Масарикова боротьба за створення політичної чеської нації, здобуття державності, як відомо, увінчалася блискучим успіхом. Але не було в Чехії більшого ворога вузького націоналізму та ксенофобії, ніж Масарик. Попри надзвичайно жорстку боротьбу, яку чехам доводилося сторіччями вести проти онімечення, Масарик ніколи не виступав проти німецької культури як такої. Він досліджував філософські погляди Гейне і вважав, що людина, яка змалечку збагатила себе скарбами не лише чеської, а й «якоїсь світової літератури» (зокрема німецької) буде кращим чехом, аніж людина, позбавлена цього. У 18991900 роках він активно виступив на захист несправедливо засудженого до смерті за звинуваченням у ритуальному вбивстві чеської дівчинки єврея Леонарда Гільснера. Переважна більшість єврейської громади в Чехії підтримувала німців у їхніх намаганнях денаціоналізувати чехів, єврейський торговельний та промисловий капітал жорстоко визискував їх більшість чехів вважала євреїв історичним ворогом. Сам Гільснер, за визнанням Масарика, був «покидьком, за яким давно плакав кримінал». І попри все це, Масарик знав, що «маца, замішана на крові християнських дітей», лише забобон, наклеп. Тому й кинувся в бій. Цікавою є його аргументація: «Я сам виростав у атмосфері забобонів і ненависті до євреїв. Мушу визнати, що на суто емоційному рівні я не зміг цілком позбутися того упередження і досі. Тим більше (виділення моє. Авт.) я зобовязаний стати на захист Гільснера. Зрештою йдеться не лише про окрему людину, і навіть не лише про євреїв у цілому. Я захищаю і чеський народ антисемітизм принижує того, хто його виявляє».
Від 1891 року Масарик багато разів обирався до імперського і чеського земельного парламентів, очолював невелику, але впливову Партію реалістів, згодом Народну чеську партію. У віденському парламенті Масарик захищав не лише інтереси власного народу він активно протидіяв агресії австро-угорської влади проти південних словян, зокрема Сербії, опирався анексії Австрією Боснії та Герцеговини. Саме завдяки Масарикові було викрито провокацію австрійських спецслужб, так звану «загребську справу», коли за звинуваченням у державній зраді і шпигунстві було заарештовано 34 хорватські і сербські діячі Австро-Угорщини. Напередодні Першої світової війни Масарик користувався таким авторитетом серед південних словян, що виступав посередником на сербсько-болгарських міждержавних переговорах.
Війна Томаша-Ґарріґа проти Франца-Йосифа
6 червня 1915 року, в день народження Яна Гуса, один утікач із рідного краю, засуджений вдома до смертної кари за державну зраду, офіційно оголосив у Женеві війну Австро-Угорській імперії. Від імені чеського і словацького народів, які від цього дня проголошувалися стороною, що воювала на боці Антанти. Цим утікачем був, звичайно ж, Масарик.
Уже десь року 1907-го, як згадував потім президент Чехословаччини, він остаточно втратив віру, що є хоч якась можливість перетворення Австро-Угорської монархії на федерацію рівноправних народів, в якій чехи могли б задовольнити свої національні інтереси. Відтоді він робив ставку лише на знищення Дунайської монархії і здобуття чехами та словаками повної незалежності.
Після початку війни Масарик побачив, як неохоче чеські вояки йдуть на фронт, як підкреслюють своє категоричне небажання воювати проти братів-словян з Росії та Сербії. «Я відчував, що наші вояки вже роблять те, що ми проголошували, до чого їх закликали, чого вчили перед війною», згадував Масарик. «І я просто був зобовязаний ризикувати життям, так само, як це робив перший-ліпший наш воячок, переходячи на бік росіян чи сербів, аби не захищати спорохнявілу, ворожу йому імперію». Масарик і його учень Бенеш очолили антиавстрійське підпілля. А 17 грудня 1914 року Масарик, скориставшися своїм депутатським паспортом, виїхав до Італії.
Більшість чеських діячів, особливо правих, усі свої сподівання на незалежність покладали на братів-словян з Росії і чекали швидких перемог російської зброї над австрійцями, вступу козаків до Праги і відновлення Чеського королівства на чолі з великим князем Ніколаєм Ніколаєвичем. Тим більше, що західні союзники на початку війни схилялися до думки, що Австро-Угорщину після перемоги треба все ж зберегти хай і в «обрізаному вигляді». Масарик же ставився до Росії із мішаними почуттями. Він досконало володів російською мовою, багато разів бував у Росії, спілкувався з Левом Толстим і Максимом Горьким. За рік до війни німецькою мовою було опубліковано його велику книгу «Росія та Європа». (Ця монографія, до речі, була забороненою і в царській, і в радянській Росії, і вперше російські читачі змогли з нею ознайомитися лише 2000 року, коли в Санкт-Петербурзі вийшов її російський переклад). Віддаючи данину словянським симпатіям до Росії і наголошуючи на її величезному позитивному значенні як на противазі пангерманізму, Масарик, проте, цілком переконливо стверджує, що Росія не була, не є і навряд чи стане найближчим історичним часом частиною Європи. Масарик чудово бачив відсталість Росії («Росія є те, чим Європа була»), архаїчність та недемократичність її державного ладу і суспільного життя. Тому всі свої надії на звільнення власного народу, на допомогу і підтримку в створенні справді демократичної, сучасної, європейської держави чехів та словаків він повязував лише із західними союзниками Британією, Францією та Сполученими Штатами.