En un primer moment els fons econòmics de què es valia la confraria per a complir la seua missió provenien dels mil sous, és a dir, de les 50 lliures que cada un dels deu instituïdors va aportar per a la fundació i daltres tantes que aportaven els nous confrares. Sinvertien en comprar renda del deute públic que emetia la ciutat, igual que feien els hospitals i altres institucions benèfiques. La bona acollida que va tenir aquesta institució entre els habitants de València va fer que aviat començaren a establir-se censos a favor de la confraria, als quals estaven subjectes nombroses propietats rústiques i urbanes, que van generar uns ingressos fixos satisfets en aquestes festes de lany: Pasqua de Resurrecció, sant Marc, Pasqua de Pentecostés, sant Joan, Santa Maria dagost, sant Miquel, Tots Sants, sant Andreu, Nadal, sant Vicent Màrtir, Santa Maria de febrer, Santa Maria de març i Carnestoltes.
Els ingressos de la confraria tenien orígens diversos. Uns eren fixos o ordinaris i daltres extraordinaris. Entre els ingressos fixos estaven el cobrament de censos; els drets de lluïsme, és a dir, el cobrament duna part dallò que sha obtingut pels possessors quan aquestes propietats sotmeses a cens per lalmoina eren venudes; les pensions de préstecs censals carregats per la Generalitat, per la ciutat de València o per particulars; la venda en la Pelleria de retalls sobrants del tall de les teles per a la confecció del «cot e mantell»; les rendes de les possessions que va deixar el mercader i confrare Ferrando García per al benefici que va fundar en lesglésia de Sant Martí, del qual eren patrons els deu confrares; i ladministració de lhospital den Conill. Els ingressos extraordinaris estaven constituïts pel que entregaven els nous confrares, les donacions fetes a la Confraria en els seus testaments per confrares o altres persones, i també alguna entrada obtinguda en relació amb assumptes judicials.
Entre les despeses ordinàries de la confraria, la de major quantia era la compra de draps vermells per a la confecció dels vestits concedits a les òrfenes, que el procurador de la confraria comprava a diferents paraires, drapers, mercaders, botiguers de draps, tintorers de draps, afinadors de draps, abaixadors i apuntadors de la Draperia de la ciutat situada prop de la Llotja o a diferents paraires de Cocentaina, Ontinyent i Alcoi. Una altra persona que intervenia en els draps era labaixador, que es dedicava a igualar amb tisora el pèl dels draps. Si es compraven teles blanques el tintorer sencarregava de tenyir-les de roig.
El sastre era la persona fonamental en el funcionament de la confraria ja que sobre ell requeia la responsabilitat de tallar, cosir la roba i vestir les òrfenes. El número de cots variava cada any segons el nombre dòrfenes que dotaven. Durant la primera meitat del segle XVI la mitjana anual va ser de 53 dotacions, entre les quals tres o quatre es van concedir a dones procedents de la Casa de les Repenedides. El número va anar baixant a una mitjana de 18 dotacions en la primera meitat del segle XV i de 6 dotacions en la segona meitat, que ja van ser en diners, entregant-sels 20 lliures.
Altres despeses eren el salari que cobrava el procurador, la caritat de Nadal que es donava a cada confrare la vespra de sant Tomàs perquè la distribuïra entre els pobres, laniversari i convit anual el dia de la rendició de comptes del majordom, els llibres de ladministració, la celebració daniversaris en diferents convents de la ciutat i de fora, el sou del notari i ladministració de dos beneficis eclesiàstics, un en Sant Joan del Mercat sota la invocació de lEncarnació més conegut com benefici de les Òrfenes en la capella que posteriorment es va anomenar dels Palomars, i un altre en lesglésia de Sant Martí, sota la invocació de la Mare de Déu, Sant Joaquim i Santa Anna, instituït pel confrare Ferrando García. Les despeses extraordinàries de major quantia consistien a girar diners a la Taula de València, és a dir, la compra de censals amb diners procedents sobretot de lingrés de confrares.
