destacats de Saó van abandonar el sacerdoci per aquest motiu, com és el cas dAntoni Ferrer, Ramon Gascó, Avel·lí Flors, Antoni Signes o Joaquim Adell.
La versió espanyola del postconcili presenta uns perfils propis. Hi van haver conflictes significatius. El maig de 1960 uns 339 sacerdots bascos denunciaven en un document adreçat a la jerarquia la manca de llibertat de la ciutadania i dels pobles de lEstat amb llengua pròpia. A Catalunya, labat de Montserrat Aureli Escarré fou desterrat per criticar la manca de llibertat religiosa. Però el conflicte de més ressò fou la càrrega policial de maig de 1966 contra una marxa de 130 sacerdots i religiosos a Barcelona. En aquesta manifestació els capellans denunciaven els maltractaments de la policia contra els estudiants desallotjats del col·legi dels caputxins. Lhostilitat del règim també es va manifestar en les multes imposades pel MIT a un bon nombre de revistes catòliques, així com en la destitució de dirigents de grups dAcció Catòlica el 1966, el tancament el 1967 del Seminario Hispanoamericano de Madrid, i, sobretot, les crítiques de la premsa franquista contra lAssemblea Conjunta de Bisbes i Sacerdots de 1971 (Casañas, 1989).
LAssemblea Conjunta, celebrada al seminari de Madrid del 13 al 18 de setembre de 1971, preparà el camí de lEsglésia cap a la Transició. Es veia un possible canvi de règim, hi havia la percepció que la dictadura no sobreviuria a la mort de Franco. En la trobada, inaugurada pel cardenal Vicente Enrique Tarancón, participaren 233 eclesiàstics. Josep Antoni Comes afirma que lAssemblea suposa una revisió del nacionalcatolicisme, linici de la fi de laliança incondicional entre lEsglésia i lEstat nascuda en la Guerra Civil. I en aquesta ruptura té molt a veure la influencia del Vaticà II i lonada de catolicisme renovador que va provocar. Tanmateix, per a Comes lAssemblea no va resoldre algunes qüestions que preocupaven sobretot al progressisme catòlic, com el celibat voluntari, la secularització dels sacerdots o la manca de democratització dels òrgans eclesiàstics. Segons Comes, lAssemblea no va canviar el jerarquisme vertical descendent de lEsglésia. Shi va imposar de nou lala conservadora, la por a les reformes va fer perdre una gran oportunitat per obrir-se de veritat al Vaticà II (Comes, 1973). Sobretot, va provocar una forta polèmica la ponència titulada «Iglesia y Mundo en la España de hoy», que analitzava aspectes com la secularització de la societat, el pluralisme, les dictadures, la societat del benestar, les relacions entre Església i lEstat, el desfasament del catolicisme espanyol, la família i la joventut, lecumenisme i la llibertat religiosa. Es reflexionà també sobre els problemes de la pobresa, la immigració interna i els drets humans. Per tant, no és destranyar lanimositat exacerbada que despertà lAssemblea entre els immobilistes. Per això fou atacada per determinada premsa. Lenvestida més furibunda venia de Pueblo,