Вскоре Иконников отказался от признательных показаний и в течение последующего многомесячного следствия упорно отрицал какую-либо вину в совершении инкриминируемых ему контрреволюционных преступлений как на многочасовых допросах, так и в ходе очных ставок. Так, 7 июля 1939 года состоялась очная ставка А. А. Иконникова с бывшим командиром дивизиона бригады подводных лодок Б. А. Секуновым. Иконников настаивал, что с Секуновым в преступной заговорщической связи никогда не состоял.
Позже Б. А. Секунов дал показания о том, что во время этой очной ставки его неоднократно избивали, и он плохо соображал, что происходит.
Вместе с А. А. Иконниковым по одному делу проходил капитан 1-го ранга В. С. Воробьев, командир 13-го дивизиона 1-й бригады подводных лодок.
Владимир Семенович Воробьев служил в подплаве с 1921 года на подводных лодках «Волк», «Змея», «Батрак». После окончания в 1923 году подводного класса при Военно-морской академии командовал ПЛ «Пролетарий», «Народоволец» и «Л-55». В январе 1934 года он возглавил 4-й дивизион подводных лодок. Его арестовали 7 марта 1938 года. А 22 октября 1939 года военный трибунал флота осудил Воробьева вместе с Иконниковым по статьям 582 (подготовка вооруженного восстания) и 5811 (контрреволюционная организация) УК РСФСР.
Иконников был приговорен к десяти, а Воробьев к восьми годам исправительно-трудовых лагерей, с конфискацией имущества и лишением воинских званий.
Отмена Военной коллегией этого незаконного приговора была связана с изменением политической ситуации в стране. Этот период иногда называют кратковременной «бериевской оттепелью». По этой причине, препровождая кассационные жалобы осужденных в Главную военную прокуратуру, и.о. военного прокурора Балтийского флота военюрист 2-го ранга Макухин счел необходимым отметить: из содержания жалоб усматривается, что к осужденным «в процессе следствия в ОО НКВД КБФ в июне и июле 1939 г. применялись незаконные методы следствия, выразившиеся в физическом воздействии»57.
Доследование было формальным. Поскольку Иконников упорно отрицал вину, следователи решили добавить ему для подстраховки статью 5810 УК РСФСР (антисоветская агитация). Это было сделано незадолго до направления дела на рассмотрение в заочном порядке в Особое совещание. Мотивация была простой вина в проведении антисоветской агитации и пропаганды уже доказана и не требуется каких-то дополнительных следственных действий. Так, в обвинительном заключении, составленном еще в мае 1939 года, утверждалось, что Иконников «систематически организовывал у себя на квартире сборища бывших морских офицеров», на которых «велись антисоветские разговоры, обсуждались мероприятия ВКП (б) и Советского Правительства с контрреволюционных позиций и рассказывались анекдоты антисоветского содержания». Также Иконников «среди окружавших его лиц систематически проводил контрреволюционную агитацию, восхваляя врага народа Троцкого и пропагандировал сомнения в правильности проводимых Советской властью арестов других врагов народа»58.
В итоге, добавив Иконникову статью 5810 и объединив его дело с делом Немировича-Данченко, руководство Особого отдела флота направило все материалы на заочное внесудебное рассмотрение, которое состоялось 4 января 1941 года. Собственно говоря, никакого рассмотрения не было, все свелось к подписанию заранее заготовленного постановления: А. А. Пышнова, К. К. Немировича-Данченко, А. А. Иконникова приговорить к восьми годам лагерей, В. С. Воробьева к пяти годам.
Жизнь флотского «рецидивиста» Александра Алексеевича Иконникова оборвалась в лагере 11 июля 1943 года.
Завершая рассказ об этом выдающемся подводнике, возвратимся на минуту в 1919 год, к началу службы А. А. Иконникова в Красном флоте. Сделаем это с целью еще раз наглядно показать масштабы репрессий среди военморов подплава.
Александр Алексеевич Иконников командовал тогда подлодкой «Рысь» (Б-3). В 1935 году она затонула, столкнувшись с линкором «Марат». Погибли 55 человек. Всего этой лодкой довелось командовать 14 морякам. Семеро из них (то есть ровно половина) подвергались необоснованным репрессиям. Иконников был 6-м по счету командиром лодки. Следующие главы посвящены А. И. Бергу, принявшему командование этой лодкой от А. А. Иконникова, А. В. Витковскому, который сменил Иконникова и Г. Н. Холостякову, командовавшему этой ПЛ после Витковского59.