Головин правителем оказался жестким. Хотя обвинения его в мздоимстве, как часто бывает, были, скорее всего, поклепом. Доносы в то время едва ли не главная форма «обратной связи» власти с подданными. Писали их и на якутского воеводу. В стиле: как так, при деньгах и не ворует. Не бывает этого. Только не того уровня фигура, чтобы на мелочь зариться. Род Головиных один из первых и древнейших на Руси. Более вероятно, что повеления, наказы государевы он старался исполнить в силу своего разумения. Но человек он был не местный, оттого множество неприятностей при его правлении и случилось.
По его велению было переписано ясачное население, что местные жители восприняли едва ли не как наступление последних времен. В результате переписи ясак с якутов возрос почти вдвое. Вроде бы, правильно все, по закону, да только не по правде. Не по-людски. Роптали инородцы. Казакам и прочим посадским велел перенести острог на новое место, где бы его разливы реки не рушили. Вроде бы и это правильно, но тяготно для привыкшего к воле сибирского люда. А если добавить сюда повинности, которые появились с новым воеводой, то картина и вовсе невеселая получается.
Ото всей этой радости в 1642 году народ восстал и, как в Мангазее, осадил крепость с засевшим там воеводой и городовыми казаками. Воевода Матвей Глебов предлагал с восставшими людишками договориться. Только Головин на переговоры не пошел, а сел в осаду. И не прогадал. Посланный в Енисейск гонец вернулся с подмогой. А между восставшими якутами и русскими пошли разногласия, и они разошлись по своим делам. Головин же двинулся за ними и по частям рассеял и разгромил восставших, несколько человек казнил, многих бросил в тюрьму. Все это для Сибири было явлением неслыханным.
Не то что люди здесь не гибли напротив, к смерти в бою или на охоте, да и просто в походе, здесь были привычными. А вот к казни и тюрьме нет. Любая сибирская власть понимала конечно, народишко здесь не сахарный, только ведь другого взять негде. Мало людей. Очень мало. Потому и берегли и лелеяли каждого: умелый мастеровой, оборотистый купец, промышленник мог себе в Сибири позволить больше, чем иной боярин при царском дворе. Да и просто житель чувствовал себя от власти вполне защищенным. Ведь если что не так, собраться в Сибири еще быстрее, чем за Уралом взял котомку и пошел. Сибирь она везде Сибирь.
Даже тюрьма в сибирских острогах в тот период была (в отличие от европейских застенков или московских пыточных подвалов) вещью довольно условной. То есть, на ночь заключенных, конечно, запирали. А днем узники беспрепятственно бродили по городу, пили вино с товарищами по несчастью (если были деньги) да костерили власти. У Головина же все было иначе. Казни были не условными, а смертными. Наказывали не батогами через зипун (скорее, массаж, чем наказание), а кнутом спускали кожу. Из темницы не выпускали. И ведь не только бунтовщики оказались в острожной тюрьме.