В 1923 году над Церковью нависла смертельная опасность. Власти действовали как извне, так и изнутри используя обновленческие силы. В мае состоялся обновленческий собор, на котором патриарх Тихон был объявлен лишенным патриаршего сана и монашества. Кроме того, были приняты решения, подрывающие устои церковной жизни. Обновленческое движение поддерживалось властями, и патриаршая Церковь фактически оказалась вне закона.
В своих письмах святитель Иларион часто затрагивал обновленческое движение, о котором он отзывался очень резко: «Что же касается смуты церковной, кроме глупости и безобразия, в ней ничего не вижу Знаю и некоторых новых деятелей. Ждать от них добра, как если бы идти в кучу крапивы и искать малины. Зла от этих деятелей будет очень много. И многим от них придется пострадать». «А уж оживляют Церковь пусть другие; нам с ними не по пути. Мы лучше по ссылкам поездим, а преклоняться перед наглостью, бессовестностью и глупостью не преклонимся. Дело-то не Божие, а потому разорится рано или поздно».
21 июня 1923 года владыку Илариона вызвали в Архангельское ГПУ и здесь объявили, что ему разрешено уехать. 5 июля он уже был в Москве.
В этот период почти все московские храмы были заняты «живоцерковниками», и сразу же после своего освобождения владыка Иларион приступил к решительным действиям против обновленческого раскола.
Вечером 5 июля он уже служил всенощное бдение в соборе Сретенского монастыря, где до этого были обновленцы. Перед началом службы владыка совершил чин освящения храма. Обращаясь к духовенству монастыря, святитель Иларион призвал покаяться в участии в обновленческом движении, в противлении патриарху. Призывая принести открытое покаяние, владыка говорил, что те, кто не покается, будут не только не допущены к участию в службе, но и не смогут войти в алтарь.
На следующий день в соборе служил патриарх Тихон. Народу собралось столько, что храм не смог вместить всех, и люди молились у его стен. Владыка Иларион говорил проповедь. Служба, начавшаяся утром, закончилась только к шести часам вечера.
Вот свидетельство современника (Левитина-Краснова): владыка Иларион «сразу же становится в полном смысле слова правой рукой патриарха Трудно было придумать для патриарха Тихона лучшего помощника, чем епископ Иларион. Великолепный, пламенный проповедник, умевший говорить просто и эмоционально, ревностный служитель алтаря, владыка Иларион пользовался огромной популярностью среди московского духовенства и буквально обожанием народа Быстро поняв позицию патриарха, епископ сразу стал ее активным проводником. Он в эти дни переговорил с сотнями священников, мирян, монахов и монахинь. Он договорился в приходах о чине их присоединения к патриарху, разработал чин покаяния, принял тут же десятки обновленцев, пришедших к патриарху с покаянием. Благодаря неукротимой энергии этого человека церковная организация в Москве была восстановлена в два дня». Эта характеристика тем более ценна, что ее автор сам участвовал в обновленческом движении.
Будучи прекрасным оратором, владыка Иларион произносил проповеди, направленные против обновленческого раскола, выступал на диспутах с лидерами обновленческого движения. По воспоминаниям Варлама Шаламова, отличительным признаком его речей была уверенность в истине, и это действовало на людей безотказно и глубоко.
Владыка настоял на том, чтобы клириков принимать через покаяние, но если они свой сан получили в обновленчестве, этот сан не признавать. Обновленческие храмы все заново освящали, что по канонам делается с храмом еретическим.
В начале июля 1923 года владыка Иларион был возведен в сан архиепископа. Святитель Тихон включил владыку в состав Временного патриаршего Синода. Святейший Патриарх называл его своим «ближайшим помощником».
4В ноябре 1923 года патриарх Тихон был внезапно вызван в ГПУ на Лубянку, от него потребовали, чтобы он немедленно выработал декларацию о примирении с обновленческим архиепископом Евдокимом (Мещерским). Однако патриарх отказался самым решительным образом. Беседовавший с патриархом Тучков, сменив тон, вежливо простился, но уже через несколько дней был арестован архиепископ Иларион, в котором Тучков видел главного виновника провала своей политики.
На этот раз святитель был осужден на три года концлагерей. Его обвинили в «распространении ложных слухов и агитации против советской власти под религиозным флагом». 1 января 1924 года его привезли в пересыльный пункт на Поповом острове, а в июне отправили на Соловки. Увидев весь ужас обстановки, даже он, жизнерадостный и бодрый, сказал: «Живыми мы отсюда не выйдем».