Els documents i els diners de la confraria es guardaven en la caixa que custodiava el majordom i havia de traslladar-se cada any a casa del nou majordom; en eixa caixa es guardaven també els llibres de ladministració anual i els llibres de la distribució dels mantells a les òrfenes, així com el Llibre dels Cabreus, on sanotaven els canvis i vendes produïts en els béns posats a cens, escrivint el nom del venedor i el nom del comprador, el dia en què es va fer la venda i el nom del notari davant el qual es va fer la venda.
La Confraria no tenia una seu fixa i els confrares solien celebrar les seues reunions, almenys una vegada a lany, generalment a la tardor, en un dels cinc convents masculins de la ciutat, com eren el de Sant Domingo, Sant Agustí, Nostra Senyora del Carme, la Mercé i Sant Francesc. En eixa jornada se celebrava un aniversari pels confrares difunts, saprovaven, si era necessari, els nous capítols, el majordom retia comptes de la gestió duta a terme durant el seu any al capdavant de la confraria i tenia lloc un convit en què ladministrador no podia gastar més de 20 lliures.26
En 1523 van acordar el canvi del lloc de les reunions de la confraria de lesglésia de Santa Caterina a lHospital General, tant per a lelecció de confrares, com per a la presentació de comptes i altres actes de la mateixa. El canvi es va deure, fonamentalment, a que els confrares eren també regidors de lHospital General i en ell van romandre fins a 1760.
Durant aquest temps, el dia que el majordom donava compte de la seua administració anual, cada confrare que havia assistit al menjar i a oir els comptes proposava el nom de la jove òrfena que volia que fora dotada i, si havien quedat prou diners, sentregava a cada una 50 lliures dalmoina com a ajuda del seu matrimoni. El dia de lAscensió des del principi del segle XVII era la festa triada per la Confraria per a dur a terme el cerimonial de maridar donzelles òrfens i pobres, entregant a cadascuna una bossa de pell blanca, com a símbol de lajuda promesa de 50 lliures, dins de la qual estaria la cèdula i lescriptura de la seua elecció.
La cerimònia consistia, a més de lacte de donació, en una solemne missa i processó, a la qual les deu donzelles maridades havien dassistir cobertes amb mantos i vels blancs símbol de la seua virtut i puresa, acompanyades pels confrares i les seues mullers, a més daltres dones principals les senyores nobles, símbol del suport social que havien obtingut.27
La política de centralització de ladministració duta a terme en època de Carles III va afectar la beneficència pública. El rei va manar a Pere Josep Majoral girar una visita a lHospital General, que es va allargar prop de nou anys, en el transcurs dels quals es va assabentar del règim administratiu interior i dels defectes que patia el sistema seguit fins llavors, per la qual cosa li va proposar al rei la radical i necessària refundació de la Junta dels deu diputats en una altra de nova conforme al sistema econòmic general dEspanya, i que reflectira la dependència del govern. La Cambra de Castella, assabentada de tot, va manar cessar en la seua administració als deu diputats fins que el visitador establira el nou règim, posant al capdavant de lHospital una Junta de Govern composta declesiàstics, cavallers, hisendats i comerciants, amb un reglament general per a totes les dependències de la institució.
Però com els antics deu diputats administradors, des del principi de la visita reial van observar la tendència a la renovació de les coses, van començar per no reconéixer el visitador, negant-se a presentar-se quan sels cridava a Junta, alhora que sostreien els papers, documents, diners i arques que tenien corresponents a la Confraria dÒrfenes a Maridar. Fins llavors el mateix protocol particular de lHospital contenia les escriptures de nomenament dòrfenes, la comptabilitat tenia en lHospital els seus llibres dentrades i eixides, en aquest establiment existia larca de cabals i els administradors de la Confraria dÒrfenes eren els administradors de lHospital General.