Фома, отличавшийся редкостной эрудицией и интеллектуальными способностями, решительно соединил с догматикой массу философских идей, идущих в основном через Аристотеля, переданного через арабский мир.
Прежде всего, он, вслед за арабами, решительно абстрагировал Бога, деперсонифицировал его, что дало ему возможность осуществить последующие операции по реформированию церковного учения. Бог (субъект) стал «Актуальностью», материя (объект) «Потенциальностью». Актуальна форма принцип порядка и завершенности. Материя вносит конкретность и индивидуальность. Бог источник всякого оформления.
Соответственно этому человеческий индивид это единство души и тела. Душа не просто двигатель, но и форма, но она нематериальна и получает завершенность, особость, индивидуальность лишь через тело. Личность, по Фоме, самое благородное в разумной природе, интеллект всегда личный интеллект и как таковой выступает только как часть целого. Не интеллект мыслит в человеке, а человек мыслит посредством интеллекта. Интеллект только возможность, потенция осуществления. Следовательно, интеллект включен в телесно-душевную индивидуальность.
Наука отделена от веры. Познание объективно, направлено на объект, ни в коем случае не на субъект, не внутрь, не на формы и механизмы мышления. Область христианских таинств остается вне философского рассмотрения. Фома решительно отмежевал мистику от рационализма, и церковь монополизировала мистические способы постижения мира через культ святых, многие из которых были откровенными мистиками.