Després de les tensions inicials i la llarga i cruenta repressió de Na Germana de Foix, sinicia un període més relaxat en les relacions entre el regne i el poder reial, tal i com ho corrobora el govern no massa conflictiu dels lloctinents generals, lescassa problemàtica plantejada en Corts i la freqüència amb què el monarca va convocar-les, sis vegades front a les dues de Ferran el Catòlic, encara que sempre com a Corts Generals de la Corona dAragó celebrades a Montsó. Una disposició parlamentària que hem de relacionar amb les necessitats econòmiques que li ocasionaven les diverses empreses imperials. Els serveis, que al llarg del segle XVI es mantingueren en 110.000 lliures, van suposar, per la freqüència de les reunions, una contribució important del Regne de València a les necessitats econòmiques de la monarquia. Però de tots els regnes de la Corona, era Castella el que suportava el major pes contributiu: als serveis extraordinaris votats en Corts, les rendes ordinàries i regalies, els ingressos de gràcia procedents de fonts eclesiàstiques, safegia lalcabala i els terços reials. Encara que Castella ho va suportar durant la primera meitat del XVI, per trobar-se en plena expansió econòmica i demogràfica, ja a finals de segle va mostrar signes desgotament a mesura que es caminava cap a lestancament demogràfic, lempobriment camperol, el col·lapse artesanal i el debilitament comercial. Aquest major pes contributiu anirà creant un corrent dopinió favorable a una major aportació dels regnes no castellans a la monarquia.
Amb el regnat de Felip II (1555-1598), les relacions rei-regne tornen a un clima de crispació, que té molt a veure amb tres qüestions veritablement conflictives: el bandolerisme, molt arrelat a làrea mediterrània; la qüestió morisca, derivada de la no assimilació i relacionada amb lideal dunitat religiosa, i la tercera, la defensa de la costa, donada la inseguretat del litoral pels atacs de la pirateria nord-africana. Començant per aquesta última qüestió, des del regnat de Carles I, els atacs shavien fet sistemàtics; en la memòria de tots estava Barbarossa, Dragut, Salah Rais, lassalt de Cullera en 1550, atacs que palesaven la vulnerabilitat del litoral i els problemes de seguretat del regne. Això va fer que els estaments demanassen al rei la revisió del sistema defensiu, i donà lloc al desenvolupament i perfeccionament de lorganització de la defensa costanera, la qual suposarà, duna banda, una major integració del regne en la defensa de la monarquia, encara que les actuacions es limitaren a les fronteres del territori propi; duna altra, provocà tant laugment de laportació econòmica com duna contribució en homes, mitjançant lorganització del «batalló de la milícia efectiva», format per deu mil homes encarregats de fer front a qualsevol atac exterior. Al perill dels atacs turcobarbarescos, però, safegia la por que aquestos entrassen en connivència amb els moriscos, considerats com a «quinta columna otomana», fet que augmentava les tensions entra la població cristiana vella i la morisca.
Al clima dinseguretat i preocupació, safegia el del bandolerisme, el qual, diferenciat ja de la delinqüència comuna, es va desenvolupar tant en la forma habitual de la Mediterrània, laristocràtic i el popular, com en la més característica de les terres valencianes, el morisc i el rural. La seua proliferació fou aprofitada per la monarquia a fi de guanyar terreny en detriment de la normativa foral, i donà lloc a lenfrontament entre els oficials reials i els estaments.
Dençà el «viratge filipí», la política reial va decantar-se cap a una major rigidesa i provocà una topada oberta amb els regnes de la Corona dAragó. La crisi de 1568, el contacte dels hugonots francesos amb el bandolerisme català i aragonès; la rebel·lió de las Alpujarras a partir de la reial pragmàtica de 1567 contrària als costums dels moriscos, i lalçament als Països Baixos, foren tots a lhora els causants del viratge. Va ser el virrei Don Francisco de Montcada, comte dAitona, durant els seus successius virregnats (1580-1595) al Regne de València, lencarregat dexecutar la política rigorosa del monarca. Hi havia dos objectius ben definits en el seu punt de mira: lun el desarmament i control dels moriscos, donada la malfiança generalitzada que planejava sobre ells; laltre, leradicació del bandolerisme. La seua política es mostrà obertament antiforal, i el ressò narribà a les Corts de 1585 amb la denúncia dels braços per les contínues transgressions al cos legislatiu. Tanmateix, si bé Felip II hi acceptà les denúncies de contrafur més evidents, també shi negà a qualsevol concessió que empenyoràs o afeblís la prossecució encaminada a reprimir i posar fi al desordre públic. Així, segons S. Garcia Martínez, la clausura de les Corts suposà una mena de xec en blanc per a una nova escomesa repressiva, clau de la qual fou una pragmàtica que es va fer pública a València el 7 de juny, en què sestablien clàusules contra encobridors, acollats i oficials negligents. A les darreries de 1586, els objectius de la política repressora no shavien assolit, i les directrius seguides pel comte dAitona, fins que morí en 1594, se centraren en el manteniment de les disposicions adients. Van ser anys durant els quals hi hagué nous intents daconseguir la instrucció dels moriscos, de lempenta a favor del cors cristià perquè defensàs el litoral i barràs les fugides dels cristians nous a Berberia, així com algun ensurt com la confabulació de lantic secretari Antoni Pérez i Enric IV de França, amb la col·laboració dIsabel dAnglaterra, per avalotar els moriscos valencians descoberta, però, a temps.[4]
Lofensiva antiforal desplegada en temps de Felip II farà que, donades les escasses convocatòries de Corts 1564 i 1585, totes dues a Montsó, els estaments practiquen un mecanisme de protesta reglamentat pels Furs encara que no ben rebut, quan no obstruït, pel monarca, com són les ambaixades al rei, que constituïen una evidència de dissensions entre el monarca i el regne. Però si la denúncia de contrafur mitjançant ambaixada podia ser desoïda per la monarquia, les reclamacions que es feien en Corts exigien una resposta si es volia percebre el servei. No obstant això, en temps de Felip II, el regne va contribuir dues vegades de forma extraordinària i fora de Corts a les necessitats econòmiques de la monarquia; foren dues contribucions de 100.000 lliures cadascuna que en 1574 i 1592 obtingueren els virreis Mondéjar i Aitona sota el pretext de fortificar el regne.
Durant els virregnats del marquès de Dénia (1595-1597) i del comte de Benavente (1598-1602), el bandolerisme, amansit en el ferri virregnat dAitona, reviscolava amb més força i presentava ara una nova cara, la de les bandositats, a més dels ja clàssics bandolerismes morisc, aristocràtic i popular. Força arrelades a la Ribera del Xúquer, les bandositats es mostraven com un tipus de bandolerisme prou més enrevessat, cosa que feia estèrils les mesures adreçades a apavaigar-lo. La situació sanava complicant amb les escomeses episòdiques dels corsaris nord-africans i, sobretot, amb un desassossec que esclatà al regne en 1596, quan, a conseqüència de la guerra de la monarquia hispànica amb la coalició de Greenwich, es va creure en una possible connexió dels moriscos valencians amb els anglesos primer, i després amb els turcs. Aquest afer donà lloc a lestabliment duna estreta vigilància dels cristians nous i féu que el marquès de Dénia iniciàs les disposicions adients per assolir la defensa del regne, que es materialitzaren un any després (1597) en la pragmàtica de la milícia efectiva.[5]