В это время мои научные интересы были связаны в основном с математическим моделированием биохимических и биофизических процессов, главным образом, процессов денатурации белка. В 1997 году совместно с моим неизменным научным руководителем профессором Б. И. Кургановым и испанскими коллегами опубликовал в журнале Biophysical Chemistry статью, которая к настоящему времени процитирована более сотни раз. В период 19982000 годов были опубликованы еще пять неплохо цитируемых статей, еще одна такая статья вышла в 2004 году. Однако уже к 1999 году я почувствовал, что достиг в этой сфере своего потолка.
Параллельно я все больше втягивался в деятельность, связанную с выборами. Интерес к этой сфере у меня присутствовал давно, но первоначально лишь как к математически интересному феномену. И вот в 1988 году руководство СССР приняло решение о проведении альтернативных выборов и устроило «всенародное обсуждение» проектов изменения Конституции СССР и закона о выборах народных депутатов СССР. Я тоже попробовал принять участие в обсуждении, и одно из моих писем было в ноябре 1988 года опубликовано в «Московском комсомольце»1. С этого момента я и веду отсчет своей деятельности в этой сфере.
Потом я пытался анализировать избирательную кампанию 1989 года и осмелился отнести результаты своего анализа в журнал «Огонек». Там первоначально отнеслись к моей статье благосклонно, но потом все же решили, что автор недостаточно именитый. Позже многое из той статьи я включил в свою первую книгу «Выборы в Москве: опыт двенадцати лет. 19892000».
Весной 1989 года я стал членом неформальной группы «Перестройка (Советский район)». Осенью того же года и весной 1990 года активно участвовал в подготовке к выборам народных депутатов РСФСР и местных Советов. Моя кандидатура была выдвинута в состав Районной избирательной комиссии по выборам народных депутатов Советского районного Совета г. Москвы, но меня в комиссию не включили. На повторных выборах в апреле 1990 года я был доверенным лицом кандидата в депутаты Моссовета П. М. Кудюкина и кандидата в депутаты Советского райсовета А. Ю. Бузина2.
Весной 1990 года я стал членом Социал-демократической партии России, из которой вышел в начале 1994 года. С тех пор ни в какие политические партии не вступал, хотя со многими партиями сотрудничал.
Осенью 1990 года я все же стал членом Районной избирательной комиссии по выборам народных депутатов Советского районного Совета г. Москвы. Помимо выборов в районный Совет, наша комиссия участвовала также в проведении референдумов 1991 и 1993 годов и выборов Президента РСФСР и мэра Москвы 1991 года3. Параллельно начал редактировать независимую районную газету «Демократия», превратив ее из неформального листка группы «Перестройка (Советский район)» в зарегистрированное СМИ. Однако после регистрации удалось выпустить только два номера газеты, на большее не хватило средств. Весной 1991 года короткое время входил в руководство отделения движения «Демократическая Россия» в Советском районе г. Москвы.
Фактически в 19901991 годах я больше занимался политикой, чем основной работой, но затем все же вернулся к научной деятельности и, как отмечалось выше, в 1993 году защитил кандидатскую диссертацию. Позже я возвращался к деятельности, связанной с выборами и референдумами, на короткое время в период соответствующих кампаний: при проведении апрельского референдума 1993 года (как член районной избирательной комиссии), выборов в Государственную Думу 1995 года (член окружной избирательной комиссии с правом решающего голоса), выборов в Московскую городскую Думу 1997 года (член территориальной избирательной комиссии района Чертаново Центральное с правом совещательного голоса). В 1996 году опубликовал в журнале ПОЛИС свою первую научную статью, посвященную выборам она касалась статистического анализа выборов 1995 года.
А в 1999 году наступил перелом, и с этого момента я стал заниматься выборами фактически на постоянной основе. Началось все весной с подготовки поправок к московскому закону о выборах4. Затем моя кандидатура была предложена в состав Московской городской избирательной комиссии, но не прошла. В ноябре 1999 года я все же стал членом городской комиссии, но с правом совещательного голоса от избирательного блока «Союз правых сил»5. Поскольку блок СПС попал в Государственную Думу, то я сохранял полномочия члена комиссии до ноября 2001 года, когда из-за рокового стечения обстоятельств СПС меня из комиссии отозвал6.