Это был новый период ее подвижнической жизни. Она становится бездомной странницей. Порой ей приходилось жить у людей, относившихся к ней враждебно, но так как с жильем в Москве было трудно, выбирать не приходилось.
Жила Матрона до войны на Ульяновской улице у священника Василия, мужа ее послушницы Пелагеи, пока он был на свободе. Жила на Пятницкой улице, в Сокольниках (в летней фанерной постройке), в Вишняковском переулке (в подвале у племянницы), жила также у Никитских ворот, в Петровско-Разумовском, гостила у племянника в Сергиевом Посаде (Загорске), в Царицыно.
Дольше всего (с 1942 по 1949 год) она прожила на Арбате, в Староконюшенном переулке. Здесь в старинном деревянном особняке, в 48-метровой комнате, жила односельчанка Матроны, Е. М. Жданова с дочерью Зинаидой. Именно в этой комнате три угла занимали иконы, сверху донизу. Перед иконами висели старинные лампады, на окнах тяжелые дорогие занавески (до революции дом принадлежал мужу Ждановой, происходившему из богатой и знатной семьи).
Много раз Матрону хотели арестовать. Были арестованы и посажены в тюрьму (или сосланы) многие из близких ей людей. Зинаида Жданова была осуждена как участница церковно-монархической группы.
Живя в Москве, Матрона бывала в своей деревне то вызовут ее по какому-то делу, то соскучится по дому, по матери.
Внешне жизнь блаженной Матроны текла однообразно: днем прием людей, ночью молитва. Подобно древним подвижникам, она никогда не укладывалась спать по-настоящему, а дремала, лежа на боку, на кулачке.
Как-то в 1939 или 1940-м году Матрона сказала: «Вот сейчас вы все ругаетесь, делите, а ведь война вот-вот начнется. Конечно, народу много погибнет, но наш русский народ победит».
В начале 1941 года двоюродная сестра 3. В. Ждановой Ольга Носкова спрашивала у матушки совета, идти ли ей в отпуск (давали путевку, а ей не хотелось ехать отдыхать зимой). Матушка сказала: «Нужно идти в отпуск сейчас, потом долго-долго не будет отпусков. Будет война. Победа будет за нами. Москву враг не тронет, она только немного погорит. Из Москвы уезжать не надо».
В день Матронушка принимала до сорока человек. Люди приходили со своими бедами, душевной и телесной болью. Она никому не отказывала в помощи, кроме тех, кто приходил с лукавым намерением. Исцеляя больных, матушка требовала от них веры в Бога и исправления греховной жизни.
Так, одну посетительницу она спросила, верует ли она, что Господь силен ее исцелить. Другой, заболевшей падучей болезнью, велела не пропускать ни одной воскресной службы, на каждой исповедоваться и причащаться Святых Христовых Тайн. Живущих в гражданском браке она благословляла непременно венчаться в Церкви. Всем обязательно носить нательный крест.
3. В. Жданова рассказывает, что в 1946 году в их квартиру, где жила тогда Матрона, привели женщину, которая занимала высокое положение. У нее сошел с ума единственный сын, муж погиб на фронте, а сама она, была безбожницей. «Я пришла к вам от отчаяния», сказала она, «мне идти некуда».