В то же время, как усматривается из материалов дела, в 1922 году значительную часть времени командир черноморского дивизиона подводных лодок А. А. Иконников провел в заключении. А в 1924 году следственно-судебная эпопея повторилась. И хотя автору не удалось ознакомиться с судебными актами, вынесенному по этому делу военным трибуналом флота55, несложно предположить, что судебное разбирательство по поводу незаконного расходования продуктов и денежных средств, вероятно, закончилось для Иконникова безболезненно. В обвинительном заключении 1939 года следователь указал, что А. А. Иконников за это деяние «дважды был судим военным трибуналом». Однако какого-либо существенного наказания не последовало. Судим не значит осужден. Скорее всего, дело завершилось оправданием подсудимого или его прекращением за малозначительностью содеянного. Ведь уже в следующем, 1925 году, А. А. Иконников был включен в состав первого набора слушателей Высших академических курсов (ВМАК) при Военно-морской академии. Он успешно их закончил в апреле 1926 года и получил новое назначение командиром 1-го дивизиона подводных лодок бригады подводных лодок МСБМ. А через три года возглавил бригаду подводных лодок.
Исследователи отмечают, что под его руководством велась интенсивная боевая подготовка бригады, отрабатывались срочные погружения, постоянно проводились торпедные стрельбы Он стал настоящим наставником для целой плеяды советских подводников, некоторые из которых получили впоследствии адмиральские звания (А. Т. Заостровцев, М. П. Скриганов и другие).
В августе 1930 года под руководством А. А. Иконникова состоялся первый заграничный поход и официальный визит в Копенгаген двух советских подводных лодок: «Товарищ» (командир А. А. Пышнов) и «Красноармеец» (командир А. Г. Булавинец). А затем, в конце того же года, на флоте начались массовые аресты в рамках дела «Весна».
К концу января 1931 года в бригаде подводных лодок были арестованы как участники «контрреволюционной монархической офицерской организации»: ее командир А. А. Иконников, командиры дивизионов А. Н. Гарсоев, Н. А. Горняковский, командиры подводных лодок В. Н. Симановский, С. М. Жонголович, Г. И. Давыдов (командир ВСОН «Смольный»)
Судебная коллегия ОГПУ приговорила А. А. Иконникова за контрреволюционную деятельность к 10 годам лагерей, но уже в декабре 1931 года, как мы знаем, большинство осужденных во внесудебном порядке были отпущены на свободу. Вышел из застенков и Иконников, но после этого ему уже не доверяли командных должностей. 15 декабря 1932 года он был назначен начальником штаба Учебного отряда подводного плавания, затем до 1938 года преподавал в этом отряде. В марте 1936 года стал капитаном 1-го ранга, в мае был назначен командиром отделения учебного дивизиона подводных лодок.
В очередной раз «рецидивист» А. А. Иконников оказался в тюрьме 8 декабря 1938 года. Не выдержав пыток, он дал признательные показания, что с 1920 года все же состоял в контрреволюционной офицерской организации, действовавшей в целях ослабления боеготовности Красного флота. В эту подпольную организацию ему, якобы, предложил вступить В. С. Воробьев, а Иконников, в свою очередь, вовлек в нее Немировича-Данченко и Пышнова. «Контрреволюционеры-вредители» сразу же начали проводить подрывную работу на флоте. В обвинительном заключении говорилось: «Будучи командиром подлодки АГ-23 в Черноморском флоте Иконников в 1920 году не выполнил боевой приказ командования флота о потоплении отступавших из Севастополя белогвардейских судов, якобы по причине задержки в связи с аварией торпедного аппарата».
Кроме того, согласно показаниям В. И. Залесского, расстрелянного незадолго до ареста Иконникова56, он завербовал последнего в 1921 году для работы на английскую разведку. Сам Залесский, по версии следствия, оказался резидентом сразу нескольких иностранных разведок, поскольку в 19281931 годах по роду службы (покупка судов) побывал в Японии, Америке, Германии и Италии.
Вскоре Иконников отказался от признательных показаний и в течение последующего многомесячного следствия упорно отрицал какую-либо вину в совершении инкриминируемых ему контрреволюционных преступлений как на многочасовых допросах, так и в ходе очных ставок. Так, 7 июля 1939 года состоялась очная ставка А. А. Иконникова с бывшим командиром дивизиона бригады подводных лодок Б. А. Секуновым. Иконников настаивал, что с Секуновым в преступной заговорщической связи никогда не состоял.