Осенью 1906 года смертельно заболел Афанасий Иванович у него обнаружился нефросклероз, т. е. поражение почек в конечной стадии гипертонической болезни с разрастанием соединительной ткани и с исходом в уремию, т. е. тяжелое самоотравление организма. Нефросклероз может быть также следствием злокачественной опухоли. Сегодняшняя медицина с ее средствами диагностики и лечения, выявив на ранней стадии болезнь, приведшую к нефросклерозу, могла бы спасти отца писателя, как и его самого, умершего от той же болезни еще совсем не в старом возрасте. В крайнем случае продлить жизнь отца и сына Булгаковых могла пересадка почки. Но тогдашняя медицина оказалась бессильна.
11 декабря 1906 года Афанасий Иванович был спешно удостоен степени доктора богословия. Одновременно совет академии возбудил ходатайство перед Священным синодом о присвоении ему звания ординарного профессора, которое было удовлетворено 8 февраля 1907 года. На следующий день А. И. Булгаков подал прошение об увольнении со службы по болезни, а 14 марта скончался.
Семье была назначена пенсия в 3000 рублей в год. Будучи доцентом, Афанасий Иванович получал 1200 рублей и столько же в должности цензора. После смерти отца положение Булгаковых в материальном отношении даже улучшилось, что, конечно, не могло и в малой степени облегчить боль утраты.
М. А. Булгаков в 1909 г.
18 августа 1900 года Михаил был зачислен в приготовительный класс второй гимназии, который окончил «с наградою второй степени». А 22 августа 1901 года его приняли в первый класс знаменитой первой Александровской гимназии. Булгаков так запечатлел ее в «Белой гвардии»: «Стовосьмидесятиоконным, четырехэтажным громадным покоем окаймляла плац родная Турбину гимназия. Восемь лет провел Турбин в ней, в течение восьми лет в весенние перемены он бегал по этому плацу, а зимами, когда классы были полны душной пыли и лежал на плацу холодный влажный снег зимнего учебного года, видел плац из окна По бесконечному коридору и во второй этаж в упор на гигантский, залитый светом через стеклянный купол вестибюля шла гусеница На кровном аргамаке, крытом царским вальтрапом с вензелями, поднимая аргамака на дыбы, сияя улыбкой, в треуголке, заломленной с поля, с белым султаном, лысоватый и сверкающий Александр вылетал перед артиллеристами. Посылая им улыбку за улыбкой, исполненные коварного шарма, Александр взмахивал палашом и острием его указывал юнкерам на Бородинские полки. Клубочками ядер одевались Бородинские поля, и черной тучей штыков покрывалась даль на двухсаженном пространстве».
Писатель Константин Паустовский, учившийся вместе с Булгаковым, вспоминал: «Булгаков был старше меня, но я хорошо помню стремительную его живость, беспощадный язык, которого боялись все, и ощущение определенности и силы оно чувствовалось в каждом его, даже незначительном слове. Булгаков был переполнен шутками, выдумками, мистификациями. Все это шло свободно, легко, возникало по любому поводу Почти всегда в первых рядах победителей был гимназист с задорным вздернутым носом будущий писатель Михаил Булгаков. Он врезался в бой в самые опасные места. Победа носилась следом за ним и венчала его золотым венком из его собственных растрепанных волос. Оболтусы из первого отделения боялись Булгакова и пытались опорочить его. После боя они распускали слухи, что Булгаков дрался незаконным приемом металлической пряжкой от пояса. Но никто не верил этой злой клевете, даже инспектор Бодянский» Однако серьезных неприятностей все эти шалости Михаилу не принесли.
8 июня 1909 года Михаил Булгаков получил аттестат зрелости. Высших оценок он удостоился по двум предметам Закону Божьему и географии. Знание Библии пригодилось автору «Мастера и Маргариты». В «Белой гвардии» и «Днях Турбиных» Булгаков перенес действие в здание Александровской гимназии. Именно там располагается артиллерийский дивизион, куда вступают добровольцами его герои. Ни в каком артиллерийском дивизионе Булгаков никогда не служил, и в те декабрьские дни 1918 года часть, куда он пошел добровольцем, не располагалась в Александровской гимназии. Но Михаилу Афанасьевичу очень нужно было перенести кульминацию действия своего любимого романа именно в этом здании, с которым было связано столько светлых и забавных воспоминаний.
Надежда Афанасьевна Булгакова в письме К. Г. Паустовскому от 28 января 1962 года так обрисовала гимназический круг чтения старшего брата: «Любимым писателем Михаила Афанасьевича был Гоголь. И Салтыков-Щедрин. А из западных Диккенс. Чехов читался и перечитывался, непрестанно цитировался, его одноактные пьесы мы ставили неоднократно Читали Горького, Леонида Андреева, Куприна, Бунина, сборники Знания. Достоевского читали все Читали мы западных классиков и новую тогда западную литературу: Мопассана, Метерлинка, Ибсена и Кнута Гамсуна, Оскара Уайльда. Читали декадентов и символистов, спорили о них и декламировали пародии Соловьева: Пусть в небесах горят паникадила В могиле тьма. Спорили о политике, о женском вопросе и женском образовании, об английских суфражистках, об украинском вопросе, о Балканах; о науке и религии, о непротивлении злу и сверхчеловеке; читали Ницше».