С этого дня жизнь его совершенно изменилась. Теперь он окончательно потерял возможность заниматься любимой наукой. Владыка Иларион работал на Троицком подворье у Святейшего Патриарха Тихона, служил практически каждый день и утром, и вечером, иногда в день приходилось говорить по две проповеди. Если и выпадали у него свободные часы, то их он использовал на подготовку к проповедям. В редкие свободные от богослужений дни владыка с утра до позднего вечера принимал приходивших к нему за разрешением насущных проблем. За год своего архиерейства он отслужил сто сорок две литургии, более ста сорока всенощных, произнес триста тридцать проповедей. И все это при том, что два месяца он был болен тифом. Болезнь вызвала осложнение на сердце, и впоследствии больное сердце давало о себе знать при малейшем переутомлении.
Об этом времени сам владыка с присущим ему юмором писал: «Совсем потерял свободу. Будто арестант, прикованный к своей тачке, так и живу. Не только дней нет свободных, нет и часа свободного, когда мог бы я заняться тем, чем хочется, а не тем, что нужно к спеху. Уж хоть бы в Бутырку на отдых взяли. Это единственная доступная нам дача или санаторий. Не знаю, как-то сил еще хватает, хотя нередко и силы падают, и дух оскудевает». «Некогда читать, некогда писать, некогда даже грешить. Ради третьего, может быть, Господь и устраивает мне такую жизнь».
После принятия епископского сана жизнь владыки оказалась связанной со Сретенским монастырем, настоятелем которого он был назначен. Поскольку власти захватили большинство монастырских помещений и обосноваться владыке в монастыре было уже негде, он по-прежнему жил у отца Владимира при церкви Троицы в Листах. На службах в Сретенском монастыре владыка часто пел и читал на левом клиросе, говорил проповеди. Люди ходили специально в этот монастырь, чтобы послушать владыку Илариона. Известность его и любовь к нему народа возрастала: за ним закрепились имена «Иларион Великий» и «Новый Златоуст».
Активная церковная деятельность владыки Илариона, его проповеди, блестящие выступления на диспутах и помощь патриарху Тихону явились причиной второго ареста, 22 марта 1922 года. Поводом к аресту послужил беспорядок во время престольного праздника в Сретенском монастыре. Из Третьяковской галереи в монастырь была принесена Владимирская икона Божией Матери, и кликуши подняли вокруг нее шум. На этот раз Коллегия ГПУ постановила выслать святителя на один год в Архангельскую губернию.
4 июля 1922 года епископ Иларион вместе с этапом заключенных прибыл в Архангельск и 10 июля был освобожден из тюрьмы. После ежедневной загруженности, после следствия и этапа ссылка действительно показалась неожиданным отпуском. Крупный город, почти в центре дом, в котором владыке Илариону выделили отдельную комнату с выходящими на солнечную сторону окнами. Первое время он почти целыми днями гулял по набережной Двины, наслаждаясь свежим воздухом и покоем. Тревожили только известия о церковных событиях. И, кроме того, угнетало то, что ему, как ссыльному, нельзя было часто служить в храме.
«Служу я очень мало. 15 июля тихонько в церкви рядом с домом послужил, а сегодня в соборе кафедральном. И только. А это верно: в праздники мне скучно без службы, хотя ведь и в будни тоже никакого дела. Одним словом, в моей жизни много и хорошего, главное свободное время и можно учиться. Пригодится ли это учение когда не знаю. Ну, для себя!»
«И сам не знаю причины, почему я переселился сюда. Дела у меня никакого не было. Все обошлось без суда и следствия. Видно, так нужно. Промысл Божий может действовать и через злодеев. Они думают, что свою злую волю творят, а на деле не то волю Божию благую исполняют. Как и со мною. Мне, несомненно, благо уже в том, что скрылся я от мятежа человеческого»
В 1923 году над Церковью нависла смертельная опасность. Власти действовали как извне, так и изнутри используя обновленческие силы. В мае состоялся обновленческий собор, на котором патриарх Тихон был объявлен лишенным патриаршего сана и монашества. Кроме того, были приняты решения, подрывающие устои церковной жизни. Обновленческое движение поддерживалось властями, и патриаршая Церковь фактически оказалась вне закона.
В своих письмах святитель Иларион часто затрагивал обновленческое движение, о котором он отзывался очень резко: «Что же касается смуты церковной, кроме глупости и безобразия, в ней ничего не вижу Знаю и некоторых новых деятелей. Ждать от них добра, как если бы идти в кучу крапивы и искать малины. Зла от этих деятелей будет очень много. И многим от них придется пострадать». «А уж оживляют Церковь пусть другие; нам с ними не по пути. Мы лучше по ссылкам поездим, а преклоняться перед наглостью, бессовестностью и глупостью не преклонимся. Дело-то не Божие, а потому разорится рано или поздно».