В каждом из заключенных доктор Гааз видел страдающего Христа. В историю вошёл его разговор с митрополитом Филаретом. Однажды, размышляя о судьбах арестантов, Филарет высказал мнение о том, что человека не могут осудить невинно, и, если он находится в тюрьме, значит, для того была веская причина. В ответ на эту фразу митрополита Гааз вскочил с места и воскликнул: «Владыка, как Вы можете такое говорить? Неужели Вы забыли о том, что Господь наш, Иисус Христос, был осуждён невинно?»
Однажды Гааз в очередной раз так нарушил покой чиновников своими обличениями, что они решили избавиться от «сумасшедшего иностранца», связавшего свою жизнь с «отбросами общества». Но поскольку Гаазу покровительствовали митрополит Филарет и князь Голицын, справиться с ним чиновникам и в этот раз не удалось. К тому же в 1848 году в Москве разыгралась новая эпидемия холеры, и Фёдор Петрович, как всегда, оказался в первых рядах борцов с эпидемией.
В конечном итоге, доктор Гааз продаёт особняк на Кузнецком Мосту и своё имение в Тишкове, (суконная фабрика к тому времени ему уже не принадлежала), а на вырученные деньги проводит благотворительные акции. Сам ведёт предельно простой образ жизни. Читаю в одном из воспоминаний: «Каждый день он, будучи католиком, молился перед распятием и изображением Девы Марии, скромно завтракал и отправлялся работать. С раннего утра он занимался бесплатным приёмом больных прямо у себя дома, потом ездил по тюрьмам (Пересыльная, Бутырка) и больницам (Екатерининской, Преображенской, Павловской и др.). После объезда всех подведомственных ему учреждений доктор Гааз возвращался обратно и вёл вечерний приём больных».
Об отношении доктора Гааза к заключённым лучше всего написал Фёдор Михайлович Достоевский в романе «Идиот», устами одного из героев увековечив память о святом докторе Гаазе:
«В Москве жил один старик, один генерал, то есть действительный статский советник, с немецким именем; он всю свою жизнь таскался по острогам и по преступникам; каждая пересыльная партия в Сибирь знала заранее, что на Воробьёвых горах её посетит старичок генерал. Он делал свое дело в высшей степени серьёзно и набожно; он являлся, проходил по рядам ссыльных, которые окружали его, останавливался пред каждым, каждого расспрашивал о его нуждах, наставлений не читал почти никогда никому, звал их всех голубчиками. Он давал деньги, присылал необходимые вещи портянки, подвёртки холста, приносил иногда душеспасительные книжки и оделял ими каждого грамотного, с полным убеждением, что они будут их дорогой читать и что грамотный прочтёт неграмотному. Про преступление он редко расспрашивал, разве выслушивал, если преступник сам начинал говорить. Все преступники у него были на равной ноге, различия не было. Он говорил с ними как с братьями, но они сами стали считать его под конец за отца. Если замечал какую-нибудь ссыльную женщину с ребёнком на руках, он подходил, ласкал ребёнка, пощёлкивал ему пальцами, чтобы тот засмеялся. Так поступал он множество лет, до самой смерти; дошло до того, что его знали по всей России и по всей Сибири, то есть все преступники. Мне рассказывал один бывший в Сибири, что он сам был свидетелем, как самые закоренелые преступники вспоминали про генерала, а между тем, посещая партии, генерал редко мог раздать более двадцати копеек на брата».
Счастливым днём для Фёдора Петровича Гааза было открытие в мае 1845 года больницы на Воробьёвых горах. Построенное здание получило в народе название Газовка от фамилии Гааз. Здесь он стал врачом бездомных, которым бесплатно оказывали скорую медицинскую помощь. Он лично беседовал с каждым пациентом, выяснял жизненные обстоятельства. После лечения люди не оставались на улице: пожилых определяли в дома призрения для стариков с хорошим уходом, детей пристраивали в обеспеченные и приличные семьи. С особой тщательностью Гааз и его коллеги подходили к выбору медицинского и обслуживающего персонала.
В 40-ые годы, когда число жителей Москвы уже превышало 350 тысяч, в городе числилось 75 «вольнопрактикующих» и 217 служащих врачей. Во время холерных эпидемий, количество заболевших доходило до пяти тысяч в месяц. Начались народные волнения. И тот же полицмейстер, который хотел выслать Гааза из Москвы, просил «добрейшего, почтеннейшего господина доктора успокоить простолюдинов, возбуждаемых слухами, будто начальство и лекари пускают холеру». И Гааз прямо из больниц шёл на площади, на улицы, где шумели толпы, уже готовые громить полицейские участки и карантинные посты. Его узнавали, встречали приветливо. Ему верили. И он уговаривал, успокаивал, объяснял, советовал, как уберечься от заболевания, как оказывать первую помощь больным